С 28 июня начались вооруженные столкновения между отрядами исламистов и силами кулябцев, приобретавшие все более систематический, кровопролитный и криминализованный характер. 1 июля из-за обострения ситуации на юге правительство приняло постановление об охране особо важных объектов в республике. Это постановление было согласовано с Министерством обороны России. Частям 201-й мсд была поручена охрана Нурекской ГЭС, Яванского электромеханического комбината, Вахшского азотно-тукового завода, ряда объектов военного назначения, а также нескольких участков автодорог на горных перевалах вдоль границы Кулябской и Курган-Тюбинской областей.
В начале июля лидеры политических партий, народных движений и духовенства выступили с обращением в адрес участников Хельсинкского совещания в защиту находившегося в заключении мэра Душанбе М. Икромова, что явилось свидетельством дальнейшего роста противоречий между Центром и Ходжентом, так как М. Икромов содержался именно там.
На южной границе начались регулярные и все более масштабные попытки перехода таджико-афганской границы с целью приобретения оружия. Обратно с таджиками возвращались и афганские инструкторы.
О масштабах этой деятельности свидетельствует тот факт, что за период с мая 1992 до начала 1993 года пограничниками было задержано свыше 1000 нарушителей, в том числе и афганцев, у которых было изъято около 500 единиц стрелкового оружия. По самым скромным подсчетам, на территории республики летом и осенью 1992 года действовали 500–600 афганских моджахедов.
Правительственная делегация Таджикистана во главе с министром иностранных дел X. Халикназаровым, договорилась в ходе переговоров с руководителями Афганистана Б. Раббани и А. Шах Масудом о стабилизации афгано-таджикской границы, однако это никак не отразилось на пограничной ситуации. В Таджикистане была создана «Ассоциация женщин с высшим образованием», которая планировала вести борьбу с мусульманским фундаментализмом и ущемлением женских прав. Ассоциация объединила женщин независимо от 72 расы, национальности, религиозных, политических взглядов, происхождения и возраста.
26—27 июля в г. Хороге, центре Горно-Бадахшанской автономной области, состоялась встреча представителей официальных властей, партий, политических движений. В ней приняли участие представители Кулябской, Курган-Тюбинской областей, Гармского района, а также Исламской партии возрождения, Демократической партии (Ш. Юсуф), движения «Растохез» (Т. Аб-дуджаббор). От руководства республики участвовал исполняющий обязанности председателя Верховного Совета А. Искандаров. На встрече были выработаны условия перемирия между противоборствующими сторонами.
В соответствии с ними 28 июля с 10 часов объявлялось прекращение огня на всей территории Таджикистана. Предусматривалось освобождение заложников, снятие вооруженных постов с шоссейных дорог и освобождение занятых зданий и объектов, расформирование вооруженных групп, сдача оружия и т. п. Соглашение вступило в силу 27-го, однако его выполнение сразу вызвало серьезные сомнения. Непосредственно после подписания военный лидер кулябцев С. Сафаров заявил, что до того, как незаконное, по его мнению, правительство уйдет в отставку, его люди оружия не сдадут. Аналогично поступил и Ш. Юсуф, указавший на то, что все иностранные вооруженные формирования, включая и пограничные войска, должны немедленно покинуть территорию республики.
В тот же день, 27 июля, возобновились боевые действия в Куйбышевском районе Курган-Тюбинской области. В печати была развернута кампания с целью дискредитации частей 201-й мсд, выступавших в качестве разъединительных сил. По сведениям Кулябского облисполкома, число беженцев в результате столкновений в июне — июле составило 132 тысячи человек. Несмотря на утверждения правительства о возвращении узбекского населения в места проживания, поток автомашин с беженцами из южных районов Таджикистана не иссякал.
В течение 9—11 августа Президиум Верховного Совета Таджикистана попытался собрать парламентариев на сессию, где среди прочего предполагалось принять закон, ограничивающий власть президента Набиева. Сессию удалось открыть лишь днем 11 августа, а уже 12-го депутат Дустиев предложил устранить институт президента в республике.
