Потолки и полы пещеры декорированы многочисленными сталактитами и сталагмитами, кальцитовыми розочками, флажками, розетками, пещерным жемчугом и другими природными украшениями, количество которых сильно поубавилось за последнее время из-за нашествия туристов, но все еще достаточно, чтобы составить достойное убранство величественной пещеры. Она создавалась рекой несколько миллионов лет: сначала образовались верхний и средний ярусы; нижний ярус, по которому река протекает и сегодня, самый молодой — ему не более 15 000–20 000 лет, но именно здесь и были обнаружены следы пребывания человека.
Однако древность и величина пещеры позволяют предположить, что она была заселена значительно раньше, чем найденный в ней культурный слой, датированный 14 000 лет. Сегодня уже никто не может сказать точно, почему пещеру в свое время прозвали Каповой, хотя в народе существуют несколько интересных версий о происхождении названия. По одной из них, местные жители знали, что некогда в пещере обитали древние люди, но считали, что именно они ее и построили или выдолбили в горах, что и дало название пещере.
Еще во второй половине XVIII столетия среди ученых бытовало мнение о том, что древние люди заметно переделали, расширили пещеру для удобства своего обитания.
По другим версиям, название могло произойти от слова «капать». Конденсат на потолке пещеры капал вниз, и этот звонкий звук заставил людей назвать пещеру Каповой.
Наконец еще одна версия предполагает, что название пещере помогли дать своеобразные наплывы в виде капелек на ее стенах, которые создают уникальный неповторимый образ древней пещеры. Однако среди башкирского населения пещера чаще называлась Шульган-Таш, и сегодня древнему памятнику природы вернули то его имя, под которым он вошел в большинство местных легенд, мифов, сказок, а башкирский эпос в основном построен вокруг этой древней пещеры и расположенного неподалеку от ее входа большого озера Шульган. С момента своего обоснования на Южном Урале башкиры превратили огромную пещеру в культовое место, в котором проводились ритуальные посвящения в воинов, весной отмечалось возрождение природы. Этому способствовали и особая энергетика пещеры, и страх перед огромными и темными полостями, которые словно заглатывали человека в свою утробу, а затем снова возвращали на поверхность. Таким образом, проникший в пещеру проходил обряд перехода из света во тьму, смерть и возвращался обратно к жизни. Однако задолго до них пещеру использовали для своего проживания племена древних людей.
Стоит отметить, что следы пребывания в пещере человека обнаружили еще в 1760 г., когда в ней впервые побывал русский географ П. И. Рычков, который среди прочих предметов в ее среднем ярусе нашел высохший череп человека, затем пещеру продолжали изучать с точки зрения геологии и времени ее образования, уделяя мало внимания вопросам истории. Все важные археологические находки были сделаны уже во второй половине XX столетия. Открытия начались с 1959 г., когда советский зоолог А. В. Рюмин обнаружил на стенах среднего яруса настенные изображения различных животных.
В тот момент это было прорывом в археологической науке, так как неопровержимо доказывало, что наскальные изображения животных в пещерах не являются локальным явлением, свойственным только людям, проживавшим в Западной Европе, а были характерны для всей первобытной культуры древних людей вне зависимости от места их обитания.
С момента открытия пещерной живописи начались подробные исследования Каповой пещеры, были проведены многолетние реставрационные работы, описи рисунков, копирование и зарисовки. Дополнительно изучались микроклимат пещеры, ее минералогический состав, время образования. Всего в ходе исследования удалось обнаружить около 50 рисунков величиной от 6 см до 1,6 м. Большая их часть изображает различных животных, из которых удалось идентифицировать мамонта, лошадь, бизона и носорога. Кроме того, были геометрические рисунки, но понять, что именно они обозначали, пока не удалось, хотя существуют версии, что они могут представлять собой какие-то схематичные изображения жилища, бытовых предметов либо имеют отношение к передаче пола изображенного персонажа. Интересно отметить, что если в рисунках животных есть некоторое сходство с настенной живописью, обнаруженной в других пещерах, то геометрические схемы полностью уникальны.