Императрица Екатерина ничего хорошего городу не принесла, но Александр I, который занял престол через пять лет после смерти бабушки, относился к Вильнюсу, как к западному анклаву своей империи, даже ставил его в пример России. Он хотел сделать страну более европейской, как некогда Петр — в административном и техническом смысле она Европу уже догнала, оставалось догнать духовно. Правление Александра вначале не было тяжелым; государство терпимо относилось к традициям Литвы, официально сохранило ее имя и одно время собиралось восстановить Великое княжество — конечно, с царем на княжеском троне, но с конституцией. За первые пятнадцать лет русского правления Вильнюс ожил и стал третьим по величине городом империи после Петербурга и Москвы. Весной 1812 года царь приехал в город, чтобы руководить военными маневрами, поскольку у западных границ его государства собирал силы Наполеон Бонапарт.
Что было дальше, можно прочитать в «Войне и мире» Льва Толстого. Чем дольше император жил в Вильнюсе, тем меньше верили в возможность войны и тем меньше к ней готовились. В парке Вингис, который и сейчас находится в западной части города, устроили обед, бал, катание на лодках и фейерверк. Правда, праздничное настроение омрачило грустное событие (о котором Толстой не упоминает): архитектор Михал Шульц, который когда-то поднял на крышу кафедрального собора не совсем удачные статуи, должен был построить для бала специальный павильон, но тот развалился прямо перед праздником, и Шульц, не стерпев позора, утопился в реке Нерис. Пришлось перенести пир и танцы в летний дом генерал-губернатора, который находился рядом. Толстой описывает события глазами одного из своих героев, Бориса Друбецкого: в начале мазурки Борис видит, что к императору, беседующему с польской дамой, подходит генерал Балашов и сообщает ему весть, которая явно удивляет Александра. «Он взял под руку Балашева и пошел с ним через залу, бессознательно для себя расчищая с обеих сторон сажени на три широкую дорогу сторонившихся перед ним». Известие — о том, что Наполеон с Великой армией пересек границу империи рядом с Каунасом, всего на сто километров западнее Вильнюса. Царь приказывает не сообщать известия и продолжать бал, но позже Борис находит возможность показать другим, что услышал про вторжение первым, и это способствует его карьере.
Сто километров от Немана до Вильнюса французская армия одолела за три дня: русские и царь отступили, успев сжечь мост через Нерис. Наполеон, как когда-то Алексей Михайлович, вошел в город по самой почетной дороге, через Остробрамские ворота, то есть не с запада, а с востока или юго-востока. У местных жителей его вторжение возбудило новые надежды, ведь французский император как-то сказал одному из вильнюсских повстанцев, эмигранту композитору Михаилу Клеофасу Огинскому: «Побежденное соседями государство может восстать только с оружием в руках». Понадеявшись на эти слова, польская и литовская молодежь, которая после восстания разбрелась по всей Европе, охотно вступала в его легионы (император применял их не совсем для той цели, на которую они надеялись, — посылал усмирять Испанию и даже чернокожих рабов в американском Сан-Доминго, сиречь Гаити).
В епископском дворце возле университета, где остановился Наполеон, его приветствовал ректор Ян Снядецкий с целой делегацией дворян. Ни один член делегации не скрывал, что надеется на восстановление независимого государства; за это шляхта обещала поддержать французов оружием. Император незамедлительно учредил временное правительство Литвы — вернее, правительственную комиссию, в которой Снядецкий получил что-то вроде поста министра просвещения — и для начала потребовал доставить еду, фураж и рекрутов. Правительственная комиссия больше всего заботилась об обновлении литовско-польской унии (она даже предложила по тысяче злотых полячкам, которые выйдут замуж за литовца, и литовкам, вышедшим за поляков). Тем временем Наполеон проводил время, разъезжая по Вильнюсу верхом, встречался с присланным русскими Балашовым и тщетно надеялся, что Александр пойдет на уступки. «Во всех окнах улиц, по которым он проезжал, были выставлены ковры, знамена, вензеля его, и польские дамы, приветствуя его, махали ему платками», — пишет Толстой. Жители приветствовали императора криками: «Господь с Наполеоном, Наполеон с нами». Некоторую верность Александру сохранили разве что евреи, для которых Наполеон в первую очередь был безбожником. Но все-таки император приостановился у Большой синагоги и заявил, что Вильнюс недаром зовется литовским Иерусалимом. Любой житель города расскажет другую легенду — как Наполеон, восхищенный костелом св. Анны, произнес: «Я хотел бы поставить его на ладонь и перенести в Париж». На деле он поступил иначе — отдал этот костел своей кавалерии, и там некоторое время были конюшни. Правда, к тому времени св. Анна давно стояла запущенная, почти превратившись в романтичные развалины с картин Гюбера Робера. Император провел в городе девятнадцать дней.
