Особенно японцев интересовал Сахалин, северная часть которого принадлежала России, и его административная столица — расположенный на материке Николаевск-на-Амуре. Выманив партизан в города, японцы завершали подготовку к удару по красным на Дальнем Востоке. В ночь на 12 марта японцы внезапно напали на армию Тряпицына, вероломно нарушив соглашение о нейтралитете. Из-за применения японцами зажигательных ракет в деревянном Николаевске возникли пожары. Тряпицын был дважды ранен в ногу. В этой обстановке командир Рогозин расстрелял заключенных тюрьмы.
Натиск японцев удалось отбить, к 15 марта их батальон был уничтожен. В плен попали 128 японцев, в основном обслуживающий персонал оккупационных сил, в том числе женщины из публичного дома.
После этого инцидента Тряпицын по радио стал выступать против перемирия с японцами, предупреждая, что они могут нарушить его в любой момент и устроить резню. Тряпицын выступал и против идеи буфера, который дает возможность белым готовить вероломное нападение вместе с японцами. «Злопыхатели много времени спустя будут обвинять уже мертвого Тряпицына в подстрекательстве к войне с Японией. К сожалению, апрельские события подтвердили правоту Тряпицына и его штаба», — комментирует историк Г. Левкин. Предупреждения Тряпицына вызвали у лидеров коммунистов раздражение — ведь и в РКП(б) на Дальнем Востоке было немало противников как буфера, так и переговоров с японцами, которые могли оказаться ловушкой. Агитация Тряпицына могла сорвать игру.
Тряпицын не убедил лидеров приморских большевиков. Многим из них это будет стоить жизни. Игру сорвали японцы. В ночь на 5 апреля, в разгар переговоров о выводе японских войск с Дальнего Востока, японцы начали резню красных на Дальнем Востоке — Николаевск был только репетицией. Погибло более 7000 человек, в том числе лидер приморских партизан Сергей Лазо.
22 апреля, выстраивая армию ДВР после первого японского удара, главком Генрих Эйхе назначил Тряпицына командующим Охотским фронтом, в зону ответственности которого входил и Хабаровск. Это показывает, что красное командование рассчитывало, что именно армия Тряпицына, как лучше всего сохранившаяся после удара японцев, будет наступать на Хабаровск.
Но японцы не были намерены отдавать Тряпицыну инициативу и высадились под Николаевском. Естественный путь отступления для него был в сторону Хабаровска, но тогда на Амуре армия Тряпицына была бы зажата с двух сторон — от Хабаровска шли японские канонерки с десантом. Комфронта находит остроумное решение — отступать на реку Амгунь, впадающую в Амур. Таким образом, фронт красных располагался близ Николаевска, сковывая японцев, тыл располагался в селе Керби — достаточно далеко от Николаевска и от моря, что исключало его быстрый захват японцами. Но в случае поражения Охотского фронта все равно оставалась возможность отступать на занятый красными Благовещенск. Во всех отношениях удачная позиция, если бы речь шла только о войне с Японией.
Чтобы не дать японцам возможности создать в Николаевске удобную базу, Тряпицын приказал 1 июня сжечь город, эвакуировав население в Керби. Такое поведение в стиле 1812 г. значительно снизило ценность Николаевска для японцев. Шокирующее воздействие на Японию произвело другое решение Тряпицына — перед отходом из города захваченные в плен подданные Японии были расстреляны. Страна восходящего солнца была шокирована, Северная экспедиция повернулась к ней жутким лицом террора. Тряпицын поступил с японцами (правда, не совсем уж мирными, учитывая, что они в большинстве своем прибыли для обеспечения агрессии и участвовали в боях) так же, как японцы привыкли поступать с русским населением Дальнего Востока. Так, 22 марта 1919 г. японцы сожгли село Ивановка вместе с 257 жителями. И это — только один из случаев.
Население Николаевска отправилось в Керби на пароходах, а армия отходила по болотистой местности и измоталась. Обострились конфликты. В этих условиях против Тряпицына возник заговор части командиров.
1 июля он был арестован и 9 июля расстрелян вместе с частью соратников и женой, а его армия распалась. Коммунисты ДВР отнеслись к этому перевороту благожелательно — Тряпицын был врагом японцев, а с ними предстояло потом мириться.
