Непрерывно нарастали масштабы и интенсивность вооруженной борьбы оппозиции, которая все чаще принимала формы маневренных наступательных и оборонительных действий крупных полурегулярных формирований. Со второй половины 1984 года делались попытки создания на базе отдельных банд моджахедов «исламских полков» в составе 3–5 батальонов. Общая численность полка составляла 500–900 человек. Полки иногда объединялись во «фронты», в которых насчитывалось от одной до нескольких тысяч человек. На вооружении, кроме стрелкового оружия, находилась горная артиллерия, минометы, ракеты. В труднодоступной горной местности мятежники для размещения своих формирований создавали базовые районы с хорошо организованной многоярусной системой огня и инженерных заграждений.
Главную силу мятежников составляли региональные группы и отряды. Их цели, организационные формы и тактику ведения боевых действий определяли местные племенные и религиозные авторитеты — «полевые командиры», а зона действий ограничивалась районами проживания моджахедов. Эти формирования, как правило, не имели постоянного состава и организации. В случае опасности душманы растворялись среди местных жителей, что делало их выявление практически невозможным. Состав отрядов и групп в социально-этническом отношении был неоднороден. В подобные формирования входили жители одной национально-этнической группы. В большинстве случаев их командиры не имели постоянной связи с зарубежными организациями афганской контрреволюции, но главным преимуществом была активная поддержка местного населения.
Полурегулярные формирования создавались обычно на базах и в лагерях Пакистана и Ирана из афганских беженцев. Они имели хорошую военную выручку и были достаточно вооружены. Действия этих формирований не привязывались к одному району и носили высокоманевренный характер. Отряды и группы получали конкретные задачи, после выполнения которых, как правило, возвращались на свои базы для доукомплектования, перевооружения и отдыха. По оценкам западных источников, их численность составляла не более 5–8 % от общей численности сил афганской оппозиции. В состав этих групп входило много деклассированных элементов, а сами действия носили преимущественно насильственный характер по отношению к местному населению (насильственный призыв, грабежи, убийства и т. д.). Своими действиями они возвели стену определенного отчуждения между оппозицией и афганским народом. Формирования этой категории представляли собой различные по классовому составу, политическим целям и платформам эмигрантские организации оппозиции, раздираемые внутренними противоречиями и идеологической борьбой, в силу чего главной их слабостью являлось отсутствие согласованности, а нередко даже военное противоборство между собой. Составной частью вооруженных формирований контрреволюции являлись и террористические группы, действовавшие в городах. Они обладали разветвленной сетью глубоко законспирированных ячеек. Наряду с осуществлением террористических актов, саботажа, диверсий, инспирированием массовых беспорядков главари подполья имели задачи проникновения в партгосаппарат, армию и спецслужбы с целью подрыва государственной власти изнутри.
В этот период одной из главных задач борьбы с вооруженной оппозицией являлось лишение ее источников — пополнения путем возвращения на родину афганских беженцев. Но разрешение этой проблемы напрямую зависело от верности избранного общеполитического курса правительства. На практике же в результате грубых ошибок численность беженцев не только не уменьшилась, но и возросла и составила во втором периоде около 5 млн человек. Все предпринимаемые попытки перекрыть военными средствами пути поступления на территорию Афганистана свежих моджахедов успеха не давали.
Осознание того, что главными средствами борьбы с вооруженной оппозицией должны быть не военные действия регулярных войск, а продуманные социально-экономические, политические и организационно-пропагандистские мероприятия власти, привело к известной модификации тактики действий советских войск в Афганистане — их отказу от проведения многочисленных «полевых» операций против отдельных отрядов и групп душманов и сосредоточению основных усилий на удержании стратегически важных районов и обеспечения, работы коммуникаций, от чего непосредственно зависели вопросы снабжения местного населения необходимыми продуктами и товарами.