Наибольшую активность оперативные группы военных контрразведчиков развили на заключительном этапе войны. На территории Югославии были арестованы активные члены «Национал-трудового союза нового поколения» (НТСНП), в Чехословакии и других местах органы военной контрразведки захватили предателей из пресловутой РОА. Под Прагой был задержан руководящий работник немецкой военной разведки доктор Зигфрид Мюллер (он же доктор Фишер и доктор Россе), который с конца 1943 года лично подготовил и забросил на территорию Украины более 100 агентов-диверсантов. Около двух с половиной тысячи агентов и официальных сотрудников разведывательных и контрразведывательных органов противника, а также более 10 тысяч военных преступников было задержано в короткий срок в Австрии, Венгрии и на территории ряда Балканских стран.
Во время войны с Японией нашими войсками с участием органов контрразведки «Смерш» были захвачены высокопоставленные должностные лица японской армии и марионеточного государства в Маньчжурии, созданного японцами. Среди них император Маньчжоу-Го Пу И, премьер-министр Чжан Цэнкуй, командующий Квантунской армией генерал Ямада, начальник штаба генерал Хатэ, начальник разведывательного отдела штаба полковник Асада. Были опознаны также сотни официальных сотрудников японской разведки и контрразведки, руководители разного рода антисоветских и белоэмигрантских организаций.
В августе 1946 года проходил процесс по обвинению руководителей ряда контрреволюционных и антисоветских организаций, повинных в кровавой расправе над советскими людьми, в предательстве Родины, в шпионаже против нее и в других преступлениях. Среди них были непримиримый враг Советской власти, всю жизнь посвятивший борьбе с ней, бывший генерал-лейтенант царской армии атаман Семенов, руководитель «Российского фашистского союза» (РФС) Константин Родзаевский, начальник бюро по делам российских эмигрантов генерал-майор белой армии Власьевский, бывший министр финансов «Сибирского контрреволюционного правительства» Михайлов и некоторые другие члены белоэмигрантских организаций. Их явку на суд и возможность публичного разоблачения многолетней враждебной деятельности против Советского Союза обеспечила активная деятельность советских военных контрразведчиков.
Органы военной контрразведки участвовали также в проведении разъяснительной и воспитательной работы среди тех людей, которые оказались в стане немецких пособников вследствие заблуждений.
Военная контрразведка, в частности, участвовала в доведении до кругов националистического подполья решения советских государственных органов, касающегося их. Так, в мае 1944 года Президиум Верховного Совета УССР и Совет Министров Украинской ССР опубликовали обращение к националистам. В обращении гарантировалось полное прощение ошибок тем, кто честно порвет всякую связь с националистическим подпольем. После принятия обращения и большой разъяснительной работы в западных областях Украины, в том числе и со стороны органов советской военной контрразведки, с повинной явились тысячи людей. Подавляющее большинство из них искренне хотели заняться честным трудом.
Органы советской военной контрразведки в годы войны помимо выполнения своих функциональных обязанностей по контрразведывательному обеспечению Советских Вооруженных Сил в ряде случаев вынуждены были заниматься и вопросами, прямо не связанными с охраной государственной безопасности в Красной Армии и на Флоте, а иногда не имеющими прямого отношения к охране государственной безопасности вообще. Это объяснялось тем, что органы советской военной контрразведки находились непосредственно в боевых порядках наших войск, на передней линии огня. Они постоянно, и в том числе через своих сотрудников за линией фронта, соприкасались с противником, первыми с наступающими частями Красной Армии вступали на очищенную от врага территорию. После освобождения местности проходили часы, порой дни, пока устанавливался порядок мирного времени, избирались органы гражданской власти. Не всегда и не сразу создавались и военные комендатуры. Поэтому органы военной контрразведки, как правило, первыми сталкивались с фактами и обстоятельствами, которые в ряде случаев и не имели прямого отношения к военной контрразведывательной деятельности, но затрагивали более широкие интересы нашего государства, его партийных, советских органов, интересы советского народа, дружественных ему государств и наций, а в ряде случаев и интересы мирового пролетариата, всего прогрессивного человечества. Поэтому советская военная контрразведка не могла проходить мимо такого рода фактов и обстоятельств. Она их документировала, информировала о них другие компетентные советские органы, а в крайне необходимых случаях при наличии возможностей проводила по ним расследования.
