Между тем рассерженный вызывающим поведением некоторых арестованных, разоблачивших перед комиссией Нарбонского архиепископа преступные действия инквизиции, силой вырвавшей у них позорящие орден показания, Филипп решил прекратить дальнейшую возню вокруг тамплиеров.
10 мая 1310 года открылся Санский собор в Париже под председательством архиепископа Филиппа де Маринье, брата королевского министра Энгеррана, доверенного человека короля. Собор объявил отказавшихся от своих прежних показаний и настаивавших на своей невиновности тамплиеров еретиками, повторно впавшими в ересь, и повелел комиссии Нарбонского архиепископа без промедления предать их огню. Хотя представители комиссии пытались отсрочить казнь, в тот же день 54 тамплиера, провозгласивших себя невиновными в ереси, были посажены на телеги и отвезены в поле рядом с монастырём св. Антония, где их предали мучительной смерти на медленном огне. К чести казнённых следует сказать, что ни один из них не пожелал ценой нового «признания» в ереси спасти себе жизнь.
Через несколько дней собор предал огню ещё четырёх упорствовавших тамплиеров. Другие поместные соборы тоже не бездействовали: Реймский собор сжёг девять тамплиеров, в Пон де д’Арке сожгли троих, несколько «упорствующих» было казнено в Каркассоне.
Одновременно с этими казнями соборы примиряли с церковью и выпускали на свободу тех тамплиеров, которые, признавшись в ереси, отрекались от неё. Таких было подавляющее большинство.
Однако если Филиппу и его креатуре Клименту V удалось с помощью инквизиции во Франции пытками и террором «доказать» виновность ордена в ереси, в других христианских странах столь же «веских» доказательств добыть не удалось. Христианские князья с большой неохотой преследовали тамплиеров, прекрасно отдавая себе отчёт в том, что орден неповинен в приписываемых ему преступлениях. В Англии первоначально не было собрано никаких изобличающих орден в ереси улик. Тогда Климент V настоял на применении пыток против тамплиеров. Король Эдуард II, которому предстояло жениться на сестре Филиппа Красивого, согласился на применение пыток, и хотя таким образом были собраны «улики» против ордена, его членам всё-таки сохранили жизнь.
В Германии и других странах только после угроз со стороны Климента V против тамплиеров применялись пытки, однако в очень редких случаях их посылали на костёр.
В этих условиях в октябре 1311 года в Вьенне близ Лиона собрался XV Вселенский собор, которому предстояло окончательно решить судьбу тамплиеров. На нём присутствовало около 300 епископов из Франции, Италии, Венгрии, Англии, Ирландии, Шотландии и других католических стран. Обстановка на соборе была накалённой.
Собор согласился с требованием Климента V и запретил дальнейшую деятельность ордена. Судьбу его членов должны были решать поместные соборы, имущество же тамплиеров передавалось ордену госпитальеров. Многие тамплиеры закончили свою жизнь в тюрьмах инквизиции, другие — «рецидивисты» — погибли на кострах. Те же, кто оставался на свободе, влачили жалкое существование, добывая себе пропитание милостыней.
Папского суда Молэ и его коллегам по несчастью пришлось дожидаться в заточении долгих семь лет. Суд над ними состоялся только 18 марта 1314 года В этот день на эшафоте, возведённом перед собором Богоматери в Париже, заняли места гроссмейстер ордена Молэ, магистр Нормандии Жофруа де Шарнэ, визитатор Франции Гуго и магистр Аквитании Годфруа де Гонвиль. Учитывая, что все четверо сознались и раскаялись в своих еретических заблуждениях, церковный суд во главе с тремя кардиналами, представлявшими Климента V осудил их на пожизненное тюремное заключение.
Но когда, как казалось, на этом и завершится последний акт дела тамплиеров, судьба распорядилась иначе. Не успел один из кардиналов зачитать приговор, как со своих мест поднялись Молэ и Жофруа де Шарнэ, одетые в шутовские одежды кающихся грешников, и громогласно заявили, что вовсе не признают себя еретиками, а считают себя виновными в позорной измене ордену, который они, спасая свои головы, обвинили в вымышленных преступлениях. Орден был чист и свят, утверждали они, обвинения же, возведённые на него, как и их прежние признания, — ложь и клевета.
