После завоевания Александрии Бонапарт двинулся на юг, в пустыню. Его войска страдали от недостатка воды, так как население деревень в панике покидало свои дома, отравляя и загрязняя колодцы. Мамелюки медленно отступали, изредка идя на короткие стычки, после которых быстро скрывались от погони на великолепных лошадях.
Когда 20 июля 1798 года Бонапарт увидел пирамиды, он воскликнул: «Солдаты! Сорок веков смотрят на вас сегодня с высоты этих пирамид!» Здесь армия Бонапарта встретилась с главными силами мамелюков.
Сражение происходило между селением Эмбабе и пирамидами. Мамелюки потерпели полное поражение и, бросив значительную часть своей артиллерии — 40 пушек, — отошли на юг. Они потеряли несколько тысяч человек убитыми.
После этой победы войска Бонапарта вошли в город Каир, который был вторым по величине городом Египта. Население молча встретило завоевателя. Люди не только ничего не слышали о Бонапарте, но даже с трудом представляли, откуда он явился вместе со своими войсками.
Каир оказался намного богаче Александрии. Здесь армия сумела отдохнуть после тяжелого перехода.
Арабы были запуганы и относились к завоевателям с большой напряженностью, которая еще больше усилилась после того, как Бонапарт отдал приказ сжечь село Алькат недалеко от Каира, заподозрив его жителей в убийстве нескольких французских солдат. Так он впоследствии поступал всюду: его солдаты должны были видеть, как страшно он карает каждого, кто посмеет поднять руку на французского воина.
Утвердившись в Каире, Бонапарт принялся организовывать управление. В каждом селении власть была сосредоточена в руках французского начальника гарнизона. При нем находился совещательный «диван» из наиболее именитых и состоятельных местных граждан. Бонапарт строго предупредил своих командиров, что магометанская религия должна пользоваться полнейшим уважением, а мечети и духовенство — неприкосновенностью. Сбор податей и налогов был устроен так, чтобы страна содержала французскую армию. Местные начальники должны были организовывать полицейский порядок, охранять торговлю и частную собственность. Были отменены все земельные поборы, которые ранее взимались беями-мамелюками. Имения непокорных и продолжавших войну беев, которые бежали к югу, отошли к французской казне.
Здесь, как в Италии, Бонапарт стремился к уничтожению феодальных отношений и искал опору среди арабской буржуазии. Таким образом, в стране была установлен военная диктатура, централизованная власть которой была сосредоточена в руках генерала Бонапарта.
Следует отметить, что, провозглашенные Наполеоном веротерпимость и уважение к корану были в то время величайшим новшеством. Это дало повод российскому «священному синоду» весной 1807 года отождествить Наполеона с предтечей антихриста, одним из аргументов синод выдвигал поведение Бонапарта в Египте, где он выказывал покровительство магометанству.
Установив в Египте свое правление, Бонапарт стал готовиться к походу в Сирию. Он прекрасно понимал, насколько опасна будет эта экспедиция, а потому решил не брать с собой ученых, которых привез из Франции. Он всегда с большим сочувствием и вниманием относился к своим ученым спутникам. Известна даже знаменитая его команда перед началом одного из сражений с мамелюками: «Ослов и ученых на середину!» Он имел в виду, что необходимо обезопасить представителей науки и драгоценнейших в походе вьючных животных.
Следует отметить, что в истории египтологии поход Бонапарта сыграл огромную роль, так как с ним приехали ученые, которые, можно сказать, открыли для науки эту древнейшую страну, в коей зародилась человеческая цивилизация. Бонапарт имел возможность неоднократно убедиться, что далеко не все арабы восхищены «освобождением от тирании мамелюков», о котором постоянно говорил он в своих воззваниях, переводимых на местные языки. И если продовольствия для армии было достаточно, благодаря системе реквизиции и налогового обложения, то денег было найдено гораздо меньше — приходилось их добывать другими средствами.
Генерал-губернатор Александрии Клебер, которого оставил Бонапарт, арестовал прежнего шейха этого города и одного из самых богатых людей в Александрии Сиди-Мохаммеда Эль-Кораима, якобы, по обвинению в измене, не имея на то никаких доказательств. Эль-Кораим был отправлен под конвоем в Каир, где ему объявили, что для спасения своей жизни он должен отдать 300 тысяч франков золотом. Но Эль-Кораим оказался фаталистом: «Если мне суждено умереть теперь, то ничто меня не спасет и я отдам, значит, свои пиастры без пользы; если мне не суждено умереть, то зачем же их отдавать?» По приказу Бонапарта ему отрубили голову и провезли по всем улицам Каира с надписью: «Так будут наказаны все изменники и клятвопреступники». Несмотря на поиски, деньги, спрятанные казненным шейхом, так и не нашли. Но несколько богатых арабов, испуганных казнью Эль-Кораима, отдали все, что у них потребовали. Таким образом, вскоре было собрано 4 миллиона франков, которые поступили в казначейство армии.
