Ночь, намеченная для выполнения операции, неожиданно подарила сюрприз в виде северного сияния. Такой поворот дела мог помешать скрытному проникновению. Но Гюнтер Прин все же решил не откладывать — английские корабли могли покинуть базу, как это уже бывало раньше.
Сразу после погружения Прин довел до экипажа U-47 боевую задачу. Моряки, верившие в своего командира, были настроены решительно. С началом прилива U-47 приступила к выполнению задания и, достигнув расчетной точки, всплыла в 19.15. Двигаясь дальше в надводном положении, она благополучно проникла на рейд. Правда, лодка слегка задела рулями одно из затопленных судов, но управление кораблем не было нарушено. Уже само проникновение в бухту явилось большим достижением.
Проникнув на рейд и пройдя в юго-западном направлении, Прин крайне удивился, не обнаружив ни одного корабля. Впоследствии стало известно, что как раз в тот день, когда U-47 лежала на грунте перед входом в Пентленд-Фёрт в ожидании наступления ночи, английские корабли — случайно или в силу сложившейся обстановки — оставили базу и вышли из Скапа-Флоу. Заметив позже британский эсминец, дежуривший по другую сторону сетевых заграждений у пролива Холм, Прин повернул на север и обследовал рейд в том направлении. Только тут он обнаружил по силуэтам два больших корабля, удаленных друг от друга на расстояние не больше мили.
В одном из них Прин опознал линейный корабль «Ройял Оук», а второй принял за линейный крейсер «Рипалс». Лишь после войны выяснилось, что вторым был старый военный корабль «Пегасус» — плавучая база для гидросамолетов. Несмотря на то, что ночь была светлой и казалось, что поверхность воды, окруженная высокими темными горами, собирает весь свет, Прин приготовился к атаке. После полуночи, сблизившись с линкором, U-47 в надводном положении выпустила три торпеды. Как показалось Прину, — насколько можно было судить по наблюдению с мостика, — цели достиг лишь один «угорь», попавший в носовую часть линкора. Остальные прошли мимо и не взорвались.
В первый момент после взрыва воцарилась неестественная тишина. Странно, но со стороны англичан никаких ответных действий не последовало.
Тем временем Прин стал удаляться от берега, но его U-47 не спешила покидать рейд. Он приказал снова зарядить три освободившихся аппарата — четвертый оказался неисправным — заранее приготовленными торпедами. Перезарядку произвели за 24 минуты — рекордно короткое время, но для тех, кто находился в подводной лодке и понимал: противник будет охранять выходы из бухты с удвоенной бдительностью, — оно тянулось бесконечно долго. Как только торпедные аппараты были заряжены, лодка снова сблизилась с кораблями. Теперь торпеды выпустили с более короткой дистанции — около 12 кабельтовых. Все они попали в «Ройял Оук», который опрокинулся и быстро пошел ко дну, забрав жизни командующего флотом адмирала Блэнгроува и 832 членов команды.
Только теперь оборона противника стала проявлять активность. Как выяснилось позже, местное английское командование никак не могло поверить в возможность прорыва немецкой подводной лодки на рейд. Сначала англичане решили, что взрыв произошел из-за чьей-то халатности, внутри линкора, а затем приняли случившееся за разрыв немецкой авиабомбы. По сигналу воздушной тревоги все в базе всполошились, но субмарина продолжала оставаться незамеченной. Да ее, видно, и не искали. Ослепительно вспыхнули и начали шарить по всем направлениям лучи прожекторов, зенитные орудия открыли беспорядочный огонь, и трассирующие снаряды, оставляя светящиеся следы, исполосовали небо. Начались поиски дерзкого бомбардировщика.
Между тем пришло время отлива. U-47 развернулась и стала уходить. Однако у пролива Кёрк впереди неожиданно показались эсминцы, один из которых шел почти прямо на подводную лодку. Расстояние между ними быстро сокращалось. Прин сомневался, успеет ли лодка незаметно подойти к проливу, поскольку лучи прожекторов продолжали шнырять повсюду, освещая район. Прижавшись ближе к берегу, чтобы силуэт лодки не очень выделялся на фоне темных скал, Прин шел на юг. Топовый огонь эсминца приближался все быстрее.
