Вначале Вейсхаупт обладал диктаторской властью в обществе, но позднее на равноправное участие в руководстве стали претендовать и другие члены ареопага — верховного органа ордена. Их требования были приняты Вейсхауптом и оформлены специальным решением ареопага в июле 1781 года. К этому времени иллюминаты имели свои отделения не только в различных германских государствах, в Австрии и Венгрии, но также в Польше, Нидерландах, Дании, Швеции, Италии, Испании, Швейцарии (где одним из инициаторов филиала ордена стал знаменитый педагог Песталоцци) и особенно во Франции — в городах Страсбурге, Гренобле, Лионе. В Париже к иллюминатам примкнули видные адвокаты, учёные, писатели.
Ещё в 1774 году, до создания Ордена иллюминатов, Вейсхаупт ненадолго стал членом масонской ложи, но разочаровался в масонстве и его мнимозначительных тайнах. Довольно скоро у Вейсхаупта (а потом и у других членов ареопага) возникла идея инфильтрации лож и подчинения их своим целям, а также сокрытия под масонской оболочкой самого существования Ордена иллюминатов. Соблюдение секретности масонскими ложами должно было способствовать осуществлению намерений иллюминатов.
Им действительно удалось подчинить себе ложу в Мюнхене, с помощью которой было можно создавать дочерние ложи. Иллюминаты, правда, без особого успеха, пытались вербовать всех недовольных решениями съезда в Вильгельмсбаде. Вейсхаупт и его единомышленники надеялись, используя хаотическое состояние германского масонства, создать объединение лож под эгидой неких существующих в действительности «древних вождей». Этот план не удался. Аналогичные усилия иллюминаты предпринимали в Польше, а также (безуспешно) во Франции.
По мере численного роста Ордена иллюминатов возникли и усилились трения между низами и верхами иерархии. Некоторые деятели консервативного масонства стали предостерегать против «антихристианских» и «разрушительных» тенденций последователей Вейсхаупта. Вступивший в ряды иллюминатов в 1779 году Книгге вскоре приобрёл среди них авторитет, не уступающий влиянию Вейсхаупта. Книгге сыграл особо активную роль в проникновении иллюминатов в ряды масонства. Между тем по своим взглядам Книгге явно расходился с Вейсхауптом, отвергая его как просветительные планы, так и антиклерикальные тенденции, высказывал симпатию к оккультным и мистическим элементам в воззрениях масонов «строгого послушания».
В отличие от Вейсхаупта Книгге стремился не ускорять крушение этого направления в масонстве, а привлечь на сторону иллюминатов его руководителей вплоть до герцога Фердинанда Брауншвейгского как единомышленника. Попытки Книгге заимствовать у католицизма символическую процедуру, которую он предлагал ввести для возведения иллюминатов в высшие степени, послужили поводом для разрыва. В июле 1784 года он вышел из ордена.
В самой Баварии просочившиеся сведения о деятельности иллюминатов обрастали нелепыми слухами. Благосклонность императора Иосифа II к иллюминатам расценивалась как часть настойчивых попыток Габсбургов присоединить Баварию к своим владениям хотя бы за счёт отказа от расположенных вдалеке австрийских Нидерландов (Бельгии). Между тем один из членов ордена донёс властям, о чём сразу же был поставлен в известность сам баварский курфюрст Карл Теодор.
22 июня 1784 года последовал указ о роспуске обществ, не разрешённых правительством, как вызывающих подозрения и опасения. После этого в печати появилось много статей, содержащих обличения иллюминатов. Вейсхаупт бежал из Баварии. Новый указ курфюрста от 2 марта 1785 года был направлен специально против иллюминатов, деятельность которых строжайше запрещалась на территории Баварии. Перед секретной комиссией, производившей следствие, предстали (за отсутствием главных руководителей ордена) трое: граф Савиоли, маркиз де Констанцо и каноник Хертал. Приговор не был суровым — все трое обвиняемых были смещены с занимаемых постов и высланы из Баварии.
В 1786 году при обыске в квартире Цвака в руки властей попала значительная часть архива иллюминатов, которая была опубликована в следующие годы и произвела сенсацию. Вейсхаупт, Книгге и другие иллюминаты пытались печатно защитить репутацию ордена. Их противники отвечали десятками обличительных памфлетов, которые выходили в Германии, Англии, Франции и в других странах.
