Ради безопасности правителей и знати, сохранения святынь государства сообщение между верхним и нижним городом было ограничено. Так, в Калибангане обнаружено только два прохода, которые соединяли нижний город с цитаделью. В Хараппе вдоль края цитадели была проложена широкая дорога, которая, как предполагают ученые, предназначалась для особых религиозных процессий, с тем чтобы не пускать большие толпы верующих в сердце города.
Жилая часть городов имела форму прямоугольника, прямоугольными были и городские кварталы. Кварталы отделялись друг от друга широкими улицами. Улицы были сориентированы точно по сторонам света — они вели с севера на юг и с запада на восток. Некоторые исследователи предполагают, что такая планировка была вызвана гигиеническими целями: будто бы именно в этих направлениях «дули ветры, выгоняя застоявшийся душный воздух и отлично вентилируя улицы». Такое предположение весьма сомнительно. Ветры никогда не дуют строго с севера на юг или с юга на север. К тому же все хараппские города были построены по одному и тому же плану, а в мире нет двух городов, в которых одни и те же ветры дуют с одинаковой частотой.
Есть другое объяснение. В Индии широко распространено изображение четырехчастной мандалы. Это прямоугольник или круг, крестообразно разделенный на 4 равных сегмента. Такие мандалы служат для индийцев символической моделью мира. Они схематично, но в то же время образно, выражают наиболее важные философские понятия. Даже в наше время мы делим пространство и время аналогичным образом — на 4 стороны света и на 4 времени суток, причем стороны света связаны с видимым движением Солнца по небу в течение дня. Аналогичные мандалы существовали и в хараппское время. Древним людям было свойственно представлять земной город как отражение Небесного Града. Похоже, что и хараппцы старались придать планировке своих городов черты Небесного Града, как они его себе представляли.
Центральные улицы городов пересекались под прямым углом с более мелкими улицами. Внутриквартальные улицы были значительно уже, и некоторые были настолько узки, что на них с трудом бы разминулись два человека. Самые широкие улицы были в Мохенджо-Даро. Они достигали 10 мв ширину. Вдоль улиц, особенно главных, располагались лавки торговцев и мастерские ремесленников.
Цитадель возводили на высокой платформе из обожженного кирпича, поэтому она возвышалась над нижним городом. Она была укреплена мощными стенами и башнями. В ней располагались различные культовые, административные и хозяйственные постройки, а также жилища жрецов, правителя и знати.
Почему цитадель располагалась в западной части? На этот вопрос нет однозначного ответа, но историки выдвинули несколько гипотез. По самой распространенной из них, именно в цитадели горожане могли найти убежище в случае разливов Инда. Другая версия утверждает, что цитадель выполняла прежде всего оборонительные функции. Города долины Инда постоянно подвергались нападениям со стороны переселенцев с запада и северо-запада, поэтому именно хорошо укрепленная цитадель первой встречала нападение и могла защитить жителей лучше, нежели станы нижнего города. Более того, возвышенное положение позволяло заметить приближение противника задолго до того, как он окажется у стен города. Возможно, что истинная причина представляет собой соединение обеих версий: цитадель могла одновременно защищать и от нападений, и от наводнений.
Как мы уже говорили, в качестве строительного материала в амрийское и раннехараппское время применялся кирпич-сырец. Затем все большее значение стал приобретать обожженный кирпич. Однако обжиг кирпича был процессом дорогостоящим и трудоемким. Ведь для этого необходимо было заготовить древесину, пережечь ее в древесный уголь и лишь затем проводить обжиг в специальной печи. В крупных городах недостатка в рабочих руках, по-видимому, не было, а вот в небольших провинциальных городках, таких как Калибанган, из обожженного кирпича строили лишь небольшие ритуально значимые постройки, а для обычных использовался кирпич-сырец. Поэтому можно предположить, что хараппцы строили свои города из обожженного кирпича не только потому, что это прочный строительный материал, но еще и потому, что он выполнял важные ритуальные функции.