Как и каждый просвещенный житель Вильнюса, Лауринас Гуцявичюс принадлежал к масонской ложе «Усердный литовец». Там он познакомился с последним из трех персонажей, олицетворяющих классицистский период города: это был Якуб Ясинский, или Йокубас Ясинскис, поэт, сатирик и якобинец. Инженер по профессии, Ясинский основал в Вильнюсе школу, в которой преподавал фортификацию — науку, долженствующую защитить государство от вторжений. Пригласил он преподавать и Гуцявичюса. Тот еще не достроил кафедральный собор, когда выяснилось, что государство спасти не удается. После второго раздела вспыхнуло отчаянное восстание под руководством Тадеуша Костюшки. Повстанцы распространяли свои воззвания и на литовском, родном языке Гуцявичюса — правда, в том его виде, когда литовской была только грамматика, а словарь — польским.
В начале восстания Вильнюс занимала русская армия — она вообще чувствовала себя в республике как дома. Епископ Масальский, верный своему либертинизму надеялся, что русские помогут ему стать примасом (главой Церкви) и канцлером Литвы, и поддерживал оккупантов. За это его в Варшаве арестовал Костюшко, а потом толпа вытащила из тюрьмы и линчевала. Ясинский же стал наместником Костюшки в Литве. Он, кстати, требовал смертного приговора королю Понятовскому за измену отечеству, но этот якобинский замысел не удался. Ясинский не сумел заполучить ни короля, ни Масальского, но Вильнюс все-таки не избежал публичной казни: был изловлен и повешен перед ратушей другой сторонник России — Косаковский, последний гетман Великого княжества. Перед этим Ясинский взял в плен почти весь русский гарнизон — осталась только артиллерия, которая расположилась на западных холмах и стала обстреливать город. Радикальность Ясинского напугала даже самого Костюшку; несмотря на несомненные заслуги, пылкий повстанец был устранен с поста вильнюсского коменданта. Город оставался свободным три с половиной месяца. Вновь прибывшие русские войска перебрались через городскую стену, разогнали защитников и заставили Ясинского отступить. Он погиб через некоторое время, защищая предместья Варшавы. Силуэт этого «красивого и мрачного» (согласно Адаму Мицкевичу) юноши на баррикаде, с саблей в руках стал темой картин и рисунков во дворцах Вильнюса и близлежащих имениях. На этих картинах воспитывались романтики, выросшие уже после утраты независимости.
Лауринасу Гуцявичусу пришлось выбирать между покровителем Масальским и молодым другом Ясинским. Хоть он и не был якобинцем, он верил в силу добродетели и присоединился к восстанию, даже собрал гражданскую гвардию из полутора тысяч жителей города и получил ранение в битве. Но все оказалось напрасным. Когда противники заняли Варшаву и Вильнюс, республика пала, ее остатки разделили между собой все те же три государства — Россия, Пруссия и Австрия. Большая часть Литвы оказалась во власти царя, продержавшейся сто двадцать лет. Она прошла много разных этапов, но жесткостью, как правило, превосходила власть пруссаков и австрийцев. Бывший русский посол Репнин, подавивший восстание в Литве, стал генерал-губернатором Вильнюса. В общем человек не мягкий, он все-таки оставил архитектора в покое и разрешил ему вернуться преподавать в университет. После этого Гуцявичюс прожил только один год. Он еще увидел, как останки епископа Масальского торжественно перевезли в Вильнюс и захоронили в крипте кафедрального собора. В соборе хотели похоронить и самого архитектора, а вместо надгробной плиты написать: «Si monumentum queris, circumspice» — «Если ты ищешь памятник, оглянись» (в подражание надгробию сэра Кристофера Рена, который построил лондонский собор св. Павла). Вряд ли бы это понравилось новым властям. Гуцявичюс покоится возле уединенного маленького ренессансного костела св. Степана, сейчас совсем запущенного.
На этот раз Вильнюс не разрушали, и он не опустел. После восстания, по переписи населения, в нем проживало чуть меньше восемнадцати тысяч человек, зато католических костелов было тридцать два, монастырей — пятнадцать, и еще восемь храмов других конфессий (не считая еврейских, мусульманских и караимских молитвенных домов). Кроме того, были дворцы и деревянные избы, кабаки и живодерни; университет тоже выжил и даже расцвел. После гибели Сарматии выиграли ее противники — просветители и классики. Правда, Георг Форстер, который примерно в это время покинул столицу, все равно не считал ее жителей цивилизованными — уж лучше бы они были совсем дикими, как его любимые полинезийцы. Но поклонник Руссо Форстер был известным чудаком.
