Однако на практике эта политика не всегда давала желаемые результаты, главным образом из-за слабости государственной власти на местах. Результатом многих операций советских и афганских войск было создание в уездах и волостях органов государственной власти, называвшихся оргядрами. В их состав входили представители НДПА, министерств государственной безопасности, внутренних дел, некоторых других ведомств, а также лица из числа руководящих работников общественных организаций, представители духовенства, поддерживающие правительство Афганистана. Для обеспечения безопасности работы оргядра в его составе имелось армейское подразделение (как правило, до взвода). Беда такого оргядра состояла в том, что оно было малочисленным и не обладало реальной властью. Его руководители не умели вести политическую работу с местным населением, не пользовались авторитетом. Влияние оргядра ограничивалось, как правило, тем кишлаком, в котором оно находилось.
После завершения операции войска оставляли занятый район и возвращались в места постоянной дислокации или переходили в другие районы боевых действий. На их место возвращались уцелевшие мятежники, восстанавливали свои базы и изгоняли или уничтожали оргядра. Так повторялось многократно. Например, в долине реки Панджшер во втором периоде было проведено 6 боевых операций, однако правительственная власть в этом районе так и не закрепилась. К концу 1981 года на активности и результатах боевых действий в определенной степени сказывался и большой отрыв личного состава, около 40 % которого было брошено на решение задач охраны объектов и нормализации жизни и быта ограниченного контингента советских войск. Прежде всего было необходимо построить и благоустроить многочисленные военные городки. Для этого потребовалось большое количество строительных материалов и другое оборудование, которое в основном доставлялось с территории СССР. Резко возрос поток грузов. Чтобы справиться с задачами по обеспечению строительства и пополнения всех необходимых запасов для ОКСВ, развертывается большое количество батальонов обеспечения. Так, к 1 декабря 1981 года в составе армии действовало восемь отдельных батальонов обеспечения, которые располагались в Баграме, Джелалабаде, Кандагаре, Cуруби, Шиндаде, Кабуле, Газни и Кундузе. Но и этих сил, как показала практика, оказалось недостаточно. В марте 1984 года были дополнительно сформированы два отдельных батальона обеспечения в г. Кабуле и Кундузе. Следовательно, с учетом отдельного батальона обеспечения, расположенного в Кабуле, и армейской бригады материального обеспечения, расположенной в г. Пули-Хурми еще в первом периоде, к концу второго периода этих сил оказалось достаточно, чтобы справиться с возложенными на них задачами. Об этом красноречиво говорят такие факты, как обустройство гарнизонов расположения ОКСВ. Почти в каждом гарнизоне были созданы условия не только для нормального отдыха, но и решены успешно другие вопросы быта (развернуты помывочные комплексы, библиотеки, клубы и т. д.). Совершенствовалась система безопасности войск, находящихся в гарнизонах. С этой целью подступы к гарнизонам прикрывались минными полями, на подъездных путях выставлялось охранение, кроме того, была налажена охрана объектов внутри гарнизонов.
В третий период своего пребывания в Афганистане (апрель 1985 г. — январь 1986 г.) войска 40-й армии выступили, имея самый многочисленный состав. Группировка их наземных войск включала четыре дивизии, пять отдельных бригад, четыре отдельных полка и шесть отдельных батальонов. В составе этих сил насчитывалось около 29 тыс. единиц боевой техники, из них танков, БТР, БМП до 6 тыс.
Для обеспечения действий войск с воздуха в распоряжении командующего имелись четыре авиационных и три вертолетных полка. Общая численность личного состава ОКСВ достигла 108,8 тыс. человек, в том числе в боевых частях — 73 тыс. Это была самая боеспособная группировка за весь период пребывания советских войск в Афганистане, однако взгляды на их применение существенно изменились.
В связи со сменой руководства в СССР впервые открыто заговорили об афганской войне как о вредном явлении, навязанном стране и народу небольшой группой старых политиков. В связи с этим наметилась тенденция к постоянному устранению советских войск от активной боевой деятельности, уменьшению частоты и масштабности проводимых ими операций и боев, сужению границ контролируемых районов. Частые операции стали проводиться афганскими частями, а советская сторона осуществляла их авиационное, артиллерийское и инженерное обеспечение. Лишь в исключительных случаях советское командование шло на проведение крупномасштабных операций. Примером тому может служить операция, проведенная в 1986 году по разгрому хорошо оборудованной базы моджахедов в округе Хост.
