Монсеньор Донато Сбарретти предупредил Рим о том, что многие высшие чины в Соединенных Штатах, в особенности лица, ответственные в Военном министерстве, которым руководил Элихью Рут, за операции на Филиппинах, выказывали явное предубеждение против религиозных орденов, которые работали на азиатских островах. Эти лица предложили, дабы решить вопрос раз и навсегда, выслать с Филиппинского архипелага всех миссионеров. Сбарретти заключил свой доклад следующим замечанием: «Я искренне убежден, что североамериканцы никоим образом не заинтересованы в установлении дипломатических отношений со Святым престолом, как в том уверяет нас архиепископ Сентпольский монсеньор Джон Ирланд».
Остается загадкой, почему Ватикан проигнорировал предупреждение Сбарретти относительно Джона Ирланда и почему папа Лев XIII распорядился считать его доклад «совершенно секретным» документом. Когда 1 июня 1902 года Уильям Ховард Тафт, гражданский губернатор Филиппин, прибыл в Рим с официальным визитом, его приняли в папском дворце по протоколу, предусмотренному для приема послов.
По распоряжению Рамполлы и самого Льва XIII Священный Альянс сделал все возможное для того, чтобы визит возглавляемой Тафтом делегации был воспринят и подан в прессе как явный признак того, что Соединенные Штаты рассматривают вопрос об установлении дипломатических отношений с Ватиканом. Дело в том, что и Рамполла, и его святейшество продолжали доверять выводам аналитиков — сторонников Ирланда, а не выводам монсеньора Сбарретти.
Ответ американцев не заставил себя ждать. Уильям Говард Тафт, узнав, что агенты папы распускают слухи, будто его визит является официальной дипломатическом миссией, осуществляемой по инициативе президента Рузвельта, пришел в ярость и заявил. «Мы находимся в Риме только для переговоров о продаже земель». Через несколько недель переговоры были прерваны и Рузвельт приказал Тафту возвратиться на Филиппины.
В начале июля 1903 года, во время встречи с государственным секретарем, кардиналом Рамполлой, у папы Льва XIII вдруг проявилось воспаление легких. 7 июля врачи обнаружили у него отек легких. Состояние папы оставалось тяжелым, и 20 июля он скончался, окруженный самыми верными своими приближенными. С этим папой ушли и двадцать пять лет понтификата, в течение которого Священный Альянс пребывал в полной бездеятельности в рамках политики сдержанности, которую разведывательная служба проводила по приказанию Льва XIII, несмотря на то что в последние десять лет жизни понтифика мир потрясла целая серия убийств правящих особ, которая могла задеть и его самого.
Президент Франции Мари-Франсуа-Сади Сарно был убит в 1894 году, президент правительства Испании Антонио Кановас дель Кастильо — в 1897 году; супруга австрийского императора Франца-Иосифа, Изабелла Виттенбах, была убита в 1898 году, король Италии Гумберт I — в 1900 году, а президент Соединенных Штатов Уильям Маккинли — в 1901 году.
Конклав, которому предстояло избрать преемника Льва XIII, собрался 31 июля 1903 года. Наиболее перспективным кандидатом казался Мариано Рамполла, государственный секретарь при усопшем папе, но кардинал Краковский Ян Пуцина от имени императора Австрии воспользовался правом вето. Франц-Иосиф считал кардинала Рамполлу врагом Тройственного союза (Германии, Австрии и Италии) из-за проводившейся им политики сближении с Францией и Россией. Так что 4 августа новым понтификом был избран кардинал Джузеппе Мельчори Сарто. За него проголосовали пятьдесят из шестидесяти составлявших конклав кардиналов.
С наступлением XX века в истории Священного Альянса началась эпоха более плодотворная, хотя и не слишком славная.
И новом веке только итальянцы решили набирать агентов своих спецслужб в пределах Ватикана. Поэтому, когда отношения церкви и государства стали предметом обсуждений, многие правительства оказались вынуждены добывать информацию о политике и намерениях римского папы с помощью шпионажа.
С 1880 года, когда во Франции возникло достаточно сильное антиклерикальное движение, которое поддерживали политики Жюль Ферри и Эмиль Комб, считавшие, что папа стремится покончить с Третьей Республикой и восстановить монархию, эта страна стала для Святого престола постоянной проблемой. Кульминацией конфликта явилась оккупация французской армией монастырей и аббатств и изгнание ее силами священнослужителей. В результате этих событий в 1904 году отношения между Парижем и Ватиканом были разорваны, и появился знаменитый «Закон о разделении», которым церковь отделялась от государства.
