В этой связи нельзя не отметить ту большую роль, которую органы советской военной контрразведки сыграли в установлении фактов и определении конкретных виновников зверств немецко-фашистских захватчиков на временно оккупированной гитлеровскими войсками советской территории и территории других европейских государств.
Органы советской военной контрразведки, как правило, первыми из советских государственных органов имели возможность опросить очевидцев, свидетелей, жертв этих зверств, а в ряде случаев захватить по свежим следам виновных в их совершении или из первых уст узнать о преступниках. Полученные органами советской военной контрразведки материалы зачастую являлись первичными документами, по которым и до нашего времени проводятся расследования и розыск военных преступников. Можно, не боясь преувеличения, сказать, что после войны не было ни одного крупного процесса над немецкими военными преступниками и их пособниками, на котором не фигурировали бы доказательства, добытые советскими военными контрразведчиками.
В борьбе с подрывной деятельностью немецко-фашистской военной разведки с самой лучшей стороны проявили себя многие советские контрразведчики. Разоблачая немецких, а на последнем этапе войны и японских диверсантов и террористов, они показали незаурядное профессиональное мастерство, личную смелость, отвагу и самоотверженность.
Успешно руководили работой органов военной контрразведки фронтов и флотов И. С. Гудков, Я. А. Едунов, Н. И. Железников, А. Н. Михеев, Н. Г. Ханников и другие.
Проявляя мужество и героизм, большой вклад в борьбу с фашистскими разведывательными органами в период Великой Отечественной войны внесли военные контрразведчики-фронтовики, работавшие непосредственно в боевых порядках наших войск — в ротах, батальонах, полках, на кораблях, в бригадах, дивизиях, на флотилиях и в армиях. Вместе с командирами и политработниками они ковали победу над врагом, и многие из них закончили свой боевой путь в Берлине. Славный путь от лейтенанта до контр-адмирала прошел военный контрразведчик Лепихин Николай Николаевич. Будучи еще оперативным уполномоченным вначале 299-й стрелковой дивизии, а затем 413-й дивизии 50-й армии, он обезвредил нескольких шпионов и изменников Родины, успешно вел оперативную работу. Только с ноября 1941 по июль 1942 года, в очень тяжелое для нашей армии время, он вместе с отделом подготовил для работы в тылу противника и переправил за линию фронта 30 разведчиков. Двадцать четыре из них возвратились из тыла врага, выполнив задание и доставив ценные разведывательные и контрразведывательные данные. Не раз ходил он и сам в тыл врага в составе оперативных групп. Во время одной из таких операций 2 июля 1941 года в Виленской области он был ранен, но задание выполнил. Принимал активное участие в боевых действиях. За оперативную и боевую деятельность неоднократно награжден.
За годы войны пали смертью храбрых тысячи военных контрразведчиков. Многие военные чекисты награждены орденами и медалями Советского государства. Они проявляли массовый героизм при выполнении оперативных и боевых заданий. Некоторые из них удостоены высшей правительственной награды — звания Героя Советского Союза.
Навеки прославил свое имя военный контрразведчик Михаил Петрович Крыгин — оперативный уполномоченный отдела контрразведки «Смерш» Владивостокского военно-морского района.
В ходе успешного наступления наших наземных войск в Маньчжурии против японской Квантунской армии, начавшегося в ночь на 9 августа 1945 года, Тихоокеанский флот получил задание отрезать противнику пути отхода в Японию через порты и военно-морские базы на побережье Кореи. В этих целях в ряд пунктов этого побережья намечалась выброска морских десантов. По плану захвата порта и города Сейсин (Северная Корея) разведывательный отряд флота должен был предварительно провести разведку боем и захватить плацдарм для высадки основных сил десантно-морских бригад под командованием генерал-майора Трушина. Советскому военному контрразведчику лейтенанту Крыгину поручалось оперативное обеспечение высадки в городе Сейсин и с приданной ему группой автоматчиков захват личного состава и документов японской разведывательной службы в этом городе.