В конце 1573 года герцога Альбу сменил, по приказу короля Филиппа II, Луис де Рекесенс. Рекесенс находился у власти три года, до своей смерти в 1576 году. Тогда монарх назначил командующим дона Хуана Австрийского. Но в 1578 году тот скончался. Хуана сменил его доверенный человек и заместитель Александр Фарнезе, герцог Пармский.
Верные Вильгельму Оранскому гезы продолжали со своей базы во Флиссингене нападать на корабли в водах Ла-Манша. Елизавета уже успела пригрозить Вильгельму Оранскому, что, если нападения на английские суда будут продолжаться, она, дабы наказать флиссингенских гезов, вынуждена будет заключить союз с Испанией. В 1578 году Вильгельм Оранский, испытывавший военное давление со стороны армий Испании, предложил Елизавете Английской корону освобожденных Нидерландов. Но Елизавета знала, что, приняв это предложение, она подвергнет опасности и без того хрупкий союз между Лондоном и Мадридом.
С другой стороны, после смерти 31 июля 1556 года Игнатия Лойолы Орден Иисуса остался без явного лидера, который мог бы направлять деятельность и судьбы его почти пяти тысяч членов, разбросанных по всему миру. Избрание в 1581 году на пост главы ордена тридцатисемилетнего итальянца Клавдия Аквавивы положило начало так называемому «золотому веку» иезуитов. Аквавива п Григорий XIII покажут один из лучших в истории католической церкви примеров партнерства.
Иезуиты уже давно успели понять, какое огромное значение имело бы с военной точки зрения стратегическое положение Ирландии в случае, если бы была предпринята серьезная попытка завоевать протестантскую Англию. Папа был уверен, что, если оказать поддержку Джеймсу Фицморису, племяннику графа Десмонда, тот (может продвинуть дело католицизма на Британских островах. Замысел иезуитов состоял в том, чтобы органиизовать военную экспедицию в Мюнстер (Ольстер). Фицморис считал, что оттуда он сможет руководить восстанием против Елизаветы Английской.
Для претворения этого замысла в жизнь иезуиты и Священный Альянс выбрали Томаса Стьюкли, известного английским шпионам неотесанного мужлана, старого пирата, который провозгласил себя незаконнорожденным сыном Генриха VIII. Стьюкли превратился в рьяного защитника католицизма и закрепился при мадридском дворе, а Филипп II пожаловал ему титул маркиза де Ирланда. Прежде чем отправиться в Ирландию, Стьюкли, жадный до приключений и почестей, решил вместе с королем Себастьяном Португальским ввязаться в бессмысленный крестовый поход в Марокко против неверных. 4 августа 1578 года в битве при Алькасарквивире голова пирата оказалась отделенной от тела, а Священному Альянсу после гибели Стьюкли пришлось искать нового вождя для ирландского восстания.
Фицморис снова оказался во главе этой операции, которую Григорий XIII готов был благословить и финансировать. Папа приказал, чтобы кто-нибудь из членов Священного Альянса сопровождал Фицмориса в его военной экспедиции, и выбор пал на священника Николаса Сандерса. Этот англичанин прославился в царствование Елизаветы I своими памфлетами против еретички-англиканки.
27 июня 1579 года Фицморис и Сандерс отплыли под папским знаменем из порта Эль Ферроль и взяли курс на ирландские берега. Войско и команда состояли из полусотни человек, в основном испанцев и итальянцев. 17 июля они высадились в Смервике и укрепились там в ожидании подкрепления из Испании. Операция сразу же пошла неудачно. Джеймс Фицморис был сражен английской пулей, но граф Десмонд, вернувшийся в Ирландию после заключения в лондонском Тауэре, принял командование на себя. Через несколько недель весь Мюнстер уже был охвачен восстанием против англичан.
В это время Николас Сандерс, вооруженный текстом папской буллы об отлучении Елизаветы I, обходил церкви Ирландии, призывая ирландцев подняться против королевы-еретички. Протестанты укрылись в Дублине и Корке. Ирландскими войсками, верными Англии, командовал граф Ормонд. Наконец в сентябре 1580 года на помощь были посланы испанские войска, но за день до них прибыли отправленные Елизаветой для подавления восстания подкрепление и многочисленные корабли. В ноябре крепость уже была окружена и с суши, и с моря.
