Установление независимости Женевы неизбежно толкало город на принятие реформации, хотя она и была окружена католическими кантонами и странами. Это было необходимо для окончательной победы над женевским епископом, да и влияние протестантского Берна было огромным. Партия союзников епископа была еще сильна и Малый совет смотрел сквозь пальцы на распространение протестантизма. После подавления Лионского восстания 1524г. в город прибыла большая группа французских беженцев, сторонников Реформации. В феврале 1528г. сторонники Реформации во главе с французскими проповедниками Гийомом Фарелем и Фроменом победили на диспуте. Протестантские проповедники появились в Женеве и в 1530г. вместе с бернскими войсками, состоявшими в большинстве своем из лютеран. Почти сразу начались погромы церквей и монастырей. Сторонники реформации хлынули и из других стран. Среди них в 1532г. прибыл Гийом Фарель (1489 - 1565), который уже сыграл немалую роль в ходе реформационного движения во французских кантонах Швейцарии. Он родился в аристократической семье в Гапе (Дофине). В 29 лет отправляется учиться в Парижский университет. Очень долго был, как сам говорил, "более папистом, чем сам папа", но быстро попал под сильное влияние одного из зачинателей реформационного движения во Франции Жака Лефевра д'Этапля (1455 - 1537). В 1520г. принял протестантизм, а в 1523г. был вынужден перебраться в Базель, опасаясь репрессий. Фарель решил сделать Женеву опорным пунктом реформации, сплотил и возглавил протестантскую партию, развернул пропаганду новых идей. Сразу образовался новый серьезный конфликт - между протестантской партией и сторонниками сохранения прежней церкви, которых поддерживал католический Фрейбург. Городской совет был вынужден лавировать между ними. 1532 - 1536гг. Стали временем острых столкновений между католиками и реформаторами. После того, как в 1535г. епископ заключил союз с савойским герцогом Карлом III и возобновилась война за независимость Женевы, причем, в нее грозила вмешаться и Франция, пришлось просить помощи у Берна и, следовательно, пойти снова на реформацию. В 1536г. католицизм был окончательно отменен и многие патрицианские католические семьи эмигрировали. Был подписан "вечный мир" с Берном, который гарантировал независимость Женевы, но и требовал от нее всегда соблюдать религиозное единомыслие с Берном и не заключать без его согласия никаких внешних союзов.
Сложность внутреннего и внешнего положения Женевы не исчезла. Продолжала угрожать Савойя, зависимость от Берна была слишком велика. Эмигранты из разных стран плохо подчинялись женевской олигархии. Народные волнения продолжались, анабаптизм достаточно основательно укрепился в городе. Возник и конфликт между группой Г. Фареля и городским магистратом. Фарель стремился полностью подчинить государства церкви, что привело бы к еще большему усилению влияния Берна. Городской же совет пытался подчинить церковь государству в лице магистрата. Фарель все больше убеждался в своем бессилии и по этой причине очень обрадовался, узнав, что проездом в Женеве остановился Жан Кальвин, уже известный как автор оригинального сочинения "Наставление в христианской вере". Он сделал все возможное, чтобы уговорить его остаться в городе. Вместе с Кальвином он будет участвовать в женевской реформации, разделяя с ним поражения, изгнания и победы.
Кальвин перед Реформацией.
Жан Кальвин родился 10 июля 1509 года в городе Нуайоне в Пикардии. Его настоящая фамилия Ковен (Cauvin), но в соответствии с модой того времени он латинизировал ее (Calvinus). Дед его был простым бочаром, но отец Жерар с помощью упорного труда добился более высокого общественного положения: был епископским секретарем, фискальным прокурором и синдиком соборного капитула в Нуайоне. Вероятно, именно стремление во что бы то ни стало "выбиться в люди" наложило отпечаток на его характер, да и на отношения в семье в целом. Вечно занятый, он был суровым и довольно деспотичным человеком, детям (кроме Жана было еще три сына и две дочери) уделял весьма мало внимания, правда, всерьез заботился об их будущем. В этом ему немало помогало аристократическое семейство Моммор и обширные связи среди местного дворянства. Про мать свою Жан Кальвин никогда не вспоминал, вероятно, потому, что рано лишился ее.