В дальнейшей исторической традиции принято приписывать Мелисенде и Балдуину роковое влияние на королевство, поскольку им «подражали другие вельможи, и это стало богатой почвой, на которой ядовитое растение безнравственности, достигающее роскошного развития, уничтожает в конце концов народ и государство».
Окружение Балдуина не могло смириться с огромным влиянием Мелисенды.
Приятели стали склонять молодого короля отказаться от опеки матери и самому вступить в управление Иерусалимским королевством. Они говорили ему, что королю, который должен стоять выше всех, неприлично, как ребенку простолюдина, висеть всегда на шее у мамки.
Эти подначки и наговоры делали свое дело и постепенно настраивали сына против матери.
Конфликт короля Балдуина III с королевой Мелисендой разгорелся через семь лет после его коронации, в 1150 г., когда молодой король попытался отстоять право на единоличное правление.
Мелисенда вовсе не собиралась добровольно уступать власть, полученную как законное наследство.
Разногласия матери и сына привели сначала к фактическому разделению королевства на две части, а затем и к открытому столкновению двух правителей. Недовольство и раздражение Балдуина усиливалось еще и по той причине, что Мелисенда отдала все доверие своему любимцу, двоюродному брату Манассии Хержесскому, которого она сделала коннетаблем государства. Но на эту должность притязал и Онфруа, владетель Торона, который из-за этого перешел в лагерь Балдуина. Сыновняя ревность толкала Балдуина на необдуманные поступки.
Южная часть страны — Самария и Иудея — во главе с коннетаблем поддерживала королеву. На ее стороне был весь клир и его глава — патриарх Фулько, которому она помогла занять этот пост. Злые языки ограниченных людей, не способных вникнуть в суть вещей, именно поэтому называли патриарха ее любовником.
Бароны Галилеи, северной части королевства, безоговорочно поддерживали молодого короля.
Балдуин III, достигший 22-летнего возраста, в пасхальный вторник 1152 г. появился в церкви Святого Гроба Господня со своими приверженцами и уговорами, смешанными с угрозами, принудил патриарха Фулько вновь короновать себя на царство. Прелат был вынужден повиноваться. Балдуин, в одиночестве приняв помазание и корону, известил об этом Мелисенду, которая, не подозревая о подобном вероломстве, решала какие-то дела в Наблузе.
После отвратительной ссоры мать и сын пришли к самому гибельному решению: разделить королевство на четыре части, из которых две провинции, Тир и Акру, молодой король забирал себе, а две другие — Наблуз и Иерусалим, уже захваченные сторонниками королевы, оставлял за Мелисендой.
Это разделение, конечно, не могло не усилить разлад между обоими правителями, и в скором времени возмужавший Балдуин призвал свое рыцарство на борьбу с узурпаторшей. Его сторонники и ближайшие советники, Онфруа де Торон и Гийом де Фоконбер, со своими дружинами окружили принадлежавший коннетаблю замок Мирабель и вынудили к сдаче его хозяина. Правда, король скоро освободил Манассию, своего близкого родича, заставив покинуть страну. Затем он осадил Мелисенду в ее иерусалимском замке Давида, принудив королеву отдать по крайней мере Иерусалим и удовольствоваться Наблузом. Это был богатый и красивый город — современники называли его «маленьким Дамаском», — но все-таки это было изгнание.
Победительная, хотя и побежденная, Мелисенда отправилась в Наблуз.
С тоской вспоминала королева Иерусалим, где под ее любовной опекой была только что завершена перестройка храма Гроба Господня. Все главные места Страстей Господних — сам храм, Голгофа и Темница Христова объединились в один архитектурный ансамбль. Искусные скульпторы и художники украсили все пространство храма и капеллы Голгофы скульптурными композициями и чудесными мозаиками.
Теперь она была разлучена со своим стольным городом, с городом своей юности.
Однако королева до конца своих дней сохранила контроль над церковными делами и не выпускала из рук бразды правления клиром. В течение 18 лет со дня кончины короля Фулько до самой ее смерти ни одно более или менее значительное церковное постановление не обошлось без участия Мелисенды.