Но все изменилось, когда в ноябре того же года власть взяли большевики Владимира Ленина. Для большевиков вопросы религии были вопросами классовыми, а классам не было места в обществе, которое они хотели создать.
23 января 1918 года Совет народных комиссаров объявил об изменении политики в отношении религиозных институтов. Был издан декрет, согласно которому им запрещалось контролировать школы; церковь лишалась поддержки государства и права владения собственностью; церкви запрещалось обращаться к верующим с просьбой о пожертвованиях; все те, кто исповедовал католическую религию, лишались гражданских прав.
Завершающий удар был нанесен в конце 1919 года, когда правительство Ленина запретило обучение детей католическим установлениям не только в школах, но и приватно, в домашних условиях. С этого момента всякие отношения между Ватиканом и Советским Союзом прекратились.
После таких направленных против религии мер Ватикан и папа Бенедикт XV оказались перед дилеммой: примириться с этими фактами или сопротивляться. Сначала папа и его государственный секретарь заняли выжидательную позицию, чтобы посмотреть, не откажется ли вскоре революционное правительство от столь суровой политики в отношении католиков. Но с другой стороны, Бенедикт XV решил призвать Мишеля д’Арбиньи, старого агента Священного Альянса и специалиста по делам России, и поручить ему начать плести свою подпольную сеть по всей территории Советского Союза. Его святейшество должен был «оставаться в неведении» насчет этих действий. Его следовало ставить в известность, только если бы потребовалось его вмешательство для пожалования какой-либо религиозной должности, как это имело место в случае с Эженом Неве.
Последним актом папы Бенедикта XV перед его смертью было утверждение 22 января 1922 года плана направления в Россию католической миссии. Исполнение этой операции взял на себя Священный Альянс. Американский иезуит Эдмунд Уэлш и еще тридцать священников поехали в разные части СССР. Пока агенты собирали информацию о католических общинах для дальнейшей деятельности, ватиканская дипломатия тайно устанавливала контакт с Лениным. Сначала переговоры шли в Риме, между посольствами, затем в Берлине, между самим государственным секретарем кардиналом Гаспарри и советским лидером.
Несмотря на то что Ватикан предоставил России беспроцентный кредит более чем на десять миллионов долларов, Ленин задерживал предоставление католикам концессий. Декрет об установлении дипломатических отношений и об экономическом сотрудничестве со старым врагом России, Германией, был подписан в Рапалло даже раньше, чем с папой Пием XI. Ответ не заставил себя долго ждать.
Весной 1923 года три католических прелата и двенадцать священников были арестованы тайной полицией по обвинению в контрреволюционной и антисоветской деятельности. Двоих из них, архиепископа Яна Чепляка и его старшего викария Константина Будкевича (он был еще и агентом Священного Альянса), приговорили: первого к пожизненному заключению и каторжным работам, второго — к смертной казни. Чепляку пожизненное заключение заменили на десять лет тюрьмы, Будкевич же был убит выстрелом в шею в одном из казематов Лубянки ночью 31 марта 1923 года.
Церкви, семинарии и религиозные школы были закрыты, а священники арестованы, казнены или отправлены в ссылку. В 1924 году, в год смерти Ленина, престарелый епископ Церр в Тирасполе был единственным оставшимся в живых и на свободе католическим епископом в Советском Союзе. Стали раздаваться голоса, усиленно призывавшие папу Пия XI публично осудить антикатолическую политику Москвы и направить общественное мнение католиков во всем мире против коммунистической угрозы. Его святейшество произнес перед кардиналами краткую осуждающую речь и, по совету своего эксперта по делам России Мишеля д’Арбиньи, дал в декабре 1924 года нунцию в Берлине монсеньору Эудженио Пачелли распоряжение продолжить тайные переговоры с Москвой.
Советский министр иностранных дел Георгий Чичерин был лидером московских прагматиков, которые отстаивали точку зрения, что с папой необходимо мирно сосуществовать. Тем не менее Эудженио Пачелли был настроен продолжать давить на Советы вплоть до достижения договора, по которому церковь была бы признана государством. Будущий папа Пий XII считал нужным оказывать на Чичерина давление и даже пригрозил ему экономической блокадой Советского Союза со стороны католических народов мира, если Москва не признает права католиков в своей стране. В какой-то момент переговоры были прекращены.
