Через несколько дней после отъезда Помпея Цезарь беспрепятственно вступил в Рим. Против ожидания, он обошелся со всеми милостиво, чем расположил к себе жителей. Солдаты его не совершали насилий над горожанами. Он захватил только государственное казначейство. Затем Цезарь начал преследование Помпея: он спешил изгнать его из Италии до прибытия к нему помощи из Испании.
Между тем Помпеи захватил приморский город Брундизий на Адриатическом море. Потеряв надежду на спасение Италии от Цезаря, Помпеи решил переправиться со своими легионами в Грецию, чтобы оттуда повести решительную борьбу с правителем Галлии. В Брундизии было собрано достаточное количество транспортных судов, и Помпеи, отправив сначала консулов и многих из сенаторов, посадил на корабли войско и переправился на греческое побережье.
Цезарь хотел немедленно начать преследование Помпея, но, не имея кораблей, возвратился в Рим, чтобы затем отправиться походом в Испанию, откуда легаты Помпея угрожали Галлии. Вскоре вся территория Италии перешла в руки Гая Юлия Цезаря.
Силы соперников казались слишком неравными. У Цезаря была небольшая, но испытанная в боях и всецело преданная своему полководцу армия. В руках же Помпея был сосредоточен весь флот и богатства страны. Поэтому Цезарь, считая, что всякое промедление только усилит врага, сразу начал войну в Испании.
В течение сорока дней Цезарю удалось принудить к сдаче пять легионов противника в Испании. Помпеи между тем готовился к войне. Его и без того огромный флот пополнился новыми боевыми кораблями; путем принудительных наборов создана была большая армия из одиннадцати легионов. Сам Помпеи принялся за обучение этого войска. В его лагерь стекались знатные римляне со всей Италии, восточные цари и властители.
Цезарь сделал попытку примириться со своим соперником, но Помпеи счел .его предложение ловушкой и отказался от переговоров. После этого Юлий Цезарь решил высадиться в Иллирии, сосредоточив для этого свои легионы в Брундизии.
Обманув бдительность вражеского флота, Цезарь переправился в Иллирию с небольшим отрядом, оставив в Брундизии большую часть своих сил. Все грузы, вьючные животные и продовольствие остались в Италии и должны были быть переправлены со следующей партией солдат. Командующий флотом Помпея блокировал гавань Брундизия, и остальная часть войск Цезаря не смогла выйти в море. Цезарь остался, таким образом, с небольшим войском без продовольствия и запаса оружия лицом к лицу с превосходящими силами противника.
Но Помпеи не сумел воспользоваться благоприятным случаем и разгромить врага до подхода его основных сил. Он предпочел ждать, пока голод ослабит войско Цезаря настолько, что его будет легко уничтожить. Между тем неделя проходила за неделей, а подкрепление и продовольствие из Италии не приходили, и в войске Цезаря начался голод. В отчаянии Юлий Цезарь хотел даже пойти один на небольшом суденышке в Брундизии, чтобы лично возглавить переправу из Италии своих легионов.
На счастье Цезаря в это время скончался командующий флотом противника, и бдительность врагов уменьшилась. Тогда сподвижник Цезаря, Антоний, решился, наконец, посадить часть легионов на корабли, а часть отправил сушей в Иллирию.
И вот однажды обе враждебные армии, стоявшие друг против друга около Диррахия, увидели проходивший мимо флот Антония. Корабли Помпея немедленно устремились за ним и вскоре обе эскадры скрылись из виду. Несколько часов прошли в томительном ожидании. Встречный ветер задержал вражескую эскадру, и Антоний благополучно высадился с четырьмя легионами севернее Диррахия. Обе враждебные армии двинулись к месту высадки: Помпеи, чтобы разбить Антония до соединения его с Цезарем, а Цезарь, чтобы соединиться с Антонием.
Цезарь успел соединиться с Антонием до прибытия Помпея и таким образом избежал разгрома и гибели.
Пытаясь теперь отрезать вражескую армию от продовольственной базы в Диррахии, Цезарь осадил город. Он часто нападал на вражеские укрепления, при каждом удобном случае вызывая противника на бой. Одна из таких стычек превратилась в настоящее сражение, и Цезарь был разбит, причем до 2000 его солдат пало в битве. Помпеи, однако, еще раз упустил случай разгромить врага: он не смог или побоялся ворваться в лагерь Цезаря, чтобы довершить победу, и тем самым помог врагу уйти в Фессалию. Обращаясь к друзьям, Цезарь по этому поводу сказал:
