С приходом к власти Ющенко и началом его откровенно антироссийской внешней политики газовый вопрос стал одним из ключевых в российско-украинских отношениях. С одной стороны, Москва пришла к выводу о том, что больше нет смысла дотировать экономики бывших советских республик, продавая газ по льготным ценам. С другой — украинские политики, чувствуя поддержку Запада и используя свое положение как страны-транзитера, хотели навязать Газпрому свои условия и заставить россиян платить больше за транзит топлива.
Первый шаг к конфликту сделал Киев. В марте 2005 года новый председатель компании «Нафтогаз Украины» и по совместительству глава партии «Конгресс украинских националистов» Алексей Ивченко заявил о том, что цены за транзит российского газа в Европу должны быть повышены. Газпром согласился платить больше, но при условии, что и Украина начнет платить за покупаемый в России газ по мировым ценам. На практике это означало бы, что цена газа с 50 долларов за тысячу кубометров повысилась бы до 160–170 долларов. Договориться не удалось, но, как отметил украинский политик Владимир Литвин, «межправительственный договор, привязывающий цену на газ для Украины к цене транзита по ее территории, фактически денонсирован… После того как украинская сторона подняла вопрос о пересмотре газовых соглашений, россияне настояли на подписании протокола, где зафиксировали, что договоренности изменяют по инициативе Украины». По сути это был разрыв всех ранее существовавших договоренностей по инициативе Киева. Теперь у Газпрома руки были развязаны, и он твердо настаивал на своей цене в 160 долларов, вступающей в силу с нового года. Киев отказывался принимать такую цену и договор не подписывал. А к концу года мировые цены на газ выросли до 230 долларов. Соответственно и от Украины теперь Газпром требовал оплаты по мировой цене. Александр Иванович Медведев, заместитель председателя правления ОАО «Газпром», так прокомментировал ситуацию: «Украина фактически своим переговорным процессом упустила время, и сегодня ни о каких 160 долларах уже и речи быть не может. Ситуация на рынке изменилась, она меняется постоянно, и поэтому сегодня можно говорить только о формировании цены на границе России и Украины в соответствии с европейскими ценами с учетом, конечно, транспортных расходов по территории Украины. …Средневзвешенная формула цены с нашими европейскими потребителями, приведенная к границе Украины, будет давать с 1 января цифру 220–230 долларов США. Я думаю, что переход на единые правила работы на европейском рынке для страны с рыночной экономикой, к которым была причислена Украина, является абсолютно нормальным».
Украина договор о поставках газа на следующий год не подписала, и с 1 января 2006 года Газпром прекратил поставки газа на Украину. В ответ Киев стал отбирать для собственных нужд газ, идущий в Европу, после чего в украино-российский спор вмешались представители стран ЕС. И европейцам было отчего беспокоиться, ведь погода была морозной, а количество российского газа, получаемого Венгрией, упало наполовину, Германией — на 65 %, Грецией — на 81 %, Болгарией — на 90 %. Объемы российского газа, получаемые Францией, снизились на 70 %[151]. В результате в газовых переговорах между Киевом и Газпромом на некоторое время был достигнут компромисс. Стоимость газа для Украины была повышена до 95 долларов за тысячу кубометров[152]. Эта цена должна была действовать первое полугодие 2006 года, в дальнейшем цена подлежала дальнейшим согласованиям. При этом теперь между продавцом и конечным потребителем возник посредник — швейцарская компания «РосУкрЭнерго», 50 % акций которой принадлежало Газпрому, а еще 50 % — нескольким украинским бизнесменам. В прессе проскальзывала информация о том, что украинские собственники компании относились к числу партнеров президента Ющенко. Поэтому против деятельности «РосУкрЭнерго» яростно выступала Юлия Тимошенко.
Зимой 2008/09 года газовый конфликт вспыхнул опять. Снова Россия прекратила поставки газа, требуя погашения Украиной долга за газ, достигшего размера почти в два с половиной миллиарда долларов. В ответ Киев начал отбирать европейское голубое топливо. При этом с украинской стороны на ситуацию одновременно пытались повлиять находящиеся в конфронтации премьер Юлия Тимошенко и Президент Ющенко.