Не успел Васко де-Кастро окончательно расправиться с альмагристами, как уже пришлось вести переговоры с наиболее серьезным претендентом, Гонзало Пизарро, который в конце 1542 года вернулся из своей экспедиции.
Гонзало обладал недюжинными военными способностями, большим мужеством и железной выносливостью. Все эти качества проявлялись уже и раньше, во время завоевательных походов, но особенно ярко они обнаружились во время последней экспедиции. Отряду Гонзало после мучительного и долгого пути, стоившего жизни чуть не половине участников, удалось дойти до реки Напо, притока Амазонки.
Двигаясь вниз по ее течению, путешественники наткнулись и на самую Амазонку, но вследствие отсутствия съестных припасов и снаряжения не могли итти дальше и вынуждены были повернуть обратно. Орельяна, отделившийся от отряда Гонзало Пизарро, тронулся вниз по течению Амазонки, доехал до океана и благополучно возвратился в Испанию. В историю открытий это двухлетнее путешествие, одно из самых трудных и длительных, когда-либо предпринятых в Новом Свете, вписало блестящую страницу. О нем создавались легенды, о нем писались целые томы. Но золота оно не принесло, а драгоценные пряности, обнаруженные в этих широтах, не могли быть привезены за отсутствием средств передвижения. В материальном смысле экспедиция кончилась полной неудачей. В Квито вернулось лишь восемьдесят человек — около трети путешественников. Худые, как скелеты, еле державшиеся на ногах, в звериных шкурах вместо одежды, они походили не на отважных воинов, а на беспомощные жертвы кораблекрушения. Не в лучшем состоянии находился и сам Гонзало. Отстаивать наследство брата с оружием в руках, вести в бой своих полумертвых сподвижников против войск Васко де-Кастро было, разумеется, невозможно.
Гонзало временно смирился. Он почел за лучшее последовать совету королевского комиссара и удалился в свои обширные горные поместья, где вскоре начали работу тысячи перуанцев, добывая из каменных недр серебряную руду. Рудники принесли ему такие богатства, что через два года он уже мог навербовать достаточный отряд и приступить к завоеванию наместничества.
Честолюбивые планы Гонзало вряд ли могли бы увенчаться успехом, если бы ему не помогла политика испанского правительства. В 1543 году королевский совет, боясь, как бы в Новом Свете не образовалось таких же могущественных грандов, как некогда в Испании, издал законы, охранявшие права туземного населения. Наиболее важной частью этих законов был тот отдел, где говорилось о правах туземцев. Рабство отменялось, и все индейцы объявлялись «свободными вассалами его величества». Индейцы, уже приписанные к тем или другим лицам, оставались в крепостной зависимости до конца жизни их владельцев. Но в ряде случаев индейцы освобождались немедленно. Владельцы, плохо обращавшиеся со своими рабами, государственные чиновники, монастыри и религиозные братства и все лица, принимавшие участие в гражданских войнах последних лет, должны были отпустить на волю своих рабов тотчас же по опубликовании закона. А так как большинство колонистов выступало с оружием в руках за или против Пизарро, то закон коснулся почти всех их. Проводить в жизнь новое законодательство было поручено Бласко Нуньесу, получившему титул вице-короля и посланному на смену Васко де-Кастро.
Когда Нуньес приехал в Лиму и начал немедленно применять «законы об индейцах», колонисты были возмущены до глубины души. На новые законы они смотрели, как на попрание их священнейших прав. Вместо привольной и беззаботной жизни рабовладельца — награда за труды и бранные подвиги — какие-то придворные писаки подсовывали им трудовую лямку крестьянина! Они должны были в поте лица своего добывать хлеб насущный. Если бы они знали, что их ожидает Такая судьба, ни один из них не стал бы завоевывать Новый Свет во славу испанской короны. Вице-короля засыпали прошениями и протестами, молили отсрочить проведение новых постановлений. Все было напрасно. Бласко Нуньес строго следовал букве закона и ежедневно отпускал на свободу сотни индейцев. Потеряв надежду на уступки, колонисты обратились к Гонзало Пизарро. Он был опытный воин, способный полководец, а самое главное — он был лично заинтересован в рабовладении. В 1544 году вспыхнуло открытое восстание. Верховный суд объявил Бласко Нуньеса смещенным, и вице-король был отправлен обратно в Испанию. Управление страной было вверено Гонзало Пизарро, получившему титул капитан-генерала, а в Испанию послано особое посольство с ходатайством об утверждении «народного избранника».