В марте 1937 года американский, британский, французский и чехословацкий комитеты образовали совместную комиссию по расследованиям, которой было суждено провести контрпроцесс. Членами ее стали: Альфред Ромер, Отто Рюле, голосовавший в рейхстаге в 1914–1915 годах вместе с Карлом Либкнехтом против войны, также бывший член рейхстага от коммунистов Венделин Томас, хорошо известный анархо-синдикалист Карло Треска, радикальная, решительно антимарксистская американская писательница Сюзанна Ла Фолетт, журналисты Бенджамин Столберг и Джон Р. Чемберлен, профессор Висконсинского университета Эдвард А. Росс, преподаватель университета Карлтон Билс и левацкий латиноамериканский литератор Франциско Заморра. Кроме Ромера, никто никогда не был связан с Троцким — большинство из них были его политическими противниками. Авторитетом комиссия была обязана, главным образом, своему председателю Джону Дьюи — ведущему философу и деятелю просвещения Америки, который также имел репутацию друга Советского Союза. Юридическим консультантом комиссии выступал Джон Ф. Финерти, известный как адвокат защиты на крупнейших американских политических процессах, особенно Тома Муни и Сакко и Ванцетти.
Троцкий поначалу не был уверен, что комиссия справится со своей задачей. Имена большинства ее членов мало что ему говорили или ничего не говорили вообще; и у него были сомнения даже относительно председателя. Он ломал себе голову, не слишком ли стар Дьюи, которому было почти восемьдесят, и не слишком ли он далек от проблем, стоящих перед комиссией. Не заснет ли он во время слушаний? Сможет ли он справиться с огромным объемом документальных доказательств? Не проявится ли у него, «друга Советского Союза», стремление обелить Сталина? Джеймс Бернхэм, активно участвовавший в организации этой комиссии, развеял эти сомнения. «Да, Дьюи стар, — писал он Троцкому, — но его разум по-прежнему остер, а его личная честность вне подозрений. Это он, если припомните, составил самый тщательный анализ по делу Сакко и Ванцетти. Он будет оценивать доказательства, возможно, не как политик… а как ученый и логик. Он не заснет во время слушаний. Конечно, Дьюи не марксист; и вся его личная честность и рассудок не помешают ему во время обмена репликами быть политически пристрастным. В этом смысле мы, очевидно, не можем быть полностью уверены в нем…»
Вступление Дьюи в состав комиссии было актом чуть ли не героическим. С философской точки зрения он был противником Троцкого — они до недавних пор схватывались в публичных дебатах на темы диалектического материализма. При всем своем радикализме он стоял за «американский образ жизни» и парламентскую демократию. Как прагматик, он склонялся в пользу «недоктринера» и «практика» Сталина в сравнении с Троцким, этим «марксистом-догматиком». Взяв в таком возрасте на себя бремя председателя в этом расследовании, он был вынужден разорвать многие старые связи и прекратить дружбу со многими людьми. Сталинисты изо всех сил старались переубедить его. Когда это им не удалось, на него не пожалели ни оскорблений, ни клеветы — самое безобидное из оскорблений было то, что он «попался на удочку Троцкого» по причине старческого слабоумия. На него ополчилась газета «New Republic», основателем которой он был и в редакционной коллегии которой пробыл почти четверть века. И он был вынужден уволиться оттуда. Его ближайший родственник умолял его не омрачать блеска своего имени участием в каком-то подозрительном и жалком деле. Но интриги и притеснения только укрепили его решимость. Тот факт, что было приведено в действие так много источников влияния, чтобы помешать его действиям явно и тайно, стал для него аргументом в их пользу. В течение недель и месяцев он пристально рассматривал отдающие кровью страницы официальных отчетов о московских процессах, объемистые рукописные материалы и переписку Троцкого, а также горы других документов. Он делал заметки, сравнивал факты, даты и утверждения до тех пор, пока не вошел в курс всех аспектов этого дела. Вновь и вновь ему приходилось преодолевать запугивание и угрозы. Ничто не поколебало его самообладания и не ослабило его энергии. Комиссия должна была провести перекрестный допрос Троцкого как главного свидетеля; а поскольку не было никаких шансов на то, что американское правительство разрешит ему приехать в Нью-Йорк, Дьюи решил проводить расследования в Мексике. Его предупредили, что Мексиканская федерация рабочих не позволит, чтобы контрпроцесс состоялся там; что он и его компаньоны столкнутся с враждебными демонстрациями на границе и что на них может напасть толпа. Но старый философ непреклонно продолжал следовать своим курсом. Он придерживался непредвзятого мнения. Хоть он и был убежден, что в Москве вина Троцкого не была доказана, он все еще не был уверен в невиновности Троцкого. Стремясь не только соблюдать строгую беспристрастность, но и сделать эту объективность очевидной для всех, он никогда не встречался с Троцким вне публичных заседаний комиссии, хотя и «хотел бы поговорить с ним в неформальной обстановке, как человек с человеком».