24 августа исламскими боевиками Р. Нуруллобековым и Д. Махмудовым был убит генеральный прокурор Таджикистана Нурулла Хувайдуллоев. Убийство вызвало бурную реакцию общественности. В кишлаке Пангаз Аштского района Ленинабадской области, на родине погибшего прокурора, и в г. Кулябе прошли массовые митинги, на которых резко осуждалось правительство национального примирения. В Пангазе были закрыты практически все мечети, сожжено мусульманское имущество и прекращена деятельность духовенства.
Криминализация ситуации нарастала и в Душанбе. Около 15 часов 31 августа группа молодых людей из организации «Молодежь города Душанбе» вместе с беженцами из Курган-Тюбинской и Кулябской областей, блокировала выходы из президентского дворца и потребовала встречи с президентом. Последний, предупрежденный КНБ, успел укрыться в расположении 201-й мсд. Не найдя президента, захватившие резиденцию стали брать заложников. К вечеру 1 сентября в резиденции находились 32 заложника из числа выходцев из Ленинабадской и Кулябской областей. Прозвучали требования известить народ об отставке президента.
В связи с этими событиями в Ленинабадской области было объявлено о создании Национальной гвардии численностью в 2 тысячи человек, на нужды которой собрали 24 млн рублей.
2 сентября все члены кабинета министров подписали заявление с требованием отставки президента. Из Ленинабадской области было доставлено письмо от областных депутатов с согласием присоединиться к тем, кто выражает недоверие президенту. Эти события послужили началом агонии власти Набиева, потерявшего поддержку ленинабадских кланов, которые в целях сохранения своих позиций готовы были произвести смену политических фигур. К 20 часам члены кабинета подписали совместное заявление о недоверии президенту. Было принято решение 4 сентября в 14 часов открыть сессию Верховного Совета. Аппарат президента через постпредство Таджикистана в Москве распространил заявление, в котором обвинил исламистов в обострении обстановки и попытке расчленения республики.
В Курган-Тюбе, чуть более недели находившемся в руках кулябцев, начался новый виток войны. В этот день перед зданием облисполкома собрались сторонники президента. Во время выступления С. Сафарова вооруженные отряды Исламской и Демократической партий взяли митингующих в кольцо и открыли огонь. Одновременно при поддержке бронетехники им удалось захватить ключевые места в городе, снайперы заняли позиции на крышах высоких зданий. В городе началась резня, в том числе и в поселке Ургут (окраинный городской квартал), где жили узбеки — выходцы из-под Самарканда. Тысячи людей хлынули под защиту 191-го мотострелкового полка в прилегающий к нему поселок им Ломоносова.
3 сентября аппарат президента распространил комментарий, где исламистов обвинили в попытке государственного переворота и указывалось, что их цель — «блокировать любые связи с Россией и республиками СНГ». Лидер ДПТ Ш. Юсуф впервые отмежевался от действий исламистов. К 7 сентября беженцы из поселка Ломоносова были на машинах вывезены в Куляб. В это же время в Курган-Тюбе исламисты объявили призыв в «полк национальной самообороны» численностью в 1380 человек. Призыв осуществлялся по военным билетам, по штату стрелкового полка. Военкоматами в полк были переданы свыше 1000 автоматов.
Сообщалось о практически полном разрушении инфраструктуры Вахшской долины, отсутствии власти, сотнях трупов на дорогах, невиданной жестокости, проявляемой обеими сторонами. В боевых действиях в рядах исламистов участвовали наемники из России, Прибалтики, с Кавказа, отряды афганцев, а также инструкторы-арабы. Утверждения официального Душанбе, что русских не трогают, абсолютно не соответствовали действительности. Характер действий в эти дни свидетельствовал, что боевые операции со стороны кулябцев, пытавшихся перекрыть пути подвоза подкреплений и боеприпасов исламистам, разрабатывались военными специалистами.
Развернулась антирусская кампания, в ходе которой все жертвы обеих воюющих сторон стали списывать на русскоязычное население. Открыто распространялись фальшивки, в том числе и видеоматериалы. За голову генерала М. Ашурова — нового командира 201-й мсд — была объявлена награда в 5 млн рублей.
