В 1511 г. персидский шах Исмаил Сефеви принял присягу верности от Тимурида Бабура, который был объявлен правителем Мавераннахра. Бабур явился в Чагатайский улус и вскоре при помощи персидских войск вытеснил оттуда Шайбанидов. Однако последние, потерпев военное поражение, сумели одержать политическую победу: они обвинили Бабура в подчинении иноземному монарху, признании вассалитета, а главное — в принятии шиизма, чего местное суннитское население, конечно, простить своему прежнему правителю не могло. В результате Шайбаниды сумели привлечь на свою сторону население Чагатайского улуса и, объединившись с казахскими султанами против общего врага, уже в 1512 г. изгнали Бабура из Мавераннахра окончательно[537].
Следующую попытку установить сюзеренитет над среднеазиатскими владениями Сефевиды предприняли на рубеже XVI–XVII вв. поддерживая членов династии Шайбанидов, свергнутой в 1601 г. своими родичами Аштарханидами.
Сначала в том же 1601 г. они возвели на трон Балха Мухаммад-Ибрахим-хана Шайбанида, однако он не получил поддержки среди населения (за свою приверженность к Сефевидам и шиизму), стал править чрезмерно суровыми методами и вскоре был свергнут и убит аштарханидскими правителями Баки-Мухаммадом и Вали-Мухаммадом[538].
В 1602 г. еще один шайбанидский царевич Мухаммад-Салим-султан при поддержке персидских кызылбашей вторгся в пределы Бухарского ханства, обратившись к местному населению с призывами восстать против Аштарханидов. Однако новые правители Бухары успели организовать отпор и нанесли ставленнику Сефевидов поражение, заставившее его бежать в Иран. В 1605 г. аналогичную попытку предпринял еще один претендент на бухарский трон из рода Шайбанидов — Джахангир-султан, но тоже неудачно: население, которое, казалось, должно было сохранять верность династии, правившей в ханстве целое столетие, не поддержала претендента, сблизившегося с давними врагами Мавераннахра персами-шиитами. Последнее вторжение в Бухарское ханство Мухаммад-Салим-султан и Джахангир-султан предприняли на рубеже 1607–1608 гг., однако и на этот раз они были разбиты войскам хана Вали-Мухаммада, поскольку поддержали претендентов лишь эмигранты из Бухарского ханства[539].
Видя, что Шайбаниды дискредитировали себя в глазах бывших подданных, Сефевиды попытались сделать ставку на представителя уже новой, Аштарханидской, династии. Они поддержали претензии на трон Рустам-Мухаммад-султана бен Вали-Мухаммад-хана, старавшегося захватить престол в Балхе. При персидской поддержке он вторгался в границы Балхского владения в 1611, 1612, 1620 гг. и т. д. Однако, будучи и представителем свергнутой и изгнанной из Бухары ветви Аштарханидов (его отец был в 1611 г. убит собственными племянниками Имам-Кули-ханом и Надир-Мухаммад-ханом), и ставленником иностранных монархов, он не преуспел в своих попытках. Поэтому в 1036 г. х. (1626/1627 г.) шах Аббас I по договору с балхским правителем Надир-Мухаммадом повелел Рустам-Мухаммаду прекратить набеги на Балх и даровал ему в управление область в собственных владениях[540]. Последние попытки Сефевидов подчинить установить контроль хотя бы над частью Бухарского ханства относятся уже к XVIII в. В 1711 г. на трон Балха был возведен привезенный из Герата Абдаллах, представитель боковой ветви бухарской династии Аштарханидов, после которого вплоть до 1737 г. в этом ханстве управляли также марионетки персидских шахов, власть которых не признавали многие местные родоплеменные вожди и представители мусульманского духовенства[541].
В другом центральноазиатском государстве Чингизидов — Могулистане (в историографии также именуется Кашгарией или Восточным Туркестаном) попытались установить контроль ойратские правители Джунгарского ханства. Для этого они поддержали ряд претендентов из местной династии потомков Чагатая (второго сына Чингис-хана), которые старались отнять трон у своих родственников, причем разные правители ойратов поддерживали разных претендентов на престол. Так, ойратский Очирту-хан в 1667 г. поддержал мятеж Юлбарса, старшего сына, кашгарского хана Аб-Даллаха, против отца, а в то же время еще один влиятельный ойратссий правитель Элден-тайши выступил на стороне Исмаила, дяди Юлбарса
