Затруднения с соблюдением декларируемой религиозной толерантности время от времени возникали и в России, и в Швеции под влиянием конкретных обстоятельств. Надо отметить, что в России, прежде всего в столице и портовых городах, к началу XVIII века сложились довольно благоприятные условия для регулярного исполнения религиозных служб иноверцами. В частности, в Москве в Немецкой слободе уже было как минимум две кирхи и несколько пасторов. Небольшие приходы были и в других русских городах, в которых традиционно жили иностранцы, например в Новгороде и Пскове. Резидент Томас Книперкрона в письмах в Стокгольм никогда не жаловался на то, что каролинам негде исполнять службы, или на то, что нет священнослужителей. Можно было бы ожидать появление этих проблем после того, как пленных начали отправлять в Сибирь и на Урал в небольшие и совсем маленькие города, но этого не произошло. Во-первых, проблема кадров служителей была решена каролинами за счет собственных резервов, так как среди них было довольно много военных священников. Во-вторых, русские власти охотно откликались на просьбы пленных о присылке пасторов к их месту пребывания. Иногда они сами инициировали поиск, как это сделал комендант Москвы князь М.П. Гагарин в 1710 году, отправляя группу военнопленных в Соликамск. Правительствующий Сенат в 1717 году, отвечая на прошение финских пленных из Санкт-Петербурга, распорядился прислать из Чебоксар пастора Ягана Павиандера, знающего финский язык.
Знаковым событием в жизни каролинов в Сибири стало строительство кирхи в Тобольске, что было бы невозможно без согласия и поддержки властей. Она открыла свои двери в 1713 году, дважды горела, но отстраивалась заново и действовала до отъезда каролинов на родину после окончания войны. В новой столице империи Санкт-Петербурге шведские пленные в 1719 году также построили кирху.
То, что религиозные чувства каролинов нашли в России если не поддержку, то сдержанную терпимость, показывает содержание дневниковых записей батальонного священника Андэша Вестермана. Из них следует, что в колониях ссыльных шла активная религиозно-обрядовая жизнь, что, несомненно, было бы сопряжено с большими проблемами в случае активного противостояния местного населения.
Письма и прошения русских пленных из Швеции показывают, что они оказались в более затруднительном положении, чем их визави. В первую очередь это касалось, как писали шведы, «ортодоксальных русских», то есть православных. В течение всей войны они в большей или меньшей степени испытывали затруднения в исполнении религиозного долга.
В Стокгольме с начала XVII века при русском гостином дворе существовала часовня для купцов и прочих православных людей, так же как в Ревеле и Нарве. Именно в ней, как изначально планировалось, должен был проводить регулярные службы священник Алексей Федоров, который ехал в свите русского резидента князя Хилкова в Стокгольм и вместе со всеми прочими оказался в плену. Жесткая позиция шведских властей, разделивших и изолировавших пленных друг от друга, привела к тому, что в первые годы плена лишь некоторые офицеры и резидент могли пользоваться его услугами. Особенно тяжело было в первые годы плена: к 1702 году Хилков и генералы неоднократно просили Королевский совет разрешить им проведение православных служб в доме Фалкенберга, где жили Долгорукий, Трубецкой, Головин и несколько их сослуживцев. Не выдержав напора, советники все-таки обратились за официальным разрешением к королю, сообщив ему, что Книперкроне в Москве разрешено посещать церковные службы в Немецкой слободе. Карл не торопился с ответом и члены Совета самостоятельным решением позволили священнику А. Федорову посещать пленников. При активной поддержке церемониймейстера Спарвенфельда в одной из комнат в доме генералов была оборудована домовая церковь Покрова Богородицы, которую освятили вдень Петра и Павла 10 июля 1702 года.
Но даже эта небольшая победа не решала проблему для большинства русских пленных, которые по-прежнему не имели возможности участвовать в церковных службах. И Долгорукий, и Хилков регулярно писали властям на всех уровнях, настаивая на том, чтобы к рядовым и гражданским «допустили» священника, а то «многие без покаяния умереть могут». Писали они и в Москву с просьбой прислать священнослужителей. Проблема была настолько острой, что в конце мая 1705 года Хилков попросил шведские власти не освобождать из плена иеромонаха Симона и дьякона Арсения, а отправить их в Стокгольм, где они могли бы окормлять свою паству.
