Толчком к началу конца ордена стал инцидент, имевшим место 3 сентября 1758 года. В тот день, на рассвете, король Жозеф I Португальский, проведя ночь со своей любовницей, маркизой де Тавора, инкогнито возвращался к себе во дворец. Когда карета короля замедлила движение на узком участке дороги, кто-то несколько раз выстрелил в его величество. В первый момент возникла мысль, что виновником нападения был маркиз де Тавора, который ревновал свою жену к своему монарху. Но постепенно расследование, проводившееся под руководством Себастьяна Жозефа де Карвальо-и-Мело, маркиза де Помбаль, первого министра короля, показало, что Тавора, который действительно был мозгом этого покушения, был движим отнюдь не ревностью, а политическими соображениями. Уже много лет и Жозеф I, и его первый министр Помбаль, принявшие идею абсолютной монархии, низводили прочих дворян до положения бесправных, безгласных созерцателей проводимой их государством политики.
12 января маркиз де Тавора и еще одиннадцать дворян предстали перед судом и были приговорены к казни за покушение на жизнь короля. Приговор был приведен в исполнение[33]. Во время суда Помбаль доказал, что кое-кто из двенадцати обвиняемых поддерживал тесные отношения со Священным Альянсом — шпионской организацией римского папы и что все они были иезуитами[34]. В тексте приговора было отмечено, что герцог де Авиеро, действовавший с целью вернуть дворянам былое влияние при дворе, пришел к соглашению с иезуитами о том, что цареубийство может считаться не смертным, отпускаемым грехом.
19 января был издан королевский декрет об изгнании из страны всех иезуитов и конфискации их имущества на территориях, подвластных короне. Климент XIII получил официальное уведомление об этом на следующий же день. Постоянные протесты Святого престола правительству в Лиссабоне привели лишь к автоматическому выдворению папского нунция 15 июня 1760 года. Охота на иезуитов началась по всей Европе, так что Священному Альянсу предстояло пережить тревожные моменты пребывания в неизвестности относительно того, что следовало делать и кому посылать сообщения.
Папа обвинял свою разведывательную службу в том, что она не уведомила его об операциях, которые проводил отец Лавалетт. А шпионы Святого престола отрицали свою вину, аргументируя это тем, что с самого начала понтификата Бенедикта XIV число агентов сильно сократили, так что щупальца Священного Альянса не просто сильно укоротились, но оказались фактически ампутированными.
Третий, последний, акт трагедии иезуитов разыгрался в 1767 году, 27 марта, когда после мятежа Эскилаче король Карл III, который сменил на испанском престоле своего брата Фердинанда IV, скончавшегося в 1759 году, приказал изгнать иезуитов «из всех доминионов, Индий, с Филиппинских островов и прочих колоний… чем должны заняться управители всех означенных территорий». От этого удара испанского монарха больше всего пострадали католические миссии. Следуя примеру Португалии, Франции и Испании, великий магистр Мальты 22 апреля 1768 года также подписал указ об изгнании ордена и сообщил римскому папе, что ему пришлось сделать это ввиду его договоренностей с королевством Неаполь. В том же году герцогство Парма также вступило на путь преследования иезуитов.
Формальные протесты Климента XIII и буллы против принятых мер привели к тому, что французские войска заняли Авиньон и графство Венессен; Неаполь оккупировал папские города Беневенто и Понтекорво; Парма пригрозила Его Святейшеству, что введет свои войска в папские области, если папа не отзовет свои буллы и осуждении. В январе 1769 года послы Испании, Франции и Неаполя в Риме формально обратились к папе Клименту XIII с просьбой о полном запрете ордена иезуитов. Папа готовился к сопротивлению, но через несколько дней скончался от апоплексического удара. Окончательную же точку в этом вопросе поставил следующий папа, Климент XIV.
Конклав, последовавший за смертью Климента XIII, оказался, несомненно, самым политизированным в истории папства. Он продолжался три месяца среди постоянных столкновений — нет, не между входившими в конклав кардиналами, а между послами католических монархов, которые, собственно, и являлись реальными арбитрами церковной политики Святого престола. Все они хотели обрести папу послушного, простого в управлении, и Климент XIV, как казалось, обладал именно этими качествами. Проблема состояла не в том, чтобы избрать хорошего понтифика, знатока канонического права, или умелого политика, или ловкого дипломата. На самом деле искали кардинала слабохарактерного, который, став папой, открыто объявил бы себя врагом иезуитов.