Эсме д’Обиньи, которому давал советы Священный Альянс, знал, что, если когда-нибудь ему захочется стать королем Шотландии, он должен будет первым делом избавиться от стоящего на его пути могущественного регента Мортона. 31 декабря того же 1580 года специально посланный отряд стражников арестовал Мортона у входа в королевский дворец по обвинению в участии в убийстве Генри Дарнлея четырнадцать лет назад. И тот, кто до тех пор был регентом Шотландии, оказался заключенным в одной из мрачных темниц Эдинбургского замка, где обречен был ждать суда.
Узнав о событиях в Шотландии, Елизавета решила отправить туда посланника Томаса Рэндольфа, чтобы потребовать немедленного освобождения Мортона. Королеве сообщили, что Яков VI и д’Обиньи попали в сети нового папского заговора.
Тогда Уолсингем, который исполнял теперь обязанности не только государственного секретаря Англии, но и главы ее разведывательных служб, предложил королеве на выбор два возможных пути решения проблемы. Можно было послать к берегам Шотландии военные корабли, чтобы напугать Якова VI и таким образом добыть свободу для Мортона, либо можно было организовать убийство д’Обиньи. Елизавета выбрала второй путь, но подчеркнула, что ликвидация агента Священного Альянса не должна произойти в присутствии короля.
Однажды мартовским вечером 1581 года четыре человека, посланные Уолсингемом, преградили дорогу Эсме д’Обиньи, герцогу Леноксу. Блестяще владевший шпагой француз точным ударом убил на месте одного из нападавших. В это время другой английский агент легко ранил его выстрелом в руку. Заслышав шаги стражи, спешившей на помощь советнику короля, шпионы Уолсин-гема разбежались. Покушение провалилось, но д’Обиньи не собирался пребывать в бездействии. Дабы избежать новых нападений, могущественный советник приказал казнить Мортона 2 июня того же года.
В это время вокруг Эсме д’Обиньи и Якова VI и против Елизаветы I плелась новая сеть — так называемый «заговор Трокмортона». Плели ее разные люди: Филипп И, Генрих III, Григорий XIII и Мария Стюарт. Целью их было, как и прежде, свержение Елизаветы I и передача английского трона Марии Стюарт.
В первые месяцы 1583 года Томас Морган, бывший тогда секретарем посольства Шотландии во Франции, завербовал одного английского католика. Этого католика звали Фрэнсис Трокмортон. Ему было двадцать восемь лет. Он был предан папе и увлекался интригами.
Прибыв в Англию, он занялся собиранием возможно большего количества данных об обороне англичан: карты береговых линий, местонахождение укреплений, места, удобные для высадки «десанта», и так далее. Двумя его основными связными с континентом были Шарль Паж — еще один член Священного Альянса, действовавший в Лондоне, но постоянно совершавший путешествия в Париж и доставлявший туда зашифрованные письма, и Мишель де Кастено де Мовисье, посол Франции при дворе Елизаветы. Сообщения Трокмортона направлялись и в посольства Испании в Лондоне и Париже, и в посольство Франции в Лондоне.
Мендоса, посол Испании в Англии, и Хуан Батиста де Глксис, посол Испании во Франции, сообщали Филиппу II о том, как продвигается подготовка заговора, личное участие в котором не входило в число их самых больших желаний.
Весной 1583 года Уолсингем имел перед собой большую часть плана, а также имена заговорщиков и агентов Священного Альянса. Трокмортон в то время не знал о проникновении англичан в представительство Франции и Лондоне. В начале 1583 года Уолсингем внедрил в посольство Франции своего шпиона. Конспиративная кличка этого шпиона была Фагот. Много лет спустя стало известно, что, как утверждает в своей замечательной книге «Джордано Бруно и дело в Посольстве» (Giordano Bruno and the Embassy Affair) Джон Босси, под этим именем скрывался не кто иной, как знаменитый итальянский философ Джордано Бруно. До недавнего времени считалось, что истинным предателем, выдавшим участников «заговора Трокмортона», был секретарь посла Жан Арно сеньор де Шерель.
Благодаря сообщениям, которые доминиканец Бруно передавал лично Уолсингему, 12 октября Трокмортон был арестован. Перед тем как его арестовали, одна служанка, работавшая в посольстве Испании, сумела спасти важные документы, которые изобличали участие в заговоре непосредственно испанских дипломатов и самого короля Испании. Шпион Священного Альянса Фрэнсис Трокмортон был казнен 10 июля 1584 года. Джордано Бруно или, точнее, Фагот продолжал работать на разведку англичан вплоть до 1586 года, когда покинул французское посольство в Лондоне
