Важное место в его «Истории» занимает Новгород, к которому шведы традиционно проявляли особый интерес. Петрей описал его былое величие и современное состояние:
Великий Новгород в старину был особенным государством и всегда имел своих князей и правителей. Но теперь он данник великого князя московского, лежит в 120 милях от Москвы к северо-западу и в 78 милях от Выборга. Город укреплен валами и рвами. Крепость находится в середине города на берегу реки Волхова и с одной стороны обнесена высокими и толстыми кирпичными стенами, а с другой же идет кругом вал и ров. Это Новгородское княжество в ширину и в длину, с западной и северной стороны, тянется к Белоозеру, Волге, Холмогорам и другим областям, на несколько сот миль, а потом к финской границе, Карелии, Ингерманландии, Водской пятине и Соловецкому монастырю. Прежде Новгород чеканил хорошую серебряную монету, пока еще не сделался данником москвитян: на одной стороне монеты изображался князь на коне, замахнувшийся саблей, с другой написано было имя правящего князя и сколько ходила монета…
Город Новгород почти с малую милю в окружности: в старину, когда у него были собственные князья и правители, пока лукавство и козни не привели его под московское иго и власть, он был так силен и многолюден, что князья его воевали со шведами, поляками, литовцами и ливонцами, и он ставил в поле несколько сот тысяч солдат. Когда же в 1477 году завоевал и смирил его Иван Васильевич Грозный[7], он упал по населению и богатству.
Петрей подробно освещает действия шведских войск под командованием Якоба Делагарди в Новгородской земле, переговоры шведов с новгородскими властями о приглашении на русский престол шведского принца Карла Филиппа. Стремясь обосновать его права на московский престол, Петрей сообщил о варяжском происхождении Рюрика. Одновременно он подверг критике легенду о родстве Ивана IV с Августом через Рюрика: «Свирепый Иван Васильевич говорил, что ведет свой род от брата славного римского императора Августа, по имени Пруса, жившего в Придцене, но это отвергают все историки, и Иван ничем не мог доказать того».
До Петрея о варяжском происхождении Рюрика вслед за Герберштейном писали Гваньини, Принц и Нойгебауер. Их сообщения об этом в конечном итоге основывались на русских летописях, ничего не сообщавших об этнической принадлежности варягов. Сам Герберштейн, будучи в Москве, безуспешно пытался получить ответ на этот вопрос. В конечном итоге им была выдвинута гипотеза о том, что варяги были выходцами из граничившей с Любеком Вагрии. Петрей поначалу также безуспешно пытался «отыскать, что за народ были варяги» и нашел ответ на этот вопрос в 1613 году, когда в Выборг на переговоры с Карлом Филиппом прибыли новгородские послы. По словам Петрея, они просили герцога приехать в Новгород, «поставляя на вид, что Новгородская область до покорения ее московским государем имела своих особенных великих князей, которые правили ею; между ними был один, тоже варяжского происхождения, по имени Рюрик, и новгородцы благоденствовали под его правлением».
Впервые эта мысль была высказана в Новгороде года за полтора до выборгских переговоров. Подписав договор со шведами, новгородские власти вынуждены были взять на себя дальнейшие переговоры со шведами, в том числе и по вопросу о кандидате на престол. В декабре 1611 года они составили инструкцию посольству, направлявшемуся в Швецию. Свое обращение к шведскому кандидату они мотивировали решением ополчения от 23 июня 1610 года, а также тем, что «прежние государи наши и корень их царский от их же варяжского княжения, от Рюрика и до великого государя царя и великого князя блаженные памяти Федора Ивановича всеа Руси был». Таким образом, одним из аргументов в пользу шведского кандидата было его этническое родство с пресекшимся царским родом.
Свидетельство новгородцев об этнической принадлежности Рюрика подтолкнуло Петрея к историческим, лингвистическим и геральдическим изысканиям, в результате которых он впервые в историографии заявил о том, что «кажется ближе к правде, что варяги вышли из Швеции». В этой связи А.А. Куник заметил, что именно «шведам, воспользовавшимся намеком новгородцев, принадлежит честь заложения первых камней в здание норманизма».
