Тем временем Франсиско Пизарро устраивал свои владения. Это было не так легко. Распри, беспорядки, волнения охватили всю страну. Многие из солдат, считавшие себя обделенными, втайне сочувствовали законному наследнику казненного Альмагро.
Испанские колонисты были недовольны наглым хозяйничаньем сородичей и любимцев наместника, силой отнимавших у поселенцев наиболее плодородные земли, и в провинциях то и дело вспыхивали вооруженные стычки между враждующими группами. Туземцы, приписываемые то к одному, то к другому владельцу, не знали, кого слушаться, и расплачивались собственными боками за раздоры неведомых им господ. В довершение всего, требования завоевателей росли с каждым днем, и множество деревень было разорено и почти сравнено с землей, а десятки тысяч людей угнали в горы на добычу и разработку руд. Голод, ранее неизвестный, стал постоянным гостем деревни. Только теперь — увы, слишком поздно! — начали широкие массы населения понимать, какое будущее сулили им новые владыки.
Вскоре дал о себе знать и инка Манко. Когда ему сообщили о положении вещей, он вышел из своих горных убежищ и снова стал организовывать сопротивление. Не прошло и нескольких месяцев, как его отряды появились в окрестностях Куско, подстерегая путешественников, грабя караваны, а иногда даже отваживаясь на открытые сражения с высылаемыми испанскими войсками. Перуанцы почти всегда оказывались разбитыми, но эти победы не приносили пользы испанцам. Отступив, туземцы быстро собирались с силами и продолжали партизанскую войну. Их набеги еще более увеличивали общий беспорядок и смуту.
Манко не на шутку начинал тревожить Пизарро.
— Индейцы разбиты наголову, — каждый раз доносили ему вожди отправляемых в горы военных экспедиций.
— А где Манко?
— Манко в горах, — гласил неизменный ответ.
— Значит, разбиты мы, — говорил Пизарро.
Убедившись в бесплодности вооруженной борьбы, наместник вступил в переговоры с неуловимым врагом. Обещал деньги — Манко отказывался. Сулил прощение и почетные должности — Манко не верил. Оставалось одно — сооружать укрепленные поселения во всех важных пунктах. Селившиеся в них колонисты щедро наделялись землей и приписными индейцами, получали ряд льгот, а в случае нужды даже съестные припасы, но были обязаны нести сторожевую службу и являться на сборный пункт по первому требованию. В короткое время по дороге, соединявшей Куско с Лимой, возникло несколько таких колоний, самой важной из которых был город Арекипа. Впоследствии он стал одним из самых цветущих городов Перу.
Пробыв в Куско около года и наладив более или менее безопасное сообщение между наиболее важными центрами страны, Пизарро вернулся в Лиму и принялся за мирную государственную работу. Он привлекал в Перу новых колонистов, продолжал постройку новых городов, налаживал добычу и разработку серебряных руд и эксплуатацию золотых россыпей. Обращено было внимание и на сельское хозяйство. По приказу наместника, из Испании стали ввозиться европейские злаки и фруктовые деревья. Пшеница, виноградная лоза, лимоны, апельсины, оливки — все это прекрасно прививалось на перуанской почве. Пизарро вряд ли стал бы так заботиться о сельскохозяйственном процветании своих владений, если бы знал, что через немного лет испанское правительство прикажет вырубить оливковые рощи и выкорчевать виноградные лозы, а ввоз саженцев признает тягчайшим преступлением. «Колония должна ввозить все пищевые продукты из своей старой родины, — рассуждали министры наследника Карла V, — иначе испанским земледельцам некуда будет сбывать хлеб и вино, да и колония, пожалуй, отложится от королевства».
Упоенный победами, поглощенный работой, Пизарро не очень тревожился неудачами Эрнандо и недовольством испанских придворных кругов. Посланная из Испании комиссия все еще не приезжала. Затем пришло известие, что корабль, на котором она ехала, потерпел крушение где-то у берегов Нового Света и большинство пассажиров и экипажа погибло. О судьбе Васко де-Кастро ничего не было известно, и можно было думать, что он тоже погиб. Миновала как будто и эта опасность. Теперь, через одиннадцать лет после начала завоевания, Пизарро чувствовал себя сильнее и увереннее, чем когда бы то ни было. Соперников у него больше нет. Манко где-нибудь и когда-нибудь возьмут в плен или прикончат, сторонники Альмагро перемрут от голода, колонистам надоедят бесплодные протесты, из новых поселенцев в стране образуются сильные кадры защитников, которым не страшны будут никакие восстания. За будущее опасаться нечего. Судьба дала ему такое богатство и такую власть, о каких не мечтал никакой конквистадор, и остается лишь пользоваться ее дарами.