В те дни, когда Бонапарту удалось взять Тулон, в стране безраздельно правили монтаньяры. Их было большинство в Конвенте. Якобинский клуб имел огромное влияние в столице и провинциях. Вся страна находилась под безраздельным владычеством революционной диктатуры, которая, как уже говорилось выше, проводила жестокие беспощадные репрессии против роялистов, жирондистов, не присягнувших священников, а также вела на многих фронтах войну против сил объединенной коалиции.
В этой напряженной яростной схватке Наполеон Бонапарт должен был выбрать между монархией и республикой. Он прекрасно понимал, что в случае реставрации королевской власти ему не простят взятие Тулона. В то время как республика может дать ему все. Кроме этого, в печати вышла его небольшая брошюра «Ужин в Бокере», в которой он доказывал восставшим на юге городам безнадежность их положения. Весной и в начале лета 1794 года комиссары Конвента на юге и в первую очередь Огюстен Робеспьер, которые находились под влиянием Бонапарта, готовили вторжение в Пьемонт — в северную Италию, чтобы оттуда угрожать Австрии. Правда, Комитет общественного спасения не без колебания принял такое решение. Особенно против этого плана был Карно. Но, влияя на правителей через Огюстена Робеспьера, Наполеон предлагал защищаться от интервенции не обороной, а прямым нападением на саму Европу. Но этим планам Наполеона не суждено было осуществиться, так как в 1794 году неожиданно для всех диктатура якобинцев была свергнута.
Вот в таком свете представлялись эти события самому Бонапарту. Для того чтобы поддержать его план лично перед братом и перед Комитетом общественного спасения, Огюстен Робеспьер отправился в Париж. Было лето, и этот вопрос было необходимо решать. Наполеон находился в это время в городе Ницце, куда он вернулся из Генуи, выполнив секретное поручение, связанное с затевающимся походом. Неожиданно из столицы пришло известие, которого не ожидали не только в южных провинциях, но и даже в самом Париже: в день 9 термидора на заседании Конвента Максимилиана Робеспьера, его брата Огюстена, а также Сен-Жюста и Кутона вместе с их приверженцами арестовали и на следующий день казнили без суда в силу простого их объявления вне закона. Тут же по всей Франции начались аресты людей, которые были близки к казненным. В связи с этим генерал Бонапарт оказался сразу же в опасности. Его арестовали через две недели после 9 термидора (27 июля) — 10 августа 1794 года. И посадили в антибский форт на Средиземноморском побережье. Но через две недели Наполеона выпустили на свободу, так как в его бумагах не нашли ничего, что давало бы повод к его преследованию. Узнав о том, что в дни термидорианского террора погибли тысячи людей, в той или иной степени близких к Робеспьеру и его соратникам, Бонапарт понял, что легко отделался, избежав гильотины. Люди же, которые пришли на смену казненным, знали генерала Бонапарта мало, а поэтому относились к нему с подозрением. Взятие Тулона не успело создать ему большой репутации, о нем все еще мало кто знал. Когда генерал Бонапарт предложил поручику Жюно стать его адъютантом, отец последнего произнес: «Бонапарт? Что такое — Бонапарт? Где он служил? Никто этого не знает». Тулонский подвиг Наполеона вскоре забыли, и его карьера оказалась под угрозой.
В это же время случилась еще одна неприятность. Бонапарта вызвали в Париж, где Комитет общественного спасения приказал ему ехать в Вандею на усмирение восстания, назначив его командовать пехотной бригадой. Но Наполеон был артиллеристом и не хотел служить в пехоте. Он запальчиво объяснился с членом Комитета Обри и подал в отставку.
Так Наполеон оказался 25-летним генералом в отставке, генералом, поссорившимся со всем начальством и не имеющим средств к существованию. Он провел голодную зиму 1794 — 1795 гг. в Париже. Казалось, что все о нем забыли. Но в августе 1795 года Наполеона зачислили как генерала артиллерии в топографическое отделение Комитета общественного спасения. Комитет этот был прообразом генерального штаба, созданного Карно. В топографическом отделении Наполеон составлял инструкции (директивы) для итальянской армии республики, которая уже вела военные операции в Пьемонте. Но даже в эти дни Наполеон не переставал читать.
