В юбилейном «Русском альбоме», изданном в 1901 г. в Одессе, было написано: «Ни в каком другом русском городе, даже в Петербурге, нельзя найти столько благотворительных учреждений, созданных на частные средства, как в Москве. Сотни тысяч ежегодно жертвуются московским купечеством на дела благотворения. Клиники, больницы, богадельни, приюты с каждым годом приумножаются в Москве. Имена Боевых, Бахрушиных, Морозовых, Алексеевых, Солдатенковых, Хлудовых увековечены в сооружениях, воздвигнутых на их средства.»
Деньги, полученные от фабрики, позволяли Морозовой быть щедрой меценаткой. Ее имя было одним из первых среди благотворителей, поддерживающих работу женских курсов, научных лабораторий. Варвара Алексеевна построила и содержала школы в различных губерниях России, где детям бесплатно выдавали учебные пособия и кормили горячими обедами. Одним из ее самых известных детищ были так называемые Пречистенские общедоступные бесплатные вечерние курсы для рабочих, которые со временем стали просветительским центром московских пролетариев и просуществовали до 1922 г. В качестве преподавателей Морозова привлекала видных ученых и деятелей искусства: И. М. Сеченова, С. Н. Реформатского, А. И. Южина-Сумбатова, А. С. Голубкину и др. Лекции приходили слушать до полутора тысяч человек. Вместе с тем Варвара Алексеевна отказалась помочь Немировичу-Данченко в организации Художественного театра, за что тот в своих воспоминаниях вывел «фабрикантшу» как персону, занимающуюся благотворительностью исключительно из либеральной моды.
Капиталистка Морозова помогала крестьянам, пострадавшим от наводнений, устраивала госпитали для раненых на фронтах, выделяла средства на издание народнического журнала «Русское богатство» и даже сотрудничала с социал-демократами. Пятьдесят тысяч рублей Варвара Алексеевна пожертвовала на возведение на Миусской площади народного университета, основные средства на создание которого завещал другой меценат — Альфонс Леонович Шанявский. Университет, задуманный как «учреждение, удовлетворяющее потребности высшего образования народа», был открыт в 1908 г. и проработал 10 лет. Здесь же, в Москве, она построила трехэтажное ремесленное училище, начальную школу для бедных детей, была членом «Общества пособия несовершеннолетним, освободившимся из мест заключения», попечительницей «Общества вспомоществования нуждающимся студентам МВТУ и Московского университета», Городского попечительства о бедных и др.
Большую роль сыграла Морозова в создании во второй половине XIX в. газеты «Русские ведомости», редактором которой был ее гражданский муж В. М. Соболевский. Было учреждено Товарищество «Русских ведомостей», главной пайщицей которого стала Варвара Алексеевна. Это было солидное, серьезное издание, в котором сотрудничали лучшие силы русской литературы, науки, искусства, общественности. Здесь печатались Л. Н. Толстой, М. Е. Салтыков-Щедрин, Глеб Успенский, А. П. Чехов, А. С. Серафимович, профессора И. И. Мечников и К. А. Тимирязев. В «Русских ведомостях» увидели свет знаменитые статьи В. Г. Короленко о Мултанском процессе, тут же рассказом «Емельян Пиляй» дебютировал в центральной прессе Максим Горький.
С 1886 г. Варвара Алексеевна жила в большом особняке на Воздвиженке, который был построен специально для нее известным архитектором Р. И. Клейном. В этом доме «деловая женщина» выступала в роли хозяйки известнейшего в Москве литературного салона. В зале, вмещавшем до 300 человек, собирался цвет московской интеллигенции. Здесь часто гостили А. П. Чехов, А. Белый, П. Д. Боборыкин, А. А. Блок, В. Я. Брюсов, В. С. Соловьев и др. Один из бывавших там мемуаристов писал о Морозовой: «Утром щелкает в конторе костяшками на счетах, вечером — извлекает теми же перстами великолепные шопеновские мелодии. Беседует о Гете и зачитывается новейшими философами и публицистами. Она твердо полагает, что жертвовать деньги нужно лишь на то, чтобы лечить или учить людей».
Образ жизни матери вызывал у ее детей от брака с Морозовым открытое неприятие. «Подсмотрели, что ли, что-то неладное в либералах сыновья ее — Миша, Ваня и Арсений, но возненавидели ярой ненавистью их либерализм и, кажется, заодно и мамашу», — вспоминал художник Сергей Виноградов.
