В сентябре 1959 года подводная лодка Б-62 участвовала в показных ракетных стрельбах. За стрельбами с эсминца наблюдали Первый Секретарь ЦК КПСС, Председатель Совета Министров СССР Н.С.Хрущев, Главнокомандующий ВМФ адмирал флота С.Г.Горшков, командующий ТОФ адмирал В.А.Фокин, первый секретарь Хабаровского края В.Е.Чернышев. Подготовка к ракетным стрельбам проводилась с ограничением временных нормативов, но прошла успешно. Командир Б-62 был поощрен – восстановлен в звании «капитан 2 ранга». 30 декабря 1959 года был сформирован 423 отдельный дивизион подводных лодок, а в 1960 году дивизион переформирован в 9-ю отдельную бригаду подводных лодок.
С 1960 по 1970 года:
В начале 1960 года формируется 7-я береговая база, 17 служба радиационной безопасности, учебные кабинеты, в состав соединения включается плавбаза «Бахмут». 1 октября 1960 года в состав бригады вошла первая на ТОФ атомная подводная лодка К-45 проекта 659. В 1961 году управление 9-й бригады переформировано в 26 дивизию атомных подводных лодок ТОФ, в состав которой в 1961-62 гг. были введены атомные подводные лодки К-59, К-66, К-122, К-151, К-175 проекта 659. Подводная лодка С-292 завоевала приз Командующего ТОФ по торпедной подготовке. Подводная лодка С-290 по итогам БП и ПП получила звание «Отличный корабль».
На базе 40-й дивизии подводных лодок сформирована 6-я эскадра подводных лодок ТОФ со штабом на Малом Улиссе. Командиром эскадры подводных лодок назначен контр-адмирал Е.И.Медведев, начальником штаба стал капитан 1 ранга В.А.Попов. В состав эскадры подводных лодок вошли соединения подводных лодок:
– 4-я Бригада подводных лодок (б. Золотой Рог);
– 19-я Бригада подводных лодок (б. Улисс);
– 124-я Бригада подводных лодок (б. Конюшкова);
– 126-я Бригада подводных лодок (залив Владимира, пос. Ракушка);
– 171-я Бригада подводных лодок (залив Америка, залив Находка);
– 90-я Бригада подводных лодок (залив Советская Гавань).
В марте подводная лодка С-332 выходила в море для выполнения торпедных стрельб с командующим Тихоокеанским флотом на борту.
Экипаж подводной лодки С-334 удостоен звания «Отличный корабль». Лучшей на Тихоокеанском флоте по торпедной подготовке стала подводная лодка С-293. Подводная лодка С-288 завоевала приз в состязаниях в противолодочных торпедных стрельбах, удостоена Переходящего Красного Знамени Бурятского обкома комсомола.
В начале 60-х годов подводники начали активно осваивать просторы Тихого и Индийского океанов – производили поиск и слежение за авианосцами ВМС США «Америка», «Энтерпрайз»,
«Карл Винсон», «Мидуэй», «Иорктаун», а также за иностранными атомными подводными лодками.
В 1962 году в Индонезии назревал кризис на о. Новая Гвинея – бывшей колонии Голландии. В Индонезийском обществе зрели националистические настроения. Советский лидер Н.С.Хрущев в ходе визита в Индонезию пообещал вооруженную поддержку индонезийскому лидеру Сукарно, что по мнению руководства Советского Союза и Индонезии могло способствовать уходу голландских колонизаторов.
Вооруженные силы Индонезии пополнялись кораблями Черноморского и Тихоокеанского флотов.
Из состава 6-ой эскадры подводных лодок для боевых действий в Индонезии были выделены подводные лодки 613 проекта 124-й и 126-й бригад. Из состава 19-й БИЛ были выделены подводные лодки С-290 и С-292. Кроме того, из состава камчатской 8-й БИЛ была выделена плавбаза «Аяхта», на борту которой отправлены торпеды, запасное имущество, офицеры и мичманы – инструкторы 6-ой эскадры подводных лодок.
Для предотвращения разрастания конфликта в войну между Голландией и Индонезией в районе острова Новая Гвинея (Западный Ириан) проведено демонстрационное учение с участием индонезийского флота и подводных лодок 54-й отдельной Бригады ИЛ.
В ходе учений отличились подводники 54-й отдельной БИЛ, подводная лодка С-290 произвела успешную торпедную атаку по крейсеру «Орджоникидзе». Торпеды прошли точно под крейсером, за стрельбой наблюдал МО СССР и руководство ВМС Индонезии. Подводные лодки через некоторое время после окончания учений были переданы в состав ВМС Индонезии.