В это же время армейская контрразведка СМЕРШ провела несколько своих операций, которые также завершились успехом. Всего же за первое полугодие 1944 года в боях УПА потеряла убитыми больше 16 тыс. человек, примерно столько же попало в плен, и 2,5 тыс. человек явились с повинной. При этом советские потери составили меньше 700 человек. Такое соотношение потерь закономерно. В прямом бою отряды УПА, состоявшие в основном из вчерашних крестьян, были обречены на гибель, так как против них воевали профессионалы из войск НКВД. Лучше вооруженные и подготовленные чекисты выигрывали практически каждое боестолкновение. К тому же большая мобильность советских сил позволяла в каждой конкретной операции добиваться существенного превосходства в численности, хотя большая часть привлеченных к операции солдат непосредственно в боях не участвовала, стоя в оцеплении района проведения операции или участвуя в прочесывании лесных массивов. Непосредственно в бою участвовали подразделения НКВД численностью до батальона.
К лету на освобожденной от немцев территории с бандеровцами как реальной силой было покончено. Однако фронт двигался на запад и в советском тылу оказывались новые земли, на которых были мощные подпольные структуры ОУН и УПА. Новые отряды упа вступали в боевые действия, и из-за этого борьба не прекращалась.
Летом 1944 года противостояние с бандеровцами достигло апогея, так как в результате Львовско-Сандомирской операции Красная армия освободила от немцев Западную Украину. При этом в районе Броды в окружение попала и была уничтожена немецкая группировка из восьми дивизий, в том числе и 14-я гренадерская дивизия СС «Галичина». К концу июля 1944 года советские войска при поддержке польских партизан взяли города Львов, Перемышль и Станислав (Ивано-Франковск).
В следующем месяце войска НКВД вели почти непрерывные бои с оставшимися на советской территории частями УПА. Самыми масштабными были бои в Карувском лесу Львовской области, где был уничтожен полуторатысячный отряд бандеровцев, и в урочище «Черный лес» Станиславской области, где была разбита националистическая группа «Чарнота» численностью в восемь сотен штыков.
Всего в Западной Украине с февраля по сентябрь 1944 года, по советским данным, было убито 38 087 бойцов УПА и захвачено 31 808 человек. Кроме того, больше 11 тыс. бандеровцев добровольно сдались Советской власти. Но сотрудники НКВД на достигнутом не успокаивались и вели настоящую охоту за известными им отрядами националистов. В следующем месяце в результате чекистско-войсковых операций было убито еще почти 3 тыс. националистов. К концу года число уничтоженных боевиков достигло 57 405 человек, арестованных — 50 тыс., а добровольно сложили оружие почти 30 тыс. жителей Западной Украины[99]. По сути, это был полнейший разгром УПА[100].
Стремясь минимизировать потери, осенью 1944 года советское руководство даже предложило бандеровцам заключить перемирие и начать переговоры. Зимой состоялось несколько встреч представителей Провода ОУН и НКВД. Однако стороны не пришли ни к какому соглашению. Противостояние продолжилось. Основную тяжесть борьбы с УПА вынесли на себе сотрудники Управления по борьбе с бандитизмом (УББ) НКВД УССР, которое для проведения конкретных операций привлекало войска НКВД[101], милицию, а в особых случаях — и регулярную армию. На войска НКВД были возложены функции гарнизонной службы на освобожденных территориях, охраны стратегических объектов и линий коммуникаций, а также борьба со шпионами и диверсантами. Когда на довоенную границу СССР и Польши были переброшены части погранвойск, они тоже получили указание, помимо своих основных обязанностей, бороться с бандами (в том числе и с политическими бандами, к которым относили УПА), действующими на приграничных землях. Кроме того, существовали оперативно-чекистские группы, которые являлись самостоятельными структурами в рамках НКВД и должны были выявлять и арестовывать агентов вражеских спецслужб и оуновское подполье. В группы входили опытные оперативники и следователи. Вдобавок были созданы оперативно-разведывательные группы, которые действовали непосредственно в оперативном тылу войск, зачищая их от врагов и просто нежелательных элементов. Одновременно с чекистами против националистов действовали и армейские контрразведчики из СМЕРШа.