Первоначально заданные требования по размещению комплекса на атомоходах пр. 670 предусматривали четко выраженную преемственность с «Аметистом». Наряду с увеличением дальности предусматривалось повышение помехоустойчивости и избирательности системы самонаведения. Вместо ленинградского НИИ-49 головным разработчиком бортовой аппаратуры стал московский НИИ-10. Можно предположить, что смена разработчиков определялась не столько имевшими место задержками при отработке ленинградцами системы самонаведения ракеты «Аметист», сколько тем, что на «Малахите» предусматривалось применение комбинированной системы самонаведения, включавшей инфракрасный (тепловой) канал.
К этому времениНИИ-10 уже накопил большой опыт создания тепловых головок самонаведения, причем не только для катерных ракет П-15 и П-15М (ГСН «Кондор» и «Снегирь»), но и по такой непрофильной для Минсудпрома тематике, как ракеты класса «воздух-воздух». В частности, ГСН разработки НИИ-10 оснащались ракеты К-55. Кроме того, в выборе разработчика системы управления для «Малахита» сказалось стремление руководства сосредоточить усилия специалистов НИИ-49 на создании аппаратуры для комплекса «Базальт». В то же время большую новую тему получили и сотрудники НИИ-10, освободившиеся после завершения отработки комплекса П-35, дальнейшего прямого развитие которого в то время не намечалось.
В те годы идея сочетания радиолокационной и инфракрасной аппаратуры в качестве радикальной меры повышения помехоустойчивости получила достаточную поддержку, и комбинированные теплорадиолокационные головки самонаведения разрабатывались даже для ракет класса «воздух-воздух», в том числе и для комплектации столь миниатюрного изделия, как К-13. Однако большинство комбинированных головок оказалось слишком сложными и не были внедрены в серийное производство. Создатели системы наведения для комплекса «Малахит» пошли на не самое оптимальное (но оказавшееся оправданным) решение, конструктивно разнеся аппаратуру радиолокационной и инфракрасной ГСН, объединив их общей логикой самонаведения координаторов. При этом ракета самостоятельно выбирала для атаки наибольшую или назначенную по другим признакам цель.
Крылатая ракета «Малахит» в предстартовой конфигурации.
Крылатая ракета «Малахит».
В головной части корпуса установили радиолокационную ГСН, а под фюзеляжем разместили гондолу - небольшой каплевидный обтекатель с инфракрасной головкой самонаведения. При этом поперечный габарит гондолы не превышал диаметр первичного зеркала ГСН «Снегирь» - 0,2 м. Так как требовалось многократно увеличить дальность по сравнению с ГСН ракеты П-15М, пришлось пойти на применение охлаждаемого азотом фотоприемника на базе антимонида индия. Сжатый азот хранился в баллоне под давлением 300 атм. Его хватало на работу ГСН в течение 10 мин от старта ракеты. После неудачных попыток создать образец собственной разработки НИИ-10 использовал уже выпускавшийся серийно фотоприемник ФС-24 ДА. С учетом нагружения при подводном старте обтекатель выполнили не из стекла толщиной 2 мм, а из 6-мм оптически прозрачной керамики. Однако Ленинградский завод оптического стекла не смог освоить производство этой керамики, которое пришлось передать Харьковскому НИИ монокристаллов.
Исходя из ограниченной околозвуковой скорости полета ракеты, обводам носового обтекателя придали скругленную форму. Это обеспечило благоприятные условия преломления при прохождении радиолокационного излучения через обтекатель и позволило при ограниченных размерах контейнера разместить в нем более тяжелую ракету.
Общее руководство работами по «Малахиту» в НИИ-10 осуществлял В.Е. Краснов, по радиолокационной ГСН - И.А. Скородумов, по корабельной аппаратуре «Дунай» - В.Г. Хондзинский, по тепловой ГСН «Дрофа» - B.C. Марчук, а после его трагический гибели (автомобиль ушел под лед замерзшей Волги) - А.И. Крюков.
Другое существенное отличие от «Аметиста» заключалось в построении стартового агрегата. Как известно, на «Аметисте» стартовики были выполнены по двухкамерной схеме, что обеспечивало умеренную тягу при движении на подводном участке траектории и быстрый разгон после выхода на ракеты на поверхность. Однако эта конструкция допускала включение камер только в определенной последовательности, что исключало возможность использования ракеты с наклонной пусковой установки надводного корабля: при малой тяговооруженности изделие,едва сойдя с направляющих, просто нырнуло бы в море. Для «Малахита» приняли раздельное исполнение двигателей подводного хода и собственно стартовиков для разгона ракеты. При этом изделия, поставляемые на надводные корабли, двигателями подводного хода не комплектовались. Стартовый агрегат включал в себя по паре стартовиков, двигателей отброса и, при необходимости, двигателей подводного хода - ПРД-148, ПРД-149 и ПРД-150 соответственно.