Генрих III, очевидно, осознавал возможность таких неудач и ненадежность своих ленников на востоке. Вероятно, сразу же после войны с Абой Венгерским он создал новую систему пограничной защиты, основав несколько марок, прикрывающих его земли со стороны Богемии и Венгрии. Королевские министриалы стали управляющими имперскими владениями и одновременно их защитниками. Многочисленные дарения земельных наделов — королевских гуф — министриалам в этих марках говорят о сознательном планировании соответствующих мер: оно более существенно для оценки императора, чем отдельные поражения, роковым образом приведшие к ранней его смерти. Столь же планомерной кажется и начавшаяся, видимо, в 1040–1041 годах масштабно задуманная закладка Нюрнбергской крепости как хозяйственного центра и военного опорного пункта для проведения кампаний против Богемии.
В отличие от своего отца, Генрих в свои поздние годы сокращал власть герцогов, ограничивая их права или вверяя герцогства фамилиям из других земель. В Баварии, которой он некоторое время управлял сам, за смещенным в 1053 году герцогом Конрадом последовали еще несовершеннолетние сыновья императора Генрих и Конрад, а после смерти Конрада — императрица Агнесса. Швабия была передана в 1048 году Бабенбергу Оттону III Швейнфуртскому. Каринтия оставалась без властителя восемь лет: защиту границы осуществляли верные императору маркграфы и министриалы. В 1047 году Каринтия перешла к графу Вельфу III, родственнику Люксембургов по материнской линии; его власть была ограничена отделением пограничных марок (позднейших Штирии, Крайны, Истрии).
В обоих герцогствах, где продолжали сохраняться династии, авторитет императора не мог быть абсолютным. В Саксонии архиепископ Унван Бременский в 1020 году выступил посредником в заключении прочного мира между императором и Биллунгами. Архиепископ и герцог сообща вступили в союз с королем Магнусом Норвежским, который в 1045 году одержал крупную победу над полабскими славянами при Шлезвиге. Когда славянский князь Готшалк установил затем с помощью Бремена христианскую власть над ободритами, на севере, казалось, установился мир. Однако возведение тюрингского графа Адальберта Гозекского в архиепископы в 1045 году снова разогрело старую вражду Биллунгов, которые вследствие своего надменного нрава пришли в раздражение и увидели для себя угрозу в его усилиях расширить права и власть своей церкви. До этого папа Лев IX включил в компетенцию Бременской церкви Швецию, Данию, Норвегию, Исландию, Финляндию, Гренландию и славянские страны между Пене и Эйдером, но не выполнил желания Адальберта возвести его архиепископство в ранг северного патриархата. Создание в своей церковной провинции двенадцати епископств, которое позднее планировал Адальберт, по-видимому, было «задумано как предпосылка для учреждения патриархата» (X. Фурман). После того как в 1035 году распалась связь северных держав с Англией, подчинение скандинавских королей своего рода патриархату Адальберта, вопреки их стремлению самим управлять своими церквями, должно было теснее связать север с империей. Вплоть до Исландии и севера восточного побережья Швеции Адальберт рассылал своих миссийных епископов для миссионерской деятельности, которую лишь власть империи делала возможной и пределы которой она одновременно должна была расширять. С помощью Готшалка Адальберт смог осуществить свои миссионерские планы в отношении ободритов, в чьих землях он наряду с Ольденбургом основал епископства Мекленбург и Ратцебург. В своей преданности императору и империи Адальберт добивался сохранения мира с Биллунгами, которые, в свою очередь, ненавидели его как друга и фаворита императора. Богатыми дарениями ему, а также епископам Хильдесхейма и Хальберштадта, равно как и созданием богатых лесами и рудниками королевских имений вокруг Гослара Генрих III ограничивал власть Биллунгов. После того, как было раскрыто посягательство на жизнь императора, они уже до конца своих дней не оказывали больше никакого сопротивления.
В Лотарингии, границы которой во времена императора Конрада защищались единственным могущественным герцогом, помилование герцога Готфрида не привело к миру. В конце 1046 года епископ Вацон воспрепятствовал вторжению в Лотарингию короля Генриха Французского. Связанный с большими потерями для империи военный поход против графа Голландского позволил составиться заговору между ним, герцогом Готфридом и графом Балдуином V Фландрским. Лотарингия вновь была опустошена. Только после того, как герцогу Готфриду в январе 1049 года нанесли поражение имперские епископы Лотарингии, к власти пришел возвысившийся после его низложения эльзасский граф Герхард, родственник императора и родоначальник лотарингской династии (правившей в Лотарингии до 1735 года). Чтобы получить поддержку в борьбе против своего могущественного вассала Балдуина, король Генрих Французский в 1049 году позволил себе заключить союз с Генрихом III. Генрих объединился также с Эдуардом III Исповедником, королем Англии с 1042 года, и, благодаря посредничеству епископа Адальберта, — со Свеном Эстридсеном, с 1047 года преемником короля Магнуса в Дании. Оба они блокировали своими флотами фландрские гавани. Отлучение от церкви Готфрида и Балдуина папой Львом IX во время нахождения его в императорской армии вынудило Готфрида в июне 1049 года покориться императору, а после опустошительного военного похода Генриха через Фландрию заставило подчиниться и Балдуина, которому, однако, повторные военные кампании императора не помешали в последующем вновь вторгаться в Лотарингию.
