Это известие вызвало удивление в рейхсканцелярии в Берлине и в генеральном штабе СС. Генрих Гиммлер распорядился вызвать Йозефа Рота и Альберта Гартля и сообщил им, что агент СД в Риме, Тарас Бородакевич должен вернуть золото в казну Рейха. Но проблема состояла и том, что агент СД уже несколько дней не выходил на связь с Берлином, а золото исчезло.
Последний раз связаться с Бородакевичем удалось ,27 февраля, за три дня до выборов папы. В то утро он встретился в некой квартире в римском районе Трастевере со священником из Государственного секретариата. А после этого словно испарился.
Вскоре итальянская полиция обнаружила тело агента СД, повешенное на балке беседки в одном из парков Вечного города. Золото Рейха исчезло.
Долгое время обсуждались две версии гибели немецкого шпиона Тараса Бородакевича. Одни считали, что его казнили люди из СС, специально для этого посланные в Рим Генрихом Гиммлером, а золото вернулось в сундуки Рейхсбанка. Согласно другой популярной версии, которая стала почти легендой, священник, связной Бородакевича, на самом деле был агентом Священного Альянса. Этот священник, по-видимому, был членом существовавшего в недрах службы папской разведки тайного общества, известного под названием Assassini. Это общество было наследником «Черного Ордена».
В одном рапорте абвера утверждалось, что шпиона СД Тараса Бородакевича мог казнить имевший с ним контакт папский агент по имени Никола Эсторци. Немецкая военная разведка описывала Эсторци как человека лет тридцати, высокого роста, приятной наружности, смуглолицего, с густыми черными волосами. Эсторци родился в Венеции, учился в семинарии в Риме и, благодаря знанию нескольких иностранных языков, был на не сколько месяцев направлен в Sodalitium Pianum. Вскоре он стал членом Священного Альянса и занялся исполнением за границей особых миссий во благо Ватикана.
Службы безопасности Дуче неусыпно следили за Бородакевичем. Им известно было даже о его встречах с агентом Священного Альянса. Последний рапорт итальянской агентурной службы на эту тему датирован 26 февраля 1939 года. В нем сообщается, что в тот день «Тарас Бородакевич целый день ходил по разным литейным мастерским в пригородах Рима. Вместе с ним был человек приятной наружности, смуглолицый, высокого роста». Было очевидно, что немецкий шпион стремился уничтожить все следы печатей Рейхсбанка на слитках, для чего и искал мастерскую, где можно было бы переплавить три миллиона марок в слитках золота.
Похоже, Эсторци мог завладеть золотом, убив Tapaса Бородакевича. Драгоценный груз был переправлен со склада в Риме на остров Мурано близ Венеции, где уже много веков работают знаменитые фабрики по изготовлению хрусталя. Там, в стеклоплавильных печах, можно было переплавить слитки. Затем переплавленное золото перевезли в какой-нибудь швейцарский банк, где оно с тех пор и лежит, помеченное штампом Ватикана — митрой и перекрещенными ключами, знаками, которые Христос вручил апостолу Петру.
Достоверно известно, что три миллиона немецких марок в слитках золота бесследно исчезли. По сей день слитки, участвовавшие в операции «Чистое золото», остаются одним из самых крупных сокровищ, пропавших во время Второй мировой войны.
Через четыре дня после своего избрания папой Пачелли решил призвать к себе четырех немецкоязычных кардиналов, их преосвященств Бертрама, Шульте, Фаулхабера и Иннитцера. В разговоре с ними Пий XII категорически утверждал, что будет продолжать вести дела католической церкви в Германии. В конце встречи верховный понтифик решил показать кардиналам черновик письма, которое собирался на следующий день послать Гитлеру. В письме говорилось:
«Достославному господину Адольфу Гитлеру, фюреру и канцлеру германского Рейха. С самого начала нашего понтификата мы желаем уверить Вас, что продолжаем заботиться о духовном благополучии немецкого народа, ведомого Вами. […] Теперь, когда благодаря возложенному на нас пасторскому долгу наши возможности расширились, мы еще более страстно молимся о достижении этой цели. Да дарует Господь немецкому народу процветание, благополучие и преуспеяние во всех его делах!»
