"Я пришла к вам 6 июля для того, чтобы был у вас кто-нибудь из членов ЦК нашей партии, на ком вы могли бы сорвать злобу и кем могли бы компенсировать Германию (об этом я писала вам в письме от того числа, переданном Аванесову в Большом театре). Это были мои личные соображения, о которых я считала себя вправе говорить своему ЦК, предложив взять представительство на себя […] Я была уверена, что, сгоряча расправившись со мною, вы испытали бы потом неприятные минуты, так как, что ни говори, а этот ваш акт был бы чудовищным, и вы, быть может, потом скорее опомнились и приобрели бы необходимое в то время хладнокровие. Случайность ли, ваша ли воля или еще что, но вышло все не так, как я предлагала вам в письме от 6 июля"(88).
Большевики удовлетворили просьбу Спиридоновой и арестовали ее, известив о том, что фрацкия ПЛСР на съезде Советов задержана. Тем не менее Спиридонова заявила большевикам, что ЦК ПЛСР берет на себя ответственность за убийство германского посла и что Дзержинский задержан. С этой минуты большевики имели полное право обвинять левых эсеров в заговоре. Услышав про арест Дзержинского, Свердлов поехал в Кремль, где информировал обо всем Бонч-Бруевича, а тот — Ленина. Когда сопровождавшие Спиридонову матросы Попова вернулись в здание отряда ВЧК и рассказали о задержании Спиридоновой и левоэсеровской фракции съезда, это повергло ЦК ПЛСР в растерянность, "настроение в отряде с каждым известием становилось все более подавленным"(89).
"Для нас было ясно, — показал впоследствии Саблин, — что агрессивные действия против нас начаты. Это подтвердилось появлением вблизи отряда Попова патрулей, остановкой автомобильного движения, кроме тех, кто имел специальный пропуск, подписанный Лениным, Троцким, Свердловым"(90).
Но именно арест левоэсеровской фракции съезда во главе со Спиридоновой переполнил чашу терпения Попова и оставшихся на свободе членов ЦК ПЛСР; они решили что-нибудь предпринять. Прежде всего левые эсеры издали "Бюллетень № 1", где сообщили, что в три часа дня "летучим отрядом" ПЛСР "был убит посланник германского империализма граф Мирбах и два его ближайших помощника". В Бюллетене далее говорилось о задержании Дзержинского, об аресте большевиками фракции ПЛСР на съезде Советов и о взятии Спиридоновой заложницей(91). В то же время в ВЧК прибыла группа матросов из отряда Попова во главе с Жаровым и увела с собой Лациса и еще нескольких большевиков. По дороге освобожденный левыми эсерами Емельянов допытывался у Лациса, кто и почему отдал приказ о его аресте. Лацис молчал. В штабе Попов задал Лацису тот же вопрос: "Кто распорядился арестовать Емельянова". Лацис ответил, что арестовал его по распоряжению Совнаркома. Тогда Попов объявил Лациса задержанным по постановлению ЦК ПЛСР и начал упрекать в том, что большевики заступаются "за мерзавцев Мирбахов", а задерживают тех, кто помог избавиться "от этого мерзавца"(92).
В три часа ночи левые эсеры задержали на автомобиле около Почтамта преседателя Моссовета П. Г. Смидовича, показавшего днем позже, что встретили его "изумленно и вежливо" и не обыскали, но все-таки отвели "в качестве заложника в то же помещение, где находилось уже около 20 коммунистов вместе с Дзержинским и Лацисом". В отряде ВЧК Прошьян объяснил Смидовичу, что его "задерживают как заложника, ввиду того, что по распоряжению Совнаркома задержана Спиридонова и ряд других членов партии" левых эсеров(93).
К утру 7 июля число арестованных левыми эсерами большевиков достигло 27. Но посторонний наблюдатель не мог не обратить внимание на то, что у "мятежников" не сходились концы с концами. 10 июля Смидович указал следственной комиссии, что, по его мнению, "люди эти не управляли ходом событий, а логика событий захватила их, и они не отдавали себе отчета в том, что они сделали. Ни системы, ни плана у них не было"(94). Отряд Попова по существу бездействовал. Это не осталось незамеченным для Вацетиса, который писал что "сведения о восставших были крайне скудны и сбивчивы", "левоэсеровские вожди пропустили момент для решительных действий" и положение большевиков было "весьма прочным". У левых эсеров, по мнению Вацетиса, сил "было мало, особенной боеспособностью таковые не отличались, энергичного и талантливого командира у них не оказалось; если бы таковой у них был, то он и левые эсеры не провели бы в бездействии 6 июля и всю ночь на 7 июля. Кремль для левых эсеров был неприступной твердыней"(95).