7 июля, независимо от участия в "восстании", левых эсеров арестовывали во всем городе на основании приказа специально созданной для разгрома ПЛСР Чрезвычайной пятерки, в которую, видимо, входили Ленин, Троцкий, Свердлов, Подвойский и Муралов. В войска рассылались политические комиссары из числа большевиков, образовывались революционные комитеты. В полдень 7 июля все было кончено: отряд Попова был разбит и бежал к Курскому вокзалу. Вацетис был награжден денежной премией: "Вы разгромили одну из самых больших политических комбинаций и не знаете, кого вы громили", — сказал Троцкий двусмысленно, вручая Вацетису пакет с деньгами(104).
В 4 часа дня Совнарком объявил населению, что "восстание левых эсеров в Москве ликвидировано", а "левоэсеровские отряды" обратились в бегство. Общее число арестованных достигло в Москве 444 человек(105). Когда вечером 7 июля Мальков доложил Ленину о результатах операции по преследованию левых эсеров, Ленин выслушал доклад внимательно, но спокойно, без особого интереса. "Было очевидно, что для него левоэсеровский мятеж уже прошлое"(106).
7 июля приказом члена президиума Моссовета Фельдмана всех левых эсеров, занимавших ответственные посты, сместили и заменили большевиками(107). В тот же день СНК образовал особую следственную комиссию в составе Стучки, члена ВЦИК и члена следственного отдела Ревтрибунала при ВЦИК В. Э. Кингисеппа и председателя Казанского совета и делегата Пятого съезда Я. С. Шейнкмана(108). Следователем комиссии назначалась Розмирович. В комиссию поступали все документы и материалы, относившиеся к событиям 6 — 7 июля, а также сведения об арестах. Освобождение арестованных производилось только с ведома комиссии(109).
Когда утром 7 июля в театр прибыл Каменев, левые эсеры потребовали немедленного освобождения и прекращения огня с обеих сторон. Спиридонова обвинила большевиков в насилии. Ее поддержал Колегаев, заявивший, что партия большевиков нарушала конституционные права. Каменев ответил, что речи о конституционных правах быть не может, так как "идет вооруженная борьба за власть", во время которой действует лишь один закон — "закон войны", и задержанные "вовсе не являются сейчас фракцией Пятого съезда Советов или ВЦИКа, а членами партии, поднявшей мятеж против советской власти"(110).
Беседа не дала результатов. Нужно было как-то провести день, и арестованные устроили концерт самодеятельности. В ночь на 8 июля большевики провели регистрацию арестованных, причем у всех конфисковали оружие. Спиридонову подвергли обыску и револьвер забрали насильно. 8 июля Свердлов, Троцкий и Ленин (именно в таком порядке стояли подписи)(111) постановлением ЦК РКП(б) решили "произвести в течение ночи с 8 на 9 выяснение отношения делегатов V съезда л[евых] эсеров к авантюре". Все материалы подлежали передаче в следственную комиссию. За заполнением этой анкеты (которая называлась "Вопросы особой следственной комиссии") левые эсеры провели третью ночь своего заточения. Историк Спирин насчитал в архиве 173 такие анкеты. Примерно 40 % делегатов, по его сведениям, осудили убийство Мирбаха; половина дала уклончивый, неопределенный ответ, а остальные отказались отвечать. Подавляющее большинство арестованных делегатов высказалось против войны с Германией, считая, что советская Россия к этой войне еще не готова(112). После всего, становилось ясно, что съезд Советов не разорвал бы Брестской передышки, как того опасался Ленин.
Поскольку в Большом театре 9 июля намечалось возобновление работы съезда, левых эсеров поместили в Малый театр. Лишенные права участвовать в заседаниях, исключенные из правительства, частью арестованные, политически уничтоженные, левые эсеры уже не были опасны большевикам. 9 июля Троцкий объявил о том, что партия левых эсеров "совершила окончательное политическое самоубийство" и "уже не может воскреснуть"(113). В тот же день съезд Советов, на котором остались фактически одни большевики, потребовал "суровой кары для преступников" и заявил, что левым эсерам "не может быть места в Советах"(114). Все это позволило Свердлову уже 10 июля заверить большевистских делегатов Пятого съезда, что большинство арестованных "завтра, самое позднее послезавтра будут освобождены как явно непричастные к выступлениям". Большевики уже не обвиняли в восстании против советской власти всех левых эсеров, как партию.
