Самым драматическим, «памятным», по словам хронистов, моментом собора был суд над выдающимся представителем реформационного движения в Чехии, мыслителем и гуманистом Яном Гусом и его казнь, являющиеся характерным примером деятельности соборной инквизиции.
Гус был вызван на собор Иоанном XXIII; до этого он был отлучён от церкви и предан анафеме, однако в Проле, поддерживемый населением, продолжал свою реформаторскую пропаганду. Гус решил явиться на собор, тем более, что неоднократно сам требовал его созыва и получил охранную грамоту императора Сигизмунда, гарантировавшую ему неприкосновенность. Ответить в этих условиях отказом означало не только проявить трусость, что для борца за правое дело, каким являлся Гус, было немыслимо, но и заранее признать себя виновным в еретических проступках. Между тем Гус считал себя подлинным христианином, а несогласных с ним церковных иерархов винил в отступлении от «истинного» учения Иисуса Христа.
25 дней спустя после прибытия в Констанцу Гуса по приказу Иоанна XXIII и кардиналов заточили в подземелье доминиканского монастыря, в позорное помещение — в келью рядом с отхожим местом. Арестовав Гуса, папа и кардиналы нарушили охранную грамоту, данную ему императором Сигизмундом.
Последний, тоже присутствовавший на соборе, с присущей коронованный особам в таких случаях щепетильностью заявил, что его охранная грамота имела, так сказать, «целевое назначение», а именно: должна была обеспечить Гусу «справедливое разбирательство» его дела на соборе и дать ему возможность выступить перед соборными отцами в свою защиту, а вовсе не спасти его от наказания за еретические воззрения.
«Если же, — заявил Сигизмунд, — кто-либо будет продолжать упорствовать в ереси, то я лично подожгу (костёр) и сожгу его».
Арестовав Яна Гуса, собор присвоил себе функции трибунала инквизиции. Он выделил следователей и фискалов, которые состряпали против чешского богослова обвинительный акт из 42 пунктов. Собор поручил специальным комиссариям произвести допрос арестованного. Допросы Гуса продолжались несколько месяцев. В это время Иоанн XXIII бежал с собора.
С уходом Иоанна XXIII со сцены можно было ожидать освобождения Гуса, однако его всего лишь перевели из одного места заключения в другое — из доминиканского монастыря в замок Тотлебен, да заменили комиссариев, назначенных бежавшим папой, новыми.
В Тотлебене Гуса держали днём в ножных оковах, а ночью приковывали и руки к цепи, вделанной в стену. Вскоре в тот же замок был посажен пойманный Иоанн XXIII, но его держали здесь со всеми удобствами. И это естественно, ведь Иоанн выступал в роли раскаявшегося грешника, он признал все выдвинутые против него собором обвинения; Гус же настаивал на своей невиновности, т. е. по мнению церковников, вёл себя как упорствующий еретик.
Гус обличал продажность, распущенность, стяжательство и жадность церковников, но в этом ничего еретического не было.
Ересь Гуса заключалась в том, что он требовал от духовенства строго придерживаться провозглашённых церковью христианских добродетелей. «Церковные иерархи выдают себя за наследников апостолов Христа? — вопрошал Гус и отвечал: — Если они ведут себя соответственно, то таковыми являются, если же наоборот, то они лжецы, и обманщики, и тогда власть вправе лишать их церковных титулов и бенефиций».
В начале июня 1415 года дело по обвинению Гуса в ереси было закончено и его, закованного в цепи, перевели во францисканский монастырь в Констанце, где заседал собор. 6 июня Гус предстал перед собором. Епископ Лоди выступил с обвинительной речью.
Все попытки Гуса доказать необоснованность выдвинутых против него обвинений решительно пресекались соборными отцами. Ему попросту не давали возможности говорить. На него кричали, плевали, его поносили, ругали, осыпали проклятиями. Соборные отцы провозглашали, что он хуже, чем содомит, Каин, Иуда, турок, татарин и еврей. Его сравнивали с «пресмыкающимся змием» и «похотливой гадюкой». Его выступления прерывались свистом, топаньем ног, воплями: «В костёр его! В костёр!»
Император Сигизмунд и соборные отцы не жалели усилий, чтобы заставить своего узника принести повинную и отречься от приписываемых заблуждений. Если бы им удалось вырвать у своей жертвы публичное покаяние, этим они нанесли бы удар по его сторонникам в Чехии. Гус отказался подчиниться их требованиям. Взамен он согласился присягнуть, что никогда не разделял и не проповедовал приписываемых ему заблуждений и никогда не будет разделять или проповедовать их. Собор отверг эту формулу.
