Только к 1943 году начало формироваться антинацистское подпольное движение, ориентированное на западных союзников, но его сковывал страх, что борьба с Гитлером обернется услугой Сталину. Избегали любых вооруженных акций, на которые гестапо несомненно реагировало бы массовыми повешениями и расстрелами. Негромкие, но настойчивые указания подполья хотя бы помешали планам создания литовского легиона СС. Такие легионы возникли в Латвии и Эстонии; так что литовцы лишний раз доказали, что они менее, чем их соседи, достойны звания арийцев. Разозленная нацистская администрация сослала в Штуттхоф несколько десятков руководителей литовской общины и прикрыла очаг вражеской пропаганды — Вильнюсский университет. С этого времени лекции, семинары и защита дипломов происходили на частных квартирах. Кстати, польскоязычный университет Стефана Батория был на таком положении с самого начала войны.
У польского подполья в Вильнюсе не было подобных дилемм. У него не возникал вопрос, кого поддерживать — в Лондоне существовало польское правительство, которое бесспорно было на стороне западных союзников. Что такое сталинизм, поляки понимали не хуже литовцев, но были уверены: после войны Англия, Франция и США помогут защитить их страну от обоих тоталитарных государств. Ведь война началась, собственно, за свободу Польши, которую Запад обещал гарантировать. Сильные польские партизанские части — Армия Краева — выполняли приказы лондонского руководства и часто наносили ощутимые удары по оккупантам. К оккупантам они относили и литовцев. Позиция Лондона и польских партизан была однозначной: Вильнюс незаконно отделен от Польши, и его надо силой вернуть. Все это усугубило польско-литовскую враждебность, которая и так была основательной. Обе общины до сих пор помнят сведение счетов во время войны; еще живы свидетели кровавых стычек в лесах и у озер Вильнюсского края, и многие на обеих сторонах считают своим священным долгом об этом напоминать. Литовцы говорят, что Армия Краева убивала литовских хуторян, учителей и священников; поляки отвечают, что уничтожали немецких коллаборантов, а если погибли невинные, то только потому, что партизаны мстили за такие же действия литовских полицейских. Обе версии, в общем, соответствуют действительности, но от этого не легче. Польское подполье пыталось договориться с литовским, но все переговоры упирались в вильнюсский вопрос, в котором ни одна сторона не хотела уступить. К концу войны возник зародыш литовской армии — военные силы генерала Плехавичюса; нацисты их скоро разогнали, но они успели несколько раз сразиться с Армией Краевой, хоть и без успеха. Только через шестьдесят лет ветераны обеих армий подписали в Вильнюсе нечто подобное перемирию и сели за один стол, топя обиды в пиве. Но вполне достаточно и тех, кто не согласился с этим единственно правильным жестом.
Если у кого-нибудь и были сомнения по поводу польских планов Сталина, то они развеялись, когда открылась правда о Катыни. В этом русском лесу недалеко от Смоленска немецкая армия нашла останки нескольких тысяч польских офицеров. Всех их взяли в плен в 1939 году, а советские энкаведешники убили выстрелом в затылок, дабы навсегда развеять мечты о независимой и некоммунистической Польше.
Первым журналистом, описавшим Катынь, был Юзеф Мацкевич. Этот незаурядный человек пытался продолжать в литовском Вильнюсе линию краёвцев, и за это был обозван коллаборационистом. В советское время он старался жить незаметно, подрабатывал дровосеком и извозчиком. Эти годы произвели на него такое сильное впечатление, что во время нацистской оккупации он опубликовал несколько антикоммунистических статей в пронемецкой печати: за это польское подполье осудило его на смерть (а такие приговоры были отнюдь не фиктивны), но предводитель Армии Краевой в Вильнюсе Александр Кржижановский велел отложить исполнение приговора. Нацистское правительство пригласило Мацкевича участвовать в исследовании катыньских могил, и польское подполье ему это разрешило. Его репортаж — одно из самых мучительных свидетельств в истории двадцатого века. Как будто этого было мало: Мацкевич видел своими глазами уничтожение евреев в Панеряй и описал его тоже.