Яхта «Заря» не смогла пробиться к берегам острова Беннета. Экспедиция вернулась в Петербург без своего начальника. О случившемся доложили Русскому географическому обществу, Академии наук. Было решено отправиться на поиски, на спасение барона Толля. Экспедицию возглавил лейтенант Колчак. Он вновь отправляется в Арктику. Это была отчаянная экспедиция. Плыли на вельботе, ночевали на льдинах.
Но, так или иначе, на вельботе и по льдам Колчак добрался до острова Беннета. Там он нашел записи Толля, его полевой архив, но следы самого барона терялись. Возможно, он увлекся научными изысканиями, рассчитывая на то, что успеет вернуться, и не смог. Видимо, Толль со спутниками пытался выбраться на материк. Ясно одно: все они погибли. Следов так и не нашли. Записки Толля были впоследствии изданы.
Если говорить о Колчаке как о полярном исследователе, эти экспедиции были лишь началом. Впоследствии он выпустил научную монографию «Лед Карского и Сибирского морей». Это серьезное научное исследование выдает в нем ученого и прекрасного исследователя. Колчак был принят в действительные члены Русского географического общества, награжден Константиновской медалью. Кстати, такой штришок из личной жизни: когда он с товарищами возвращался на большую землю из экспедиции по поиску барона Толля, навстречу им прислали провизию и вино. Кто прислал? Какая-то молодая дама. Все были поражены. Оказалось, это приехала невеста Колчака Софья Омирова, с которой он никак не мог обвенчаться, поскольку находился постоянно в разъездах. Это было совершенно фантастическое романтическое путешествие за Полярный круг, чтобы привезти гостинец своему возлюбленному! В Иркутске они обвенчались. Но медового месяца не получилось, поскольку началась Русско-японская война, и Колчак отправился на театр боевых действий. Он сам «попросился» на войну, воевал в Порт-Артуре. Сначала командовал миноносцем, потом — береговой артиллерийской батареей. Сражался мужественно, был ранен, оказался в японском плену. Потом из плена был отпущен под обязательство, что не будет принимать участие в войне. Колчак через Америку добрался до Петербурга. Отношение к пленным было совсем не то, что при советской власти, когда пленные как бы носили на себе клеймо. Тогда — это были герои. Вернувшись из плена, Колчак узнал, что награжден орденом и золотой саблей за храбрость.
Эскадронный миноносец «Пограничник», которым командовал капитан 1-го ранга А.В. Колчак, 1913-1914 гг.
Колчак разрывался между научными исследованиями и морской службой. Война закончилась для российского флота очень печально, он был, по существу, уничтожен во время сражений на Дальнем Востоке, особенно в сражении в Цусимском проливе в мае 1905 года. Стало понятно, что нужно реорганизовывать систему управления флотом и строить новый флот. Возникают кружки офицеров, в которых обсуждаются проблемы возрождения русского флота. Вот они, ростки гражданского общества! Колчак вошел в один из таких кружков, видимо, в Центральный санкт-петербургский — такое он получил официальное название. И был весьма активным деятелем этого кружка, одно время даже его председателем.
Офицеры считали, что нужно создать Морской генеральный штаб, который бы занимался стратегическим планированием и разработкой общей программы реорганизации русского флота. Эта программа была поддержана. Так думали не только офицеры, но и государственные деятели, в частности, депутаты Государственной думы, в том числе весьма активно занимавшийся военными вопросами Александр Иванович Гучков. Это не было изолированное или нелегальное движение, кружок собирался с разрешения начальства. Кончилось тем, что Морской генеральный штаб был создан. И Колчак поступил туда на службу заведующим отделением русской статистики. Тогда же Колчак написал военно-теоретическую работу «Какой нужен России флот». В 1908 году она была напечатана в «Морском сборнике». Колчак рассуждал о роли флота вообще и всячески подчеркивал необходимость его активной роли. Это было важно потому, что флот России всегда был слабым, его руководство находилось в руках сухопутных людей, и флот рассматривался в войне как вспомогательное средство.