Далеко не все индейцы добровольно желали превращаться в детей Христовых, а потом с утра до вечера работать в садах, мастерских и на плантациях. Католические миссии не раз и не два становились объектами нападений недружественных дикарей, восстания индейцев в испанской Калифорнии были явлением будничным. У поселенцев хватало и других врагов: в конце 1818 года, например, несколько миссий подверглись набегам пирата Иполито Бушара, француза, выходившего в море под флагом «объединенных провинций Рио-де-ла-Плата». Опорой королевского влияния и залогом консолидации окрестных земель под скипетром монарха были военные форты, presidios, в каждом из которых под прикрытием пары пушек упражнялся в практике карательных экспедиций гарнизон в несколько десятков штыков. Из этих деревянных крепостей и отправлялись в цивилизаторские миссии монахи-францисканцы. В военном отношении Верхняя Калифорния была разделена на четыре района с центрами в Сан-Диего, Санта-Барбаре, Сан-Карлосе и Сан-Франсиско. По мере того как сопротивление индейцев ослабевало, а европейцы осваивались на новых территориях, значение presidios уменьшалось, на их месте возникали гражданские поселения. Позже, в 1836 году, на дальнем калифорнийском севере, в Сономе, неподалеку от Форт-Росса, мексиканские власти основали крепость для предотвращения русской экспансии. На десятилетие Сонома стала штабом назначенного из Мехико «главнокомандующего на северной границе Верхней Калифорнии», другие presidios к тому времени уже были заброшены. Но, пока они существовали, снабжение гарнизонов продуктами и простенькой мануфактурой относилось к обязанностям миссий, и эти вопросы вызывали постоянные трения между военными и монахами, ведь миссионеры жили совсем небогато.
Испанские власти планировали (по опыту, применявшемуся в Мексике, Центральной Америке и Перу) в течение десяти лет передать все миссии в гражданское управление, а окрестные земли разделить между креолами и индейцами. Однако практика показала, что для колонизации далекой Верхней Калифорнии требовалось значительно больше времени. Ни одна из калифорнийских миссий не стала полностью самофинансируемой, вице-королю приходилось периодически прибегать к денежным — пусть и скромным — вливаниям. После начала в 1810 году войны за независимость Мексики эта помощь прекратилась, и поселенцы вынуждены были полагаться только на собственные силы. В 1819-м Испания приняла решение приостановить экспансию на север. Торговые контакты с англичанами и американцами, важные и прежде, приобрели для обитателей миссий жизненное значение.
Далекая Калифорния оказалась последней провинцией, присягнувшей на верность завоевавшему самостоятельность мексиканскому государству. Автор книги «История Калифорнии, испанский период» Чарльз Чэпмен свидетельствует: новая власть калифорнийцев скорее раздражала. Северная часть Калифорнии поначалу была настроена к Мехико лояльнее; между Сан-Франсиско и Монтереем на севере и Лос-Анхелесом и Сан-Диего на юге быстро началось соревнование за право стать столицей территории. В 1835 году мексиканский конгресс предоставил Лос-Анхелесу статус города и провозгласил его административным центром Верхней Калифорнии, но этот вердикт толком не успели претворить в жизнь. Лос-Анджелесу, кстати, так и не суждено было стать столицей, ведь главным городом штата в конце концов назначили Сакраменто. У этого решения имелась своя логика: американцы, в основном занимавшиеся охотой, старательством и торговлей, освоили север нового штата с его богатыми месторождениями золота быстрее и основательнее, чем преимущественно руральный испаноязычный юг. В Калифорнии, где и сейчас около трети жителей считают родным языком испанский, это разделение чувствуется до сих пор.
Мексиканская власть принесла в Калифорнию новые порядки и свои нравы. Назначенный правительством губернатор предоставил индейцам гражданство. В 1833 году в Мехико приняли решение о быстрой, в течение трех лет, секуляризации католических миссий. Половина их собственности распределялась между индейцами, другая подпадала под управление гражданской администрации. Среди новых администраторов, что бы там ни писал о добрых калифорнийских нравах Джонстон Маккалли, честных людей оказалось немного, многие бессовестно обогащались, а Зорро на них не нашлось. Индейцы не понимали значения частной собственности и не были подготовлены к независимому хозяйствованию. Они за бесценок продавали свои земли. Католическая братия покидала миссии, по возможности забирая с собой все ценное, а опустевшие здания местные жители обычно растаскивали на стройматериалы. Ни мексиканским, ни тем более сменившим их американским властям система католических миссий не понадобилась. В истории Калифорнии началось новое время, эпоха золотоискательства, железных дорог, промышленного бума, и смиренная братия с ее проповедями оказалась ни к чему.
