Уладив, таким образом, свои континентальные дела, Генрих вернулся в Англию, где ждало его новое опасное столкновение. В 1163 г. между королём и архиепископом Кентерберийским Томасом Бекетом возникла сильная распря из-за церковных судов. Генрих добивался их отмены, но встретил со стороны английского примаса упорное сопротивление. Раздраженный противодействием архиепископа, Генрих обрушил на него всю свою ярость. Бекет позван был в суд, к ответу на множество гнусных несправедливых обвинений. Не дожидаясь приговора, он бежал во Францию. Папа и французский король были всецело на его стороне. При упрямой настойчивости Бекета и деспотическом характере Генриха примирение между ними было бы очень трудно. Однако король нуждался в поддержке папы для завоевания Ирландии. Это обстоятельство принудило его отложить распрю. В 1170 г. Бекет возвратился в своё епископство. Изгнание ничуть не смягчило его характера. Вскоре он наложил проклятие на многих вельмож, виновных, как он считал, в гонениях на церковь. Об этой новой выходке архиепископа недовольные поспешили донести королю с различными прибавлениями. «Неужели из всех моих нахлебников, – воскликнул Генрих в припадке бешенства, – не найдется ни одного, который бы избавил меня от этого мятежника?» Едва ли он призывал к прямой расправе над архиепископом, но слова его были истолкованы именно в этом духе. 29 декабря четверо нормандских рыцарей ворвались в церковь Бекета в Кентербери и умертвили его у подножия алтаря. Весть об убийстве архиепископа в соборном храме произвела потрясающее впечатление на все народы западной церкви. Папа выразил намерение отлучить Генриха от церкви и наложить интердикт на королевство. Королю удалось избежать этого лишь путем значительных и даже унизительных уступок церкви. В мае 1172 г. он поклялся в Кане на Евангелии, что не отдавал приказа к убийству Бе-кета. Вслед за тем он отменил все антицерковные постановления и дал обет участвовать в крестовом походе.
Конфликт ещё не был до конца урегулирован, когда осенью 1171 г. Генрих отправился в Ирландию. Его многочисленная армия произвела впечатление на туземцев. Правители трёх ирландских королевств – Лейнстера, Коннота и Монстера – принесли Генриху вассальную присягу. Только Ольстер остался независимым. Генрих ввел в Ирландии церковное управление на английский манер, подчинил её действию английских законов и власти английских учреждений. Однако в течение столетий после этого английский язык и английские законы существовали только в Дублине и его окрестностях.
Генрих не мог сосредоточиться на завоевании Ирландии, так как постоянно был отвлекаем войнами на континенте. В последующие годы к этим неприятностям добавились семейные распри. Между королём и его женой Элеонорой давно уже не существовало доброго согласия. Стараясь заполучить Аквитанию, Генрих в своё время прикинулся влюбленным в Элеонору, но, добившись желаемого, стал обращаться с женой холодно и имел многочисленные связи на стороне. Брак их, впрочем, был очень плодовит. В течение пятнадцати лет королева родила восьмерых детей. Страстная и мстительная, как все южанки, она старалась внушить сыновьям отвращение к отцу и сделать их орудием в борьбе против него. Но и без её происков Генрих многими деспотическими поступками настроил детей против себя. В 1170 г. он короновал старшего сына Генриха и назначил ему в долю Англию, Нормандию, Анжу, Мэн и Турень. Второму сыну – Ричарду – он определил материнское владение: Аквитанию и Пуату. А третьему сыну, Готфриду, – приобретенную им Бретань. Однако в действительности Генрих предоставил принцам лишь тень власти, он контролировал каждый их шаг и постоянно давал чувствовать свою жесткую опеку. Раздраженный этим Генрих Младший потребовал уступить ему в управление какую-либо из частей своих будущих владений – Англию, Нормандию или Анжу. Получив отказ, он в 1173 г. бежал во Францию. Людовик VII признал его королём Английским. Младшие братья, Ричард и Готфрид, отправились для соединения с Генрихом к французскому двору. Оба прибыли туда благополучно, но мать, следовавшая за ними в мужской одежде, была схвачена и посажена по приказанию мужа в темницу. Король Французский, графы Фландрский, Булонский и Шампанский образовали грозную коалицию. Принцы Ричард и Готфрид подняли против отца Аквитанию и Бретань. В самой Англии начался мятеж, поддержанный королём Шотландским. Генрих переправился сначала на материк. Он имел только небольшое войско, состоявшее из наёмников-брабантцев. Однако решительность, с которой он выступил навстречу опасности, доставила ему победу. Не прошло и нескольких месяцев, как граф Булонский был убит в сражении, и вторжение фламандцев остановлено. Людовик VII потерпел поражение при Конше, а граф Честер взят в плен у Доля в Бретани. Перемирие, заключённое на Рождество с французским королём, дало возможность Генриху, «забывшему о пище и сне», обратиться против Пуату. Но тревожные известия из Англии принудили его оставить континентальные владения лишь наполовину замиренными. Прежде чем обратиться против мятежников, король совершил публичный акт покаяния перед могилой Бекета (в И 73 г. он был объявлен святым). У ворот Кентербери Генрих сошел с коня и босиком, в одежде кающегося, подошел к гробнице мученика. Здесь он долгое время молился и принял бичевание от семидесяти монахов собора. В тот же день (13 июля 1174 г.) шотландцы были наголову разбиты при Альнвине. Вскоре Гуго Норфолк выдал свои замки, Дургэмский епископ отпустил своих фламандских наёмников, город Лейстер был взят и его укрепления разрушены. С этой стороны дело было выиграно, а чтобы остановить французов, возобновивших военные действия, достаточно было одного появления Генриха. 30 сентября в Жизоре был заключен мир между королями; оба сына участвовали в договоре и принесли отцу присягу на верность. Шотландский король должен был признать себя вассалом английского. Королева Элеонора осталась пленницей и провела десять лет в заключении.