Когда в 1939 году Флот Метрополии вернулся в Скапа Флоу, вся проделанная ранее работа была сведена к нулю. Во время Мюнхенского кризиса в 1938 году снова было решено использовать Скапа в качестве главной базы флота, и адмирал Форбс обнаружил, что дела обстоят просто ужасно.
«Странное зрелище предстало перед ним, когда он привел свои корабли на якорную стоянку. Группа морских пехотинцев заканчивала разбирать последнюю орудийную установку эпохи Первой Мировой войны, пока боновые заградители готовились ставить противолодочные сети, совершенно обязательные во Второй».
Адмирал Форбс провел инспекцию и обнаружил, что база совершенно беззащитна. Его особенно обеспокоил пролив Хольм-Саунд, и Форбс лично приобрел баржу, которую следовало затопить там, чтобы закрыть брешь. Несмотря на повторяющиеся напоминания Адмиралтейству в последующий год, после начала войны выяснилось, что база находится в том же самом состоянии.
«Не приходится сомневаться, что Адмиралтейство не предприняло совершенно никаких усилий, чтобы улучшить оборону Скапа Флоу в период между Мюнхенским кризисом и началом войны».
14 октября 1939 года флот заплатил за эту расхлябанность, и заплатил очень дорого. Плохое состояние обороны главной базы Флота Метрополии не укрылось от немцев, поэтому возможность проникнуть туда для решительного и умелого командира подводной лодки считалась вполне реальной. Для этой операции Дениц выбрал командира U-47 лейтенанта Гюнтера Прина. План атаки был проработан в мельчайших деталях.
Вот поэтому ясной безлунной ночью U-47 осторожно и медленно ползла вдоль северного берега Хольм-Саунда, аккуратно маневрируя между затопленными судами, после чего лодка вышла на глубокую воду якорной стоянки. Это потребовало исключительной отваги, но после этого перед Прином, как на блюдечке, оказалось... практически пустое логово Флота Метрополии.
Следует напомнить, что после вылазки «Гнейзенау» 8–10 октября все линкоры Флота Метрополии были отправлены в море на бесплодную охоту. После завершения операции главные силы Флота Метрополии не вернулись в Скапа, а ушли на «секретную» стоянку в Лох-Ю на западном побережье Шотландии. Единственным крупным кораблем, оставшимся в Скапа Флоу в эту ночь, оказался линкор «Ройял Оук», который патрулировал совсем недалеко — в проливе у острова Фэр. «Ринаун» чуть раньше ушел в Розайт.
В призрачном мерцании северного сияния Прин привел свою лодку в Скапа в надводном положении и начал оглядываться, разыскивая достойные цели. Никто его не видел, и он занимался осмотром стоянки совершенно спокойно. Но Прин сумел различить только 2 больших корабля, укрывшихся в северной оконечности бухты. Именно туда Прин и направился в 0.58. Этими кораблями были «Ройял Оук» и старый гидроавианосец «Пегасус», но Прин принял его за «Рипалс» или какой-то другой линейный корабль. До сих пор бродит миф, что в ту ночь в Скапа находились два линкора, несмотря на то, что мельчайшие детали этой ночи давно стали известными широким кругам.
С дистанции 4000 ярдов был дан залп 4 торпедами. Одна из них застряла в аппарате, но остальные 3 помчались к цели. Весь немецкий экипаж напряженно ждал грохота взрывов, но услышал только один приглушенный удар. Как это ни было невероятно, Прин ухитрился промахнуться по совершенно неподвижной цели. Лишь одна торпеда попала в якорную цепь линкора. Взрыв оказался слабым, а повреждения настолько малы, что командир линкора и его офицеры после проверки решили, что эти повреждения вызваны внутренним взрывом где-то в носовой части корабля.
Вокруг стояла полная тишина. По-прежнему находясь в надводном положении, Прин тихо развернул U-47 на 180 градусов и выпустил по огромному силуэту линкора торпеду из кормового аппарата. И снова безрезультатно. Тишину в Скапа не нарушило ничто, Прин проявил невероятное хладнокровие в столь неприятной ситуации, решив обязательно выполнить свою миссию. Он отошел и тщательно перезарядил торпедные аппараты для третьей попытки.
В 1.16 он вернулся на прежнюю позицию и выпустил еще 3 торпеды. На этот раз настойчивость была вознаграждена, и 2 торпеды попали в «Ройял Оук». Они прошли ниже булей и распороли днище линкора. Через 13 минут огромный корабль перевернулся и затонул, унеся с собой 833 члена экипажа
