Вместе с тем остался целый ряд существенных вопросов, не проработанных должным образом, как на уровне командующего фронтом, так и управлений штаба фронта, которые оказали серьезное влияние на исход контрудара. К проблемам «первой категории» относился вопрос о подчинении 184-й, 219-й, 204-й и 309-й сд.
С точки зрения интересов проводимой оборонительной операции передача этих дивизий 6-й гв. А и возврат в ее состав «родной» 71-й гв, сд были понятны и вполне обоснованны. При любом исходе контрудара операция полностью не завершалась. За один день, это все понимали, противника на исходные рубежи при всем желании отбросить было невозможно. Поэтому укрепление обороны по всему фронту «вмятины», которую продавил 48-й тк, и фактическая передача ответственности за его удержание от 1-й ТА 6-й гв. А и 5-й гв. А, было решением правильным и дальновидным. Особенно если учесть высокие потери соединений М. Е. Катукова.
Документы, доступные сегодня исследователям, свидетельствуют о том, что проблемы с переподчинением 204-й и 309-й сд из 1 — й ТА в 6-ю гв. А были вызваны различными взглядами на дальнейшее проведение операции на правом фланге фронта. Речь шла об ответственности за оборону на направлении главного удара 48-го тк. Участок по обе стороны Обоянского шоссе в 1 км севернее Новоселовки удерживал 3-й мк и 309-я сд. До 11 июля они находились в подчинении только командующего 1-й ТА. Передача их в разные армии могла создать проблему с управлением, как это происходило в войсках, находившихся северо-западнее от шоссе. Соединения и части, занимавшие оборону на рубеже: выс. 232.8, Калиновка, Круглик, Новенькое, подчинялись разным армиям 6-й гв. А и 1-й ТА и решали общую задачу, но по-разному. Нередко были случаи, когда находившиеся рядом части получали распоряжения, которые не согласовывались с намерением соседей по обороне. М. Е. Катуков считал подобное положение недопустимым, за удержание столь важного рубежа должна отвечать только одна из армий, и просил руководство фронта ответить — правильно ли он оценивает ситуацию. Если верно, то 204-я и 309-я сд должны подчиняться ему, если нет — 3-му мк необходимо сдать свой участок войскам 6-й гв. А и полностью выйти во второй эшелон. В условиях, когда сил и так не хватало, этот вариант был изначально неприемлем.
Проблема со 184-й и 219-й сд была иной. Её суть заключалась в том, кто будет участвовать во фронтовом контрударе на правом фланге фронта: 6-я гв. А и 1-я ТА или 40-я А и 1-я ТА. К. С. Москаленко очень хотелось быть причастным к столь грандиозному событию, каковым являлась Курская битва, но до последнего момента это сделать не удавалось. Поэтому руководство 184-й и 219-й сд в ходе фронтового контрудара такую возможность представляло. Отсюда и ходатайство об отмене приказа. По-иному ситуацию оценить сложно.
Н. Ф. Ватутин понимал беспокойство М. Е. Катукова, но считал, что этот вопрос будет решаться после контрудара. Сейчас главное — собрать стрелковые дивизии в один кулак, а танковые и мехсоединения в другой и вместе ударить, то есть успешно провести контрудар. А вопрос, кто кому будет подчиняться, если противника разбить не удастся, решится потом. Этот подход трудно назвать дальновидным и продуманным. Отсутствие четкой, однозначной позиции руководства фронта и затягивание передачи подтверждения приказа сыграло отрицательную роль в ходе реализации замысла контрудара.
Подтверждение из штаба фронта прежнего распоряжения о передаче всех четырех дивизий командованием 6-й гв. А было получено очень поздно — в 4.00. Почему так долго решался этот вопрос, до конца выяснить не удалось. Возможно, это связано с технической проблемой. Согласно боевому донесению штаба фронта на 24.00 11 июля, связь штаба с фронтом и 1-й ТА, и с 6-й гв. А с 20.00 11 июля прервалась, поэтому документы доставляли офицеры связи.
Таким образом, к первоначально определенному сроку перехода в контрудар — 3.00 12 июля — группировка 6-й гв. А была не подготовлена. Все время, пока шло согласование, дивизии основными силами находились во втором эшелоне и на исходные позиции стали выдвигаться лишь после 4.00, а своих районов достигли между 11.00 и 13.00. Ситуация с 309-й сд оказалась еще сложнее, для ее переподчинения потребовался еще один, дополнительный приказ из штаба 6-й гв. А, который был направлен в 8.00. Все это наложило негативный отпечаток на организацию ввода в бой всей вспомогательной фронтовой группировки. Выполнение плана контрудара полностью было сорвано и по времени и по месту. Так, 10-й тк должен был действовать совместно с 219-й сд, но ни к 3.00, ни к 8.00, и ни даже к 10.00 дивизия перейти в контрудар оказалась не в состоянии. Еще в более сложное положение из-за опоздания 184-й сд попал 5-й гв. Стк. Из-за того, что в его составе не было даже полсотни танков и незначительное число пехоты, соединение самостоятельно действовать не могло. Всё это привело к тому, что главная задача, решения которой добивался штаб фронта — организовать одновременный сильный удар двух основных контрударных группировок, к рассвету 12 июля решить не удалось.