На Балтике Колчак руководил атаками на транспортные суда, которые вывозили в Германию железную руду из Швеции. Швеция была нейтральной, но с Германией торговала и поставляла ей железную руду, в которой та весьма нуждалась. Колчак со своими миноносцами потопил пять судов противника, включая несколько транспортных, и надолго задержал транспортировку руды. Но и это не все. Колчак организовал десант в Рижском заливе, сорвав тем самым наступление немецких войск на Ригу. В общем, он проявил себя как талантливый воинский начальник и совершенно для себя неожиданно в один прекрасный день получил извещение о том, что назначается командующим Черноморским флотом и из контр-адмиралов, каковым уже был, производится в вице-адмиралы. Дальше в морской иерархии — только полный адмирал, которым он будет впоследствии, став одновременно Верховным правителем России.
Перевод на Черное море Колчак воспринял с большим интересом. Почему назначили? Почему активизировалась роль Черноморского флота? Задача, которую поставили перед ним, была весьма серьезна. В состав турецкого флота входили два мощных немецких крейсера — «Гебен» и «Бреслау». Они формально были проданы Германией Турции, но де-факто это были немецкие современные крейсеры, с немецким командованием и немецкими моряками. И Колчаку нужно было, во-первых, деятельность этих двух судов как-то парализовать, во-вторых, возникла идея подготовки Босфорской операции. Ни больше, ни меньше — высадка десанта на Босфоре и захват Константинополя. Вечная мечта... Но эта мечта стала преобразовываться в конкретный план. Мы знаем, чем кончилась Дарданелльская операция союзников. Колоссальной катастрофой для союзных войск, огромными потерями, после чего военно-морской министр Черчилль ушел в отставку, считая, что он должен хотя бы так расплатиться за свою неудачно реализованную идею. И после этого — высадка на Босфоре, такая же на первый взгляд авантюра.
Но, видимо, это было не совсем так. Во всяком случае, турки в ходе Дарданелльской операции были весьма потрепаны. К тому же их войска были на Месопотамском фронте, в нынешнем Ираке, и на Кавказском, действовавшем против России. По данным разведки, получалось, что реально Босфор защищают две-три турецкие дивизии, не больше. Через день после приезда Колчак повел флот в бой против «Бреслау» и отогнал крейсер от российских берегов, а впоследствии, поставив плотное минное заграждение при выходе из Босфора, вообще запер там немецкие крейсеры. В рамках Черноморского флота под общим командованием Колчака была создана морская дивизия, прообраз морского десанта. Назначили начальником дивизии генерала Свечина, известного военного теоретика и практика. Словом, планы и действия были вполне реалистичными и профессиональными. Но... расположение звезд и все остальное было против России. Неожиданно произошел взрыв на дредноуте «Императрица Мария». Совершенно новое судно, построенное в рамках программы переоснащения флота, в Николаеве. Мощный дредноут, и вот в один несчастливый октябрьский день 1916 года он взорвался. Взорвался, начался пожар, серия взрывов, пытались что-то потушить, что-то успели, что-то не успели. Более трехсот моряков погибло, дредноут упокоился вечным сном на дне севастопольской бухты. Что случилось с «Императрицей Марией»? До сих пор это неизвестно. Написано много, Колчаку приписывают фразу, что он как начальник, который несет ответственность, заинтересован в том, чтобы признать это случайностью, случайным возгоранием пороха, но он-то сам понимает, что, несомненно, это — диверсия.
На самом деле, никто ничего не доказал, и диверсия, судя по обстоятельствам дела, еще меньше вероятна, чем самовозгорание пороха. Скорее всего, неосторожность.
По неписаным правилам чести в таких случаях все должны уходить в отставку, начиная с командующего флотом. Должно было производиться разбирательство. По настоянию военного министра разбирательство отложили до конца войны. Но Колчак находился в таком взвинченном, нервном состоянии, что, дабы его успокоить, и военный министр, и лично император Николай II передали ему через одного из морских офицеров, чтобы он не мучился, что император не считает его виновным и полностью ему доверяет.