Папа Бенедикт IX, тускуланец и племянник обоих своих предшественников, подчинился королю Генриху точно так же, как подчинялся его отцу. Он проявил снисходительность к Бржетиславу Богемскому, разграбившему реликвии, был суров с Абой Венгерским и через двух своих легатов санкционировал не соответствующий канонам брак Генриха. Однако, вопреки интересам империи и Аквилейского патриархата, он восстановил самостоятельность патриархата Градо. Утверждение, что он якобы стал папой уже с двенадцатилетнего возраста, и обвинения его в порочности являются позднейшей клеветой реформаторов: папой в их духе Бенедикт, конечно, не был. Вероятно, недовольство его жестким правлением в городе привело к восстанию римлян осенью 1044 года и к семинедельному понтификату (с января до марта 1045 года) Сильвестра III, епископа Сабинского, которого поддерживали Кресценции. Восстановленный в сане, Бенедикт IX вскоре после этого отрекся от папского престола, то ли по собственному побуждению, то ли под давлением партии реформ. Эта партия обладала в Риме своей резиденцией в монастыре на Авентине, где имели обыкновение жить клюнийские аббаты во время своего пребывания в Святом городе. Партия реформ привела на папский престол Григория VI, архидьякона Джованни Грациано, одного из своих единомышленников, происходившего из видного, зажиточного римского рода. Новый папа вознаградил Бенедикта за отречение большой денежной суммой. Хотя именно его друзья и ученики боролись с симонией — приобретением духовной должности за деньги с целью извлечения из нее выгод, самого Григория они нападкам не подвергали; его синоды посещались, его двадцатимесячный понтификат признан в папском каталоге.
Генрих III вошел в умиротворенную Италию. В Павии 24 октября 1046 года он провел с ломбардскими, немецкими и бургундскими епископами синод, на котором был обнародован всеобщий запрет симонии. В Пьяченце он встретился с Григорием VI. События последующих месяцев не поддаются точному восстановлению, так как изложения их немецкими, итальянско-римскими хронистами и хронистами партии реформ — даже если принимать во внимание только написанные синхронно — прямо противоречат друг другу. После крупных успехов в Германии, после укрепления своей власти над Бургундией Генрих стремился также к действительному господству над Италией. Достижению этой цели могла угрожать опасная связь между тускуланскими папами, Бонифацием Каносским и Ваймаром Салернским. Генрих III с той же серьезностью, что и священнослужители его времени, желал и установления мира в своей империи, и утверждения истинной церкви Христовой. Неканоническое возведение на папский престол Григория VI дало Генриху основание к тому, чтобы заставить синод в Сутри 20 декабря низложить его вместе с изгнанным полтора года назад Сильвестром III. Во избежание беспорядков плененный Генрихом Григорий VI должен был следовать в Германию; его сопровождал монах Гильдебранд (будущий папа Григорий VII). Через три дня синод в Риме высказался за смещение Бенедикта IX в связи с его противозаконным отречением от папского престола и, после отказа от предложенного сана архиепископа Адальберта Бременского и по его совету, возвел на престол святого Петра под именем Климента II сакса, епископа Суитгера Бамбергского. На следующий день, 25 декабря, он принял посвящение в сан и совершил императорскую коронацию Генриха и его супруги. Немецкий папа, за которым ради материальной поддержки сохранили его германское епископство и который не был обязан своим возведением каким-либо связям с одной из римских партий, должен был провести церковное обновление. Отныне император в делах чисто церковных переставал играть главенствующую роль. Одилон Клюнийский и Петр Дамиани, аббат еремитской конгрегации Фонте Авеллана, друг и советчик императора, одобрили возведение нового папы. Вместе с золотой диадемой император принял от римлян сан патриция и тем самым примат при избрании папы; ни одна римская городская партия не могла больше ни присваивать себе право власти над Римом, ни ставить в зависимость от своих интересов избрание главы христиан.
