Но поляки считали все соглашения с казаками (и прежде всего об автономии) тактическими уловками и не были намерены уступать. Оказавшись перед угрозой поражения, восставшие в очередной раз обратились к России с просьбой о помощи и покровительстве (а подобные обращения они делали неоднократно, причём начиная ещё с 1648 года, когда ситуация для казаков и Хмельницкого складывалась удачно). В Москве долго не решались на столь радикальный шаг, как принятие Войска Запорожского и Малороссии в своё подданство, но под давлением просьб и уговоров малороссийской стороны были вынуждены согласиться. И в 1654 году Войско Запорожское и население подконтрольных ему малороссийских земель принесли присягу на верность царю Алексею Михайловичу. Началась русско- польская война, вскоре в схватку оказались втянуты Швеция, Крымское ханство и Османская империя, а Малую Русь охватили внутриказачьи смуты, вызванные столкновением интересов пропольской, протурецкой и про- московской партий в казачьей верхушке. При этом народ и рядовое казачество, не в пример первым двум, своего защитника и покровителя видели именно в России.
Фактически единственным реальным результатом казачьих усобиц и мятежей стало то, что обессиленная войной и старшинскими изменами Россия, экономическая и внутриполитическая ситуация в которой была крайне напряжённой (на этот период пришлись городские волнения 1648 г., Раскол 1653–1656 гг., «медный бунт» 1662 г., восстание Степана Разина 1667–1671 гг.), оказалась не в состоянии удержать всю территорию, отошедшую к ней по Переяславскому акту. По Андрусовскому перемирию 1667 года за Россией сохранялась только Левобережная часть «державы» Хмельницкого с Киевом и небольшой территорией вокруг него на правом берегу Днепра, а также Запорожье. Последнее, правда, входило скорее формально: оно находилось то под контролем России, то в совместном русско-польском ведении, то под турецким протекторатом, окончательно став российским в 1739 году. Польше отходили Правый берег и Подолье, за которые она ещё почти тридцать лет вела борьбу с Турцией. «Вечный мир», заключённый между Россией и Речью Посполитой в 1686 году, подтвердил русско-польскую границу, закрепив разделение малорусских земель. Не претерпела она изменений и в ходе Северной войны (1700–1721 гг.).
Судьба малороссийских земель, оказавшихся в Польше и России, сложилась совершенно по-разному. Социокультурные и даже этнические различия между российской и польской частями были столь заметны, что эти регионы с трудом воспринимались современниками как что-то единое. На тех, что остались под властью польской короны (это Галиция и Волынь, которые фактически оказались в стороне от казачьего восстания, а также Правобережье, сильно опустошённое польскими, татарскими, турецкими войсками и их казачьими союзниками), поляки смогли взять реванш. К концу XVII века там было ликвидировано казачество, восстановлена униатская иерархия. Активно насаждается уния, которая даже в обрядовом отношении всё больше сближается с католичеством. Православие подвергается гонению. В XVIII веке на подконтрольных Польше малорусских землях не остаётся ни одной православной епархии, православные братства повсеместно прекращают существование, становясь униатскими (хотя в народе стремление к сохранению своей веры существовало даже в те трудные годы)[19]. Православными остаются лишь отдельные приходы и лесные монастыри вблизи российской границы и несколько очагов православия в Галиции. Например, расположенный в Прикарпатье знаменитый Манявский скит (монастырь) был закрыт в 1785 году уже австрийцами. Стремительно идёт ассимиляция населения, прежде всего высших и городских слоёв.
Те же земли, что остались за Россией, сохранили свою культурную и социальную самобытность. Они состояли из трёх частей, и в каждой были свои порядки. Первой являлась Гетманщина — Левобережная часть «державы» Хмельницкого, получившая от Москвы широкие права на самоуправление. В ней были установлены казачьи социальные, административные и судебные порядки, продолжали во многом действовать и юридические нормы, доставшиеся ещё от польско-литовских времён. Казачья автономия (а это была автономия прежде всего именно казачьего сословия, распространившего свою власть и порядки на малороссийские земли) была отменена лишь через сто с лишним лет, при Екатерине II.
