В августе кардиналы конклава заперлись, чтобы избрать нового папу. Лучшими кандидатами на престол | пятого Петра были кардиналы Грегорио Барбариго и Пенедикто Одескальчи. Оба были очень близки недавно почившему папе.
Барбариго отказывался принять папскую тиару и так и заявил в Коллегии кардиналов. Для кардинала Палуцци но означало избавление от одной из проблем, так как Барбариго неоднократно говорил, что не одобряет методов, к которым прибегает Священный Альянс. Было очевидно, что, если бы он был избран понтификом, операции папской агентуры свелись бы к минимуму в тот момент, когда были так необходимы в Европе, над которой властвовала католическая Франция, все более и более воинственно-агрессивная по отношению к Риму.
Несмотря на противодействие Франции, 21 сентября конклав сделал выбор в пользу Одескальчи, который принял имя Иннокентий XI в честь папы Иннокентия X. Как и Памфили, новый папа в течение тринадцати лет своего понтификата признавал как неизбежное зло необходимость прибегать к услугам Священного Альянса. Поэтому он оставил кардинала Палуццо Палуцци во главе своей агентурной службы, подчинив ее, однако, Государственному секретариату, которым руководил кардина Чибо. Иннокентий XI не общался непосредственно с Палуцци, как то делал его предшественник, папа Климент Х, а обсуждал все темы, относящиеся к секретной разведывательной службе, в рамках обычного распорядка дня с кардиналом — государственным секретарем Альдерано Чибо.
Политика папы Иннокентия XI и, соответственно, основной ударной силы Священного Альянса определялась перманентно конфликтными отношениями с Францией и Королем-Солнце, борьбой с турецким султаном и надеждой на пришествие католицизма в Англию. Соответственно, агенты кардинала Палуцци действовали в основном во Франции и в Англии.
Иннокентий XI не склонен был терпеть вмешательство Людовика XIV в дела церкви и именно по этой причине направил к Королю-Солнце в 1678, 1679 и 1680 годах три послания с просьбой не распространять право «регалий»[22].
Людовик XIV решил тогда, что французской короне может грозить опасность в смысле обязанностей перед ней католиков, и по этой причине созвал в 1680 году собор французского духовенства. Все собравшиеся, за исключением двух епископов, принесли королю извинения за выражения, в которых были составлены послания Иннокентия XI, и подтвердили свою преданность короне. Через год король созвал новый собор, где объявил «регалии» суверенным правом. Кардиналы Чибо и Палуцци посоветовали папе не предпринимать ответных действий, ибо, как они считали, французский монарх на этом не остановится. Так и произошло в действительности.
19 марта 1682 года, года переезда французского двора и Версальский дворец, Людовик XIV подписал «четыре артикула», отредактированных Боссю, в которых утверждалась абсолютная полновластность короля Франции в светских делах, приоритет Констанцского собора по отношению к папе, обусловленность непогрешимости папы одобрением епископата и нерушимость древних традиций галликанской церкви. И для полноты эффекта приказал изучать эти «четыре артикула» во всех школах Франции,
Иннокентий XI выразил неудовольствие позицией французского епископата по отношению к королю, перед которым он не сумел отстоять права церкви. По поводу «четырех артикулов» он предпочел не вмешиваться, Но отказал в канонической институции всем тем, кто присутствовал на соборах, созванных Людовиком XIV. В 1687 году по совету кардинала Чибо папа назначил архиепископом Колонии кандидата империи, отклонив кандидатуру, предложенную Францией, и, по настоянию кардинала Палуцци, отменил право убежища на территориях посольств в Риме. Испания и Венеция подчинились решению папы — в отличие от Франции. Эта последняя мера послужила первопричиной тайной войны между папскими областями и Францией из-за так называемой «сети Сципиона».
Еще за несколько лет до описанных событий Священный Альянс обнаружил, что в Государственную канцелярию проникли французские агенты. Шпионами Людовика XIV были три священника, которые занимались архивированием документов Государственной канцелярии. Многие документы, классифицированные как «деликатные материалы», копировались и пересылались с помощью специальной почтовой системы во французские дипломатические миссии в Риме. Глава французской шпионской сети действовал под именем Сципион.
